Vergleichende Untersuchungen polymorpher boviner und oviner Loci in Regionen von Kandidatengenen für TSE-Assoziationen
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Berlin
Pro Business
2007
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| Ausgabe: | 1. Aufl. |
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| adam_text | Inhaltsverzeichnis
Abkürzungsverzeichnis
1 Einleitung 9
2 Literaturübersicht 11
2.1 Klinische Erscheinungen und Ursachen von TSE-Erkrankungen 11
2.1.1 Bovine Spongiforme Enzephalopathie (BSE) 12
2.1.1.1 Verbreitung 12
2.1.1.2 Übertragung und Pathogenese 13
2.1.1.3 BSE-Stämme 14
2.1.1.4 BSE-Diagnostik 15
2.1.2 Scrapie 16
2.1.2.1 Verbreitung 16
2.1.2.2 Übertragung und Pathogenese I7
2.1.2.3 Scrapie-Formen und-Stämme 18
2.2 Struktur und Funktion einiger Kandidatengene für die TSE-Disposition 19
2.2.1 Das Prion-Protein-Gen {PRNP) und dessen Genprodukte 19
2.2.1.1 Struktur und Funktion des Prion-Proteins I9
2.2.1.2 Struktur und Lokalisation des PRNP 20
2.2.1.3 DNA Varianten im bovinen und ovinen PRNP 24
2.2.2 Das Neurofibromin-Gen (NF1) 24
2.2.2.1 Struktur und Funktion des codierten Proteins 26
2.2.2.2 Expression von Neurofibromin 27
2.2.2.3 Struktur und Lokalisation des NF1 28
2.2.2.4 DNA-Varianten im A/Ff-Bereich 29
2.2.3 Gene und Genprodukte des MHC 29
2.2.3.1 Struktur und Funktion der MHC codierten Proteine 3u
2.2.3.2 Struktur und Lokalisation der MHC-Gene 31
2.2.3.3 Polymorphie im MHC 33
2.3 Beziehungen zwischen DNA-Varianten und TSE 33
2.3.1 DNA-Varianten in der PRNP-Regk»n 33
2.3.2 DNA-Varianten in anderen genomischen Bereichen 36
3 Material und Methoden 38
3.1 Material 38
3.1.1 Tiere und Probenmaterial 38
3.1.1.1 Rinder 38
3.1.1.2 Schafe 40
3.1.2 DNA-Loci 41
3.1.3 Chemikalien und Reagenzien 47
3.1.4 Puffer und Lösungen 48
3.1.5 Spezielle Geräte 49
3.1.6 Primer 50
3.2 Methoden 50
3.2.1 Isolierung genomischer DNA aus Vollblut 50
3.2.2 Messung der DNA-Qualität 52
3.2.3 Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR) 52
3.2.4 Agarosegel-Elektrophorese 55
3.2.5 Hydrolink-Gel-Bektrophorese 55
3.2.6 Probenvorbereitung 56
3.2.7 Statistische Auswertung 57
4 Ergebnisse 59
4.1 Darstellung der DNA-Varianten 59
4.1.1 Optimierung der PCR-Protokolle 59
4.1.2 Charakteristika der einzelnen Loci 64
4.2 Ergebnisse bei den untersuchten BSE- und Kontrollrindem 69
4.2.1 Anzahl und Frequenzen der Allele 69
4.2.2 Heterozygotiegrade 71
4.2.3 Abweichungen der Genotyphäufigkeiten vom genetischen 72
Gleichgewicht
4.2.4 Fis-Werte 73
4.2.5 Unterschiede in den Allel- und Genotyphäufigkeiten zwischen BSE- 73
und Kontrollrindern
4.3 Ergebnisse bei den Scrapie-infizierten Schafen 79
4.3.1 Anzahl und Frequenzen der Allele 79
4.3.2 Häufigkeiten der Genotypen und Haplotypen 79
4.3.3 Fis-Werte 80
4.3.4 Vergleiche der Allel- und Haplotyphäufigkeiten zwischen an Scrapie 80
erkrankten und nicht erkrankten Schafen
5 Diskussion 82
5.1 Ansätze zur genetischen Analyse von TSE 82
5.1.1 Vergleiche von BSE-Rindern mit nicht erkrankten Kontrollrindern 82
5.1.2 Vergleich zwischen erkrankten und nicht erkrankten Schafen nach 83
Infektion mit Scrapie-Material
5.2 Auswahl der Chromosomenregionen und Kandidaten-Gene 85
5.3 Auswahl polymorpher Markerloci 86
5.4 Darstellung der DNA-Varianten 87
5.4.1 DNA-Isolierung 87
5.4.2 PCR-Optimierung 88
5.4.3 Fragmentlängenanalysen 89
5.5 Genetische Zusammensetzung der untersuchten Tiergruppen 90
5.5.1 PRWP-Region 90
5.5.2 NFJ-Region 93
5.5.3 MHC 93
5.6 Assoziationen zwischen polymorphen Markerloci und 94
der TSE-Disposition
5.6.1 Mikrosatelliten und InOel in der PRNP-Regton 94
5.6.2 ORF-Varianten im ovinen PRNP 96
5.6.3 OCT4-Repeat im PRNP 97
5.6.4 NF1-Region 98
5.6.5 MHC 99
5.7 Schlussfolgerungen 100
6 Zusammenfassung 101
Summary 103
7 Literaturverzeichnis 105
8 Anhang 128
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