Activités enzymatiques extracellulaires et composition des communautés bactériennes dans l’estuaire de l’Aulne et la rade de Brest : facteurs de régulation et rôle du quorum sensing

Les bactéries hétérotrophes jouent un rôle primordial dans le fonctionnement des écosystèmes marins. Cette thèse s’est intéressée aux facteurs influençant la composition des communautés bactériennes estuariennes et marines ainsi que leurs fonctions dans la dégradation de la matière organique. Pour cela, une étude a été réalisée au sein de l’estuaire de l’Aulne et des eaux côtières adjacentes de la rade de Brest. Des expériences en laboratoire ont permis d’appréhender le rôle spécifique des communications bactériennes basées sur le quorum sensing (QS). Les résultats obtenus ont montré que l’estuaire de l’Aulne était un véritable bioréacteur naturel. Il abrite des communautés bactériennes dont la composition et le niveau d’activité enzymatique suivent de fortes variations spatiotemporelles, liées aux conditions physicochimiques mais également à des facteurs biotiques comme leur degré de concurrence.Ils ont également démontré la forte implication du QS dans la régulation de la synthèse d’enzymes hydrolytiques au sein de souches isolées et de communautés bactériennes naturelles. Ce mécanisme de régulation peut aussi impacter la composition des communautés bactériennes en régulant les processus liés à la colonisation et aux interactions microbiennes, qu’elles soient trophiques ou non. Dans son ensemble, ce travail de thèse met en avant l’importance de considérer les facteurs biotiques dans l’étude des communautés bactériennes naturelles. Il souligne aussi la nécessité de mieux caractériser les interactions microbiennes, de leur mise en place d’un point de vue moléculaire à leurs impacts biogéochimiques globaux au sein des écosystèmes marins. Heterotrophic bacterial communities play a crucial role in marine ecosystems. This thesis addressed the factors influencing marine and estuarine bacterial community composition and function in organic matter degradation. To this end, we performed both in situ monitoring of the Aulne estuary and the adjacent coastal waters of the Bay of Brest, as well as laboratory experiments investigating the specific role of quorum sensing (QS), a bacterial communication system. Our results showed that the Aulne estuary acted as a natural bioreactor, fostering bacterial communities whose composition and intense hydrolytic enzymatic levels exhibited sharp spatiotemporal variations. These patterns were linked to variations in physicochemical conditions within the estuary, but also in biotic factors such as community composition or co-occurr