Bases génétiques de l’adaptation de la bactérie phytopathogène Xanthomonas campestris pv. campestris aux environnements colonisés pendant l’infection de son hôte le chou-fleur

Les micro-organismes pathogènes ont un impact significatif sur les productions agricoles mondiales. En particulier, le genre Xanthomonas regroupe des bactéries pathogènes sur plus de 400 espèces végétales. Parmi elles, Xanthomonas campestris pv. campestris, l’agent responsable de la nervation noire des Brassicacées, représente la principale menace à l’encontre de la production de choux, radis, navets, moutarde etc. De par son impact économique, Xcc est rapidement devenu un modèle pour l’étude des bactéries phytopathogènes. Les facteurs de virulence déployés par ces bactéries pendant l’infection de l’hôte ont ainsi été extensivement caractérisés mais plusieurs zones d’ombre persistent. Dans la mesure où Xcc rentre dans les feuilles par les hydathodes, se propage de façon systémique en colonisant les vaisseaux du xylème et se multiplie dans le mésophylle, nous avons fait l’hypothèse que différentes stratégies infectieuses étaient mises en place par les bactéries dans chacun de ces environnements. Au cours de ma thèse, je me suis donc intéressé à la question de l’adaptation de Xcc 8004 à ces trois milieux rencontrés au cours du cycle infectieux, avec comme hôte modèle le chou-fleur commercial Brassica oleracea cv. botrytis var. Clovis F1. Par des approches de génomique fonctionnelle, nous avons ainsi pu décrire les réponses physiologiques de Xcc lors de l’infection des hydathodes et identifier les bases génétiques de la fitness bactérienne dans deux des trois environnements rencontrés (hydathodes et xylème). L’étude du profil transcriptomique de Xcc lors de l’infection précoce (4 heures post-inoculation) et tardive (3 jours post-inoculation) des hydathodes de chou-fleur a mis en évidence une reprogrammation massive de l’expression de plus de 800 gènes. Un criblage RB-TnSeq a de son côté permis de montrer que près de 200 gènes sont requis pour la fitness de Xcc dans les hydathodes et la sève de xylème. De plus, nous avons pu démontrer qu’un nouvel effecteur de type III, appelé XopJ6, est reconnu par le chou-fleur Clovis F1 et que sa présence impacte la multiplication de Xcc dans certains tissus de l’hôte. Dans leur globalité, les résultats obtenus au cours de cette thèse exposent la capacité de Xcc à s’adapter à son environnement direct en déployant des stratégies aussi bien à l’échelle de la population, que de l’individu ou même du gène. Ce projet permet donc d’avoir une vision d’ensemble sur le comportement de Xcc au cours du cycle infectieux et s’intègre da