黄芩基因组SSR分子标记的开发及遗传多样性分析

本文通过生物信息学方法对黄芩基因组序列进行搜索,共得到12 775条SSR（simple sequence repeat）序列。黄芩基因组SSR重复主要以二核苷酸（68.32%）为主,其次为三核苷酸（18.63%）;主要重复基序类型为CT/GA、TTC/GAA。通过SSR-PCR扩增,共筛选出9对扩增产物稳定性好,多态性及清晰度高的引物用于10个不同产地共50份黄芩材料的遗传多样性分析。结果显示,9对引物共检测出68个等位基因,平均每个SSR位点等位基因数是7个,有效等位基因数为3。He（expected heterozygosities）值为0.6,远远高于双子叶植物平均水平;PIC（polymorphism information content）平均值为0.72,大于0.5;Shannon’s信息指数为1.32,证明所收集的黄芩种质资源具有较高的遗传多样性。种间遗传分化系数（Gst）为0.131,即13.1%的遗传变异存在于居群间,86.9%的遗传变异存在于居群内。聚类分析结果表明,10个不同产地黄芩可分成两大类,但其与地理分布无显著关系。