的完整线粒体基因组Yunleon longicorpus Yang, 1986 (Neuroptera, Myrmeleontidae) and its phylogenetic implications
为探究长蜥在蝽科中的位置,以蝗科(Myrmeleontidae白芷(Balmes birmanus为外群,利用18个物种的13个蛋白编码基因(PCGs)序列构建系统发育树; 进一步探讨Yunleon和Epacanthaclisis属的分类在部落水平上,我们利用 考克斯1 Nemoleontini、Megistopini、Acanthoplectrini、Dendroleontini、Haplogleniini和Ascalaphini中27个物种的cox1序列来构建NCBI中线粒体基因组序列所缺乏的系统发育树。PhyloSuite v.1.2.3 Zhang et al., 202013个PCG...
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Format: | Dataset |
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Zusammenfassung: | 为探究长蜥在蝽科中的位置,以蝗科(Myrmeleontidae白芷(Balmes birmanus为外群,利用18个物种的13个蛋白编码基因(PCGs)序列构建系统发育树; 进一步探讨Yunleon和Epacanthaclisis属的分类在部落水平上,我们利用 考克斯1 Nemoleontini、Megistopini、Acanthoplectrini、Dendroleontini、Haplogleniini和Ascalaphini中27个物种的cox1序列来构建NCBI中线粒体基因组序列所缺乏的系统发育树。PhyloSuite v.1.2.3 Zhang et al., 202013个PCG的核苷酸序列(无终止密码子)在MEGA7.0中通过肌肉对齐(Kumar等人,2016)。使用 PhyloSuite v.1.2.3 连接基因比对(Zhang 等人,2020)。使用 AICc 和 BIC 在 PhyloSuite v.1.2.3 中使用 PartitionFinder2 选择最大似然 (ML) 和贝叶斯推理 (BI) 系统发育分析的分区方案;最大似然 (ML) 和贝叶斯推理 (BI) 系统发育分析的核苷酸替换模型由 PhyloSuite v.1.2.3 中的 ModelFinder 估计(Zhang 等人,2020)。在PhyloSuite v.1.2.3中,IQ-TREE在超快引导(UFB)近似方法下重建了ML分析,重复次数为10000次。MrBayes 在 PhyloSuite v.1.2.3 中用 4 条链重建了 BI 分析。独立运行2,000,000代,每1,000代采样一次。前 25% 的树木因烧毁而被丢弃。这些树在 FigTree v1.4.3 (Rambaut & Drummond 2016) |
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DOI: | 10.6084/m9.figshare.24966327 |