甘蔗花叶病毒福州分离物全基因组克隆及种群分析

为丰富甘蔗花叶病毒（Sugarcane mosaic virus，SCMV）种群信息，探索SCMV种群结构，本研究运用RT-PCR方法克隆了采自福州的2个SCMV分离物（分别命名为FZ—C1和FZ-C2）的全基因组，结合已公布的18个SCMV分离物的全基因组序列，利用MEGA4．1和Simplot软件对SCMV的种群结构进行了分析。结果显示，FZ-C1和FZ-C2全长分别为9570m和9573m，均包含一个9189nt的开放阅读框，编码长度为3063个氨基酸的多聚蛋白。这2个分离物与SCMV．A株系的相似性最高，酶切位点也与SCMV—A株系的基本一致。系统发育进化分析表明，SCMV可以分为3组，分别命名为SSGI、Ⅱ、Ⅲ。SSGI来源于玉米（Zeamays），SSGⅡ和SSGⅢ来源于甘蔗（Saccharumspp．hybrid），其中SSGⅢ主要来源于果蔗。FZ分离物聚在SSGⅡ组内。研究结果丰富了SCMV全基因组序列信息，有助于全面了解SCMV种群的遗传进化关系。