Diagnostic de laboratoire des infections opportunistes à Gemmata spp. (Planctomycetes)

Les bactéries du genre Gemmata sont suspectées d’être responsables d’infections opportunistes chez des patients aplasiques. Gemmata obscuriglobus et Gemmata massiliana sont les seules espèces cultivables de ce genre ; le reste étant réfractaire à la culture. Au cours de notre Thèse, 34 sangs aplasiques et 392 lavages broncho-alvéolaires ont été collectés afin de rechercher les Gemmata par qPCR et par culture. Une qPCR positive a été obtenue à partir du sang et la PCR standard réalisée en vue du séquençage était défectueux ; et aucun isolat n’a été obtenu en culture. En vue de concevoir de nouveaux outils d’isolement, les 2 souches ont été co-cultivées avec des phagocytes, qui se sont avérés bactéricides pour ces bactéries. Ensuite, nous avons comparé un milieu A, incorporant des tissus d’éponge de Spongia sp. au milieu standard ; et un milieu B incorporant le filtrat aqueux de Spongia dans le milieu A. Les milieux standard, A et B ont été inoculés et après 3 jours d'incubation, les colonies comptées à partir des milieux A et B excédaient de plus d’un log par rapport au standard. L’analyse des génomes des 2 espèces a montré qu’aucune d’elles ne codait pour les composants essentiels du métabolisme du fer. Nous avons donc forcé Escherichia coli à produire ces composants afin d’enrichir le milieu standard avec le filtrat, ce qui nous a permis d’observer une croissance plus rapide, p