一株分离自地层水的石油降解菌的特性研宄：Ochrobactrum intermedium环境分离菌株与临床分离菌株的比较基因组分析

目的：对一株地层水分离的石油降解菌Ochrobactrumintermedium2745．2进行生理生化特性的研究、全基因组测序以及比较基因组研究。创新点：首次对一株分离自地层水的石油降解菌Dinter-medium2745．2进行了生理生化特性研究以及基因组测序，从基因组角度解释菌株2745—2对石油的降解能力。通过菌株2745．2与同种其他临床分离菌株的比较基因组学分析，表明2745．2仍具有多种与致病性相关的基因。方法：通过微生物富集培养的方法从油井的地层水中分离石油降解微生物，通过聚合酶链反应（PCR）扩增165核糖体RNA（rRNA）序列进行比较和分析确定菌株的分类地位属于Dintermedium（图1）。采用IlluminaHiSeq2000对菌株2745．2进行高通量测序，采用Velvet 1．2．07和RAST servet分别进行数据组装和注释（表1）。PHAST寻找基因组中的噬菌体相关序列（图4和表2）。通过BLAST＋和BRIG对环境分离菌株（2745．2）和临床分离菌株（M86、229E和LMG3301）进行基因组比较（表3、表4和图5）。结论：首次对一株环境分离的0．intermedium（2745—2）进行全基因组测序，揭示具有多种与石油降解相关的基因。通过环境分离菌株（2745．2）与临床分离菌株（M86，229E和LMG3301）的基因组比较分析，表明2745-2仍具有多种致病性相关的基因。