Les Escherichia coli potentiellement pathogènes dans l'environnement littoral : cas des STEC et des EPEC

La contamination des zones littorales par des bactéries entériques potentiellement pathogènes pour l’Homme constitue un problème majeur pour la pérennité de certains usages tel que la conchyliculture. Ces bactéries provenant de rejets agricoles ou urbains peuvent atteindre les zones conchylicoles et être impliquées dans des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). Actuellement, très peu de données sont disponibles sur la présence et la diversité des bactéries entériques telles que les Escherichia coli (E. coli) pathogènes de type E. coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) et E.coli entéropathogènes (EPEC) dans les coquillages en France.La présence de ces E. coli pathogènes a été recherchée pendant deux ans, dans trois zones conchylicoles françaises et leurs bassins versants. Un total de 28 souches STEC et 89 souches EPEC différentes ont été isolées dans des coquillages, des eaux aux exutoires, le sédiment et l’eau de mer, représentant 1% de la totalité des souches E. coli isolées (n=12016). Ces souches isolées présentaient néanmoins une grande diversité. Elles étaient réparties au sein de 73 profils de virulence différents dont une souche STEC de sérotype O26 :H11 présentant 47 gènes de virulence isolée dans un lot de moule. Soixante-quinze pourcents des souches EPEC présentaient des gènes de virulence associés à des îlots de pathogénicités caractéristiques de souches pathogènes responsables d’infection grave chez l’Homme, révélant le potentiel pouvoir pathogène de certaines souches. Enfin, l’étude de la cinétique de contamination, décontamination d’huîtres au contact de souches STEC, n’a pas montré de différence comparée à un E. coli non STEC.Les travaux réalisés au cours de cette thèse sont à notre connaissance les premiers de ce genre. Ils ont permis de mettre en évidence la faible présence de STEC et de EPEC au niveau des zones conchylicoles françaises étudiées ainsi que le potentiel pouvoir pathogène de certaines souches. La faible prévalence des souches sur ces sites de catégorie B ou C (purification des coquillages avant commercialisation) reste néanmoins plutôt en faveur d’un risque faible de contamination dans les zones sélectionnées. Les résultats acquis au cours de cette thèse sont des éléments importants pour mieux appréhender le risque sanitaire potentiel lié aux STEC et aux EPEC en zone littorale. The contamination of coastal areas by potentially pathogenic enteric bacteria is of concern for the sustainability of some uses, such as s