Línea base general de microorganismos para el valle medio del Magdalena - VMM

Bajo los Convenios No. 21-095 y 21-450 suscritos con la Agencia Nacional de Hidrocarburos - ANH, se llevó a cabo el levantamiento de la línea base general de la biodiversidad y ecosistemas para el área de interés del Valle Medio del Magdalena. En el área de interés del Valle Medio del Magdalena se realizaron muestreos de biodiversidad de diferentes grupos biológicos y en este recurso se presentan los resultados para microorganismos en dos temporadas climáticas presentes en aguas subterráneas, aguas superficiales, sedimentos, y suelos. Para caracterizar la diversidad se utilizando metabarcoding a partir de regiones del ADN ribosomal que permitieron la identificación de cuatro grupos biológicos: bacterias, arqueas, hongos, y micro eucariotas. En ambas temporadas se analizaron un total de 125 unidades de muestreo en temporada de aguas altas y 126 unidades de muestreo en temporada de aguas bajas. En aguas subterráneas se analizaron 9 unidades de muestreo en aguas altas y 10 unidades de muestreo en aguas bajas; en aguas superficiales y sedimentos 40 unidades de muestreo en cada temporada, y en suelos 36 unidades de muestreo en cada temporada. Para todas las muestras se realizaron extracciones de ADN, amplificaciones y secuenciación de alto rendimientos bajo la plataforma NovaSeq PE250, Illumina. Para cada muestra, incluyendo los controles positivos, de filtración, de extracción y blancos de PCR se realizaron tres réplicas de PCR con una cobertura de 100.000 lecturas aproximadamente por replica. En bacterias y arqueas se amplificaron la región 16S, en hongos la región ITS y en eucariotas 18S. Para bacterias se obtuvieron un total de 13.729.09 de lecturas para ambas temporadas, que fueron agrupadas en 72.962 ASV. Para arqueas se alcanzaron 38.544.193 lecturas en ambas temporadas, las cuales fueron asignadas en 125.994 ASV. En hongos se consiguieron 68.015.668 lecturas para ambas temporadas, que fueron agrupadas en 174.294 ASV. En eucariotas se obtuvieron 75.309.811 lecturas para ambas temporadas, asignadas a 157.978 ASV. En aguas subterráneas se reportaron para ambas temporadas 221 familias de bacterias, 31 familias de arqueas, 167 familias de hongos y 69 órdenes de eucariotas. En aguas superficiales se registraron 318 familias de bacterias, 38 familias de arqueas, 514 familias de hongos y 172 órdenes de eucariotas. En sedimentos, se registraron 281 familias de bacterias, 35 familias de arqueas, 444 familias de hongos y para eucariotas 170 órdenes. En suelos se r