Dynamiques de co-infections virales chez les chauves-souris du sud-ouest de l’océan Indien

Les zoonoses représentent un problème majeur de santé publique. Elles correspondent à 60% des maladies infectieuses émergentes, et près de 70% d’entre elles proviennent de la faune sauvage. Les chauves-souris sont réservoirs de nombreux agents infectieux. Plusieurs virus qu’elles hébergent ont été impliqués dans l’émergence de maladies sévères chez l’Homme (e.g. virus Nipah, virus Marburg, SARS-CoV), soulignant l’importance de mieux appréhender l’épidémiologie des agents infectieux au sein des communautés animales. Le sud-ouest de l’océan Indien est un point chaud de biodiversité, et abrite une richesse spécifique élevée en chauves-souris. Plusieurs travaux ont mis en évidence la circulation d’une grande diversité de virus zoonotiques chez ces mammifères, dans plusieurs des territoires de la région. Néanmoins, la majorité des études menées à l’heure actuelle s’est axée sur la recherche d’une seule famille virale à la fois. De plus, les dynamiques de transmission sont restées peu investiguées. Dans cette thèse, au travers d’approches de biologie moléculaire (détection moléculaire) et de modélisation mathématique, nous avons pu caractériser l’effet de la diversité et de la structure des communautés de chauves-souris, sur les dynamiques de co-infections des coronavirus (CoV), paramyxovirus (PMV) et astrovirus (AstV). Dans une première partie, sur la base d’une méta-analyse regroupant 871 échantillons provenant de 28 espèces échantillonnées à Madagascar, Mayotte, au Mozambique, et à La Réunion, nous avons mis en évidence l’existence de co-infections et d’interactions entre les familles virales testées, chez certaines espèces de Madagascar et du Mozambique. Dans une seconde partie, en nous focalisant sur une espèce endémique de La Réunion, le Petit Molosse (Mormopterus francoismoutoui), nous avons pu caractériser les dynamiques de co-circulation des trois virus dans deux colonies de maternité. Nous avons mené une étude longitudinale rassemblant 3422 échantillons collectés sur quatre années. Nous avons pu mettre en évidence une circulation saisonnière marquée et des patrons d’infection répétables chaque année, pour chacun des virus. Notamment, nous avons observé la présence de pics d’excrétion virale pour les CoV et les PMV précédant la parturition, et quelques semaines après les naissances, suggérant un fort lien entre les variations de la structure et de la taille des populations en lien avec la saisonnalité de reproduction, et les dynamiques infectieuses. Enf