From the clinic to the farm: Applying sequencing and de novo assembly to characterize One-Health bacterial pathogens

Les infeccions causades per bacteris resistents a múltiples antibiòtics son una amenaça tant per a la salut animal com la humana degut a la limitació en el tractament, la qual pot portar a complicacions clíniques severes, estades hospitalàries més llargues o, fins i tot, a la mort. Els bacteris resistents a múltiples antibiòtics poden ser transmesos al medi ambient, a altres animals o a humans a través de diferents vies, tals com la contaminació fecal o per la cadena alimentària. En aquest escenari, l’aproximació One-Health considera la salut com una entitat global, incloent la humana, l’animal i la mediambiental. L’objectiu d’aquesta tesis és optimitzar l’ús de reads llargs en la seqüenciació de genoma complet (whole-genome sequencing) per a la caracterització del cromosoma i plasmidis bacterians, incloent la presència de gens de resistència a antibiòtics, elements genètics mòbils, i factors de virulència. Mitjançant l’ús de seqüenciació de genoma complet amb reads llargs hem muntat de novo cromosomes i plasmidis en contigs únics per a Staphylococcus pseudintermedius aïllats en gossos, Escherichia coli d’animals de producció i el granger, i Klebsiella pneumoniae d’humans. Aquesta aproximació ha permès localitzar els gens de resistència a antibiòtics en plasmidis o cromosoma, i ha permès seqüenciar elements genètics mòbils sencers, superant així els desavantatges associats al reads curts. A més, hem pogut descriure la transmissió de plasmidis similars que duien gens de resistència a antibiòtics per a Escherichia coli resistent a colistina en una granja mixta, i per a Klebisella pneumoniae resistent a carbapenems en un brot interhospitalari. Els perfils de resistència a antibiòtics i factors de virulència d’Staphylococcus pseudintermedius aïllats de gossos i Escherichia coli d’animals de producció ressalten el rol dels animals domèstics com a un reservori de patògens amb alt potencial zoonòtic. Las infecciones causadas por bacterias resistentes a múltiples antibióticos son una amenaza tanto para la salud animal como la humana debido a la limitación en el tratamiento, la cual puede conllevar complicaciones clínicas severas, estancias hospitalarias más largar o incluso la muerte. Las bacterias resistentes a múltiples antibióticos pueden ser transmitidos al medio ambiente, otros animales o humanos mediante diferentes vías, tales como la contaminación fecal o a través de la cadena alimentaria. En este escenario, la aproximación One-Health considera la salud com