基于刺突蛋白（S）和核衣壳蛋白（N）的冠状病毒进化关系分析

冠状病毒在系统分类上属冠状病毒科（Coronaviridae）冠状病毒属（Coronavirus），是一种具有球形颗粒和包膜结构的单链RNA病毒。从2003年在中国暴发的重症急性呼吸综合征（SARSCoV），到2012年在沙特出现的中东呼吸综合征（MERS-CoV），再到2019年开始报道的新型冠状病毒感染（2019-nCoV），21世纪冠状病毒已经3次严重危害到人类的健康。对冠状病毒的序列特征与进化关系进行分析对病毒的起源与防控具有重要意义。本研究从GenBank数据库中筛选到30条冠状病毒刺突蛋白（S）、核衣壳蛋白（N）的蛋白序列，用邻接法构建进化树，分析冠状病毒进化关系，并对蛋白保守基序进行了分析。结果显示：2019-nCoV与从云南省的中菊头蝠中检测到的冠状病毒分离株RaTG13进化关系最近，并且与SARS-CoV具有较近的亲缘关系，与其他哺乳类和禽类动物感染的冠状病毒遗传进化关系较远。同时发现，相比S蛋白，N蛋白更适合用于构建冠状病毒进化树。保守基序分析表明：N蛋白中，选择的30个蛋白中有9个只含有2个保守元件，21个成员含有3个保守元件，保守元件在蛋白中的分布相对均匀；S蛋白中，选择的30个蛋白均含有3个保守元件，且集中在C端。本研究结果将为冠状病毒的进化关系及防治措施提供一定的理论依据。