Dynamique évolutive des éléments transposables dans le génome de l'aleurode Bemisia tabaci

La mouche blanche, Bemisia tabaci est un hémiptère, ravageur des cultures et vecteur de nombreux virus phytopathogènes. Cet insecte a montré une grande adaptabilité et une résistance à presque tous les composés chimiques utilisés pour son contrôle. Dans de nombreux cas, les éléments transposables (TEs) ont contribué à l’évolution de la plasticité génomique de l’hôte. L'objectif de cette thèse est d’étudier les ETs et leurs positions dans les gènes de résistance aux insecticides. Pour ce faire, nous avons tout d’abord annoté le génome de B.tabaci en ETs en combinant différentes approches bio-informatique. Les résultats obtenus ont montré que les ETs constituent 51% du génome. Les éléments de la classe I couvrent 5,7 % de la séquence entière du génome de B. tabaci et les éléments classe II représentent 16,55 %, alors que la majorité des éléments identifiés repartit sur 28,81 % de la séquence génomique de cet insecte, non pas pu être attribué ni aux éléments de la classe I ni aux éléments de la classe II. Par ailleurs, nous avons recherché des sites d’insertions des ETs dans/ou à proximité des gènes de défense associés à la résistance aux insecticides a révélé 94 sites d'insertion à l'intérieur ou à proximité de 74 gènes codant des enzymes de détoxication sur un total de 647 gènes de défense identifiés dans le génome de B. tabaci. Afin d’étudier l’implication des insertions des ETs dans la résistance aux insecticides chez B. tabaci, ces dernières ont été recherchées parmi les gènes différentiellement exprimés (DGEs) précédemment identifiés par Chen et al. (2016). Les résultats ont révélé six insertions des ETs à l'intérieur ou en amont de ces DEGs. Dans une deuxième étape, nous avons effectué une analyse des transposons de type Mariner et leurs MITEs dérivés chez l'aleurode B. tabaci.. Cette étude a permis d’identifier de 550 séquences subdivisées en 294 éléments mauritiana et 256 éléments irritans. Parmis ces éléments deux MLEs complets ont été identifiés, Btmar1.1 et Btmar2.1 appartenant à la sous famille mauritiana et irritans, respectivement. L’étude de l'expression différentielle des deux MLEs complets dans le génome de B. tabaci suite à l'acquisition du Tomato Yellow Leaf Curl Virus a révélé que Btmar1.1 et Btmar2.1 sont exprimés. La recherche des MITEs dans le génome MEAM1/B a conduit à l'identification de 8024 familles de MITEs. Parmi elles, 1030 familles MITEs appartiennent à la superfamille Tc1/marineur irritans. Ce travail fournit les premières con