Metagenomics in inflammatory bowel disease

La microbiota intestinal desempeña un papel crucial en el manteniendo la homeostasis intesitnal. Alteraciones en la composición microbiana, también conocidas como disbisosis, pueden poner en peligro el estado de salud e incrementar el riesgo a padecer una enfermedad. Aunque muchas enfermedades se han asociado a cambios en la microbiota intestinal, todavía se desconoce si dichas alteraciones son la causa o la consecuencia de las patologías. La enfermedad inflamatoria intestinal (EII) es una enfermedad inflamatoria crónica que se caracteriza por periodos de inflamación y constituye un problema de salud dado. La EII presenta dos subtipos: enfermedad de Crohn y colitis ulcerosa, con síntomas similares pero diferentes manifestaciones clínicas. La EII se ha relacionado ampliamente con cambios en la microbiota intestinal. A pesar de los múltiples estudios que existen, no hay un claro consenso en el perfil microbiano asociado a la enfermedad. Las principales discordancias se dan entre las diferencias asociadas a enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa. Algunos investigadores han demostrado que la composición microbiana en colitis ulcerosa es muy similar a la de individuos sanos y ambas difieren de la composición de enfermos de Crohn. En cambio, otros investigadores han visto que las diferencias de colitis ulcerosa y Crohn respecto a sanos son muy similares por lo que consideran ambos subtipos como una única enfermedad (EII). El principal objetivo de esta tesis es determinar la disbiosis en una cohorte de EII española para evaluar hasta qué punto las funciones y composición microbiana difieren entre Crohn y colitis y si los datos de microbioma podrían emplearse como herramientas de diagnóstico. Para ello, analizamos muestras fecales de sanos, enfermos de Crohn y enfermos de colitis usando dos metodologías: secuenciación del gen 16SARNr (o 16S ADNr) y secuenciación por fragmentación del genoma. Como se preveía, observamos la presencia de disbiosis en EII. Además, vimos que las alteraciones en composición microbiana y funciones eran diferentes para Crohn que para colitis, mostrando una mayor disbiosis en Crohn que en enfermos de colitis ulcerosa y con colitis mostrando un patrón muy similar a la microbiota de individuos sanos. Los resultados funcionales encontrados en esta tesis confirman la mayor disbiosis descrita en pacientes de Crohn en comparación con pacientes de colitis ulcerosa en composición microbiana. Estos individuos presentan una mayor cantidad de gene