Dynamiques spatio-temporelles du zooplancton, en lien avec l’habitat et les petits poissons pélagiques, dans le Golfe de Gascogne

Une diminution significative de la condition des petits poissons pélagiques (PPP) dans le Golfe de Gascogne (GdG) est observée depuis une vingtaine d’années. Le zooplancton est la ressource trophique principale des PPP. Cette thèse explore l’hypothèse que les dynamiques de l’habitat forcent les dynamiques du zooplancton et que ces dernières se propagent jusqu’aux PPP. Les données utilisées ont été créées à partir des échantillons de zooplancton pêchés dans le GdG au printemps lors des campagnes PELGAS de 2004 à 2019, et analysés avec deux outils d’imagerie, le ZooScan et le ZooCAM, successivement. Un premier résultat de cette thèse montre l’interopérabilité de ces deux instruments sur l’intervalle de taille 0,3-3,39 mm. Nous avons construit une série temporelle de cartes du zooplancton de 16 ans, en combinant les jeux de données des deux instruments, et analysé cette série avec des méthodes factorielles multivariées afin d’en caractériser les variations spatiales et temporelles. Notre résultat principal est que la biomasse du zooplancton et sa structuration spatiale à l’échelle du plateau continental du GdG sont très stables dans le temps. Cette stabilité résulte d’une compensation de l’augmentation de l’abondance par la diminution de la taille moyenne du zooplancton. Ces dynamiques du zooplancton sont expliquées par les dynamiques de l’habitat (climat, hydrologie et PPP). En retour, les dynamiques du zooplancton amènent des éléments de compréhension des liens entre les différents compartiments de l’écosystème pélagique, et de la diminution de la condition des PPP. Nous concluons sur l’importance du zooplancton dans l’analyse d’écosystèmes pélagiques halieutiques. Small pelagic fish (SPF) body condition significantly decreased over the last 20 years in the Bay of Biscay (BoB). As zooplankton is the main SPF’s food source, this thesis principal objective is to explore the hypothesis that habitats dynamics drive zooplankton dynamics, which in turn propagate to SPF (bottom-up hypothesis). The data used in this work were generated from zooplankton samples collected in spring, in the BoB, during the PELGAS ecosystemic cruises, from 2004 to 2019. The samples were analysed with two imaging instruments, namely the ZooScan and the ZooCAM, successively. We found that these two instruments are interoperable on the 0.3-3.39 mm zooplankton body size range. Combining the data originating from the two instruments, we constructed a 16 years time series of zooplankton desc