Contribution of Palaeoproteomics to the documentation of caprines herding diffusion between Eastern and Southern Africa

En l’absence de représentants sauvages sur le continent, les moutons (Ovis aries) et les chèvres (Capra hircus) domestiques, sous-famille Caprinae, ont été importés du Levant en Afrique vers le VIIe millénaire avant notre ère (BCE). Le corpus archéologique indique une diffusion très lente sur le continent avec une présence attestée au cours du IIIe millénaire avant notre ère en Afrique de l'Est (Djibouti, Somaliland), auKenya et en Tanzanie alors que les plus anciens vestiges de caprinés ne sont datés que du Ier siècle de notre ère en Afrique australe. L’introduction d’animaux domestiques dans les économies de subsistance apparait progressivement et, après plusieurs siècles, devient majoritaire. En contexte archéologique, les similitudes morphologiques existant entre les deux espèces de caprinés entre elles et avec d'autres petits bovidés sauvages africains brouillent les identifications et l’état très souvent fragmentaire des restes nepermettent souvent pas de proposer une identification en dessous de la sous-famille. L'histoire de la diffusion des ovins et des caprins à travers l'Afrique nécessite une analyse fine des vestiges afin de fournir une interprétation archéologique précise. Cette thèse de doctorat présente l'application de la paléoprotéomique, l'étude des protéines anciennes conservées dans les vestiges archéologiques, à divers sites archéologiques répartis entre l'Afrique de l’Est et l'Afrique australe. Les séquences de collagène detype I de dix-neuf espèces d'antilopes et assimilées sont proposées et l'analyse phylogénétique qui en résulte est discutée. Un protocole d'extraction adapté aux vestiges des milieux arides et semi-arides, ainsi que les analyses paléoprotéomiques de 117 restes provenant de 19 sites archéologiques sont présentés. Ces recherches ont permis d'adapter les études paléoprotéomiques aux vestiges provenant de contextes archéologiques africains, d'établir un large référentiel d'espèces pouvant potentiellement être interprétées comme des caprinés domestiques et de constater l'association quasi- systématique des espèces sauvages et domestiques au sein des sites archéologiques au cours de l'Holocène. Les résultats obtenus dans cette étude ont mis en évidence l'importance de la multiplication de différents niveaux d’information et le rôle central de la paléoprotéomique dans l’étude de la diffusion des pratiques d’élevage de caprinésdomestiques à travers l'Afrique. In the absence of wild representatives on the continent, domestic