木芙蓉三个品种及近缘种的叶绿体基因组比较分析

木芙蓉三个品种及近缘种的叶绿体基因组比较分析

Q943; 木芙蓉(Hibiscus mutabilis)栽培历史悠久,是原产中国的古老园林树种和药用植物.为了探讨木芙蓉品种及近缘种的进化特征,厘清木芙蓉品种间及其与近缘种间的亲缘关系,以及探究木芙蓉叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的遗传方式,该文选择了一个杂交组合中的3个木芙蓉栽培品种('单瓣白'金秋颂'牡丹粉'),用高通量测序平台Illumina NovaSeq对其cpDNA进行首次测序.经组装注释后得到3条完整的cpDNA序列,结合该团队已经完成的近缘种台湾芙蓉(H.taiwanensis)和来自基因库的木槿、朱槿的cp...

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Veröffentlicht in:广西植物 2022, Vol.42 (12), p.2007-2020
Hauptverfasser: 李镇兵, 任婷, 邓姣姣, 陈俊佩, 周颂东, 曾心美, 马娇, 李方文
Format: Artikel
Sprache:chi
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creator 李镇兵
任婷
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陈俊佩
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description Q943; 木芙蓉(Hibiscus mutabilis)栽培历史悠久,是原产中国的古老园林树种和药用植物.为了探讨木芙蓉品种及近缘种的进化特征,厘清木芙蓉品种间及其与近缘种间的亲缘关系,以及探究木芙蓉叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的遗传方式,该文选择了一个杂交组合中的3个木芙蓉栽培品种('单瓣白'金秋颂'牡丹粉'),用高通量测序平台Illumina NovaSeq对其cpDNA进行首次测序.经组装注释后得到3条完整的cpDNA序列,结合该团队已经完成的近缘种台湾芙蓉(H.taiwanensis)和来自基因库的木槿、朱槿的cpDNA,对木槿属4种及木芙蓉种下的3个品种进行了cpDNA组成和结构特征的比较分析,并完成了其系统发育树重建.结果表明:(1)'单瓣白'金秋颂'牡丹粉'的cpDNA序列长度分别为160880、160879、160920 bp,基因数目均为130个,其中蛋白编码基因85个、核糖体RNA 8个和转运RNA 37个.(2)比较分析结果显示,木芙蓉的种下3个品种及其近缘种台湾芙蓉在cpDNA上高度保守,反向重复区(IR)均为26300 bp;木槿和朱槿在IR区发生了收缩,分别为25745、25598 bp.(3)系统发育分析结果显示,种下3个品种先聚成一个单系支,再与台湾芙蓉聚成一个高支持率分支,表明木芙蓉和台湾芙蓉的亲缘关系最近;相较于木槿和朱槿,木芙蓉、台湾芙蓉2种与海滨木槿、黄槿、大麻槿在亲缘关系上更近.(4)木芙蓉3个品种之间能通过cpDNA序列区分开,在大/小单拷贝区(LSC/SSC)长度上,'单瓣白'金秋颂'牡丹粉'分别为89355 bp/18925 bp、89353 bp/18926 bp、89400 bp/18920 bp,并且从重复序列和核苷酸多样性分析中开发出了候选分子标记和DNA条形码,可以作为品种鉴定的分子条码.(5)木芙蓉品种'单瓣白'与'金秋颂'cpDNA差异最小,亲缘关系最近,根据两者母本与子代的关系,证明了木芙蓉cpDNA的母系遗传特征.该研究结果有助于更好地了解3个木芙蓉品种及台湾芙蓉cpDNA的进化特征和物种间的系统发育关系,为木芙蓉品种的准确鉴定和优良品种选育提供了cpDNA方面的基础资料.
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木芙蓉(Hibiscus mutabilis)栽培历史悠久,是原产中国的古老园林树种和药用植物.为了探讨木芙蓉品种及近缘种的进化特征,厘清木芙蓉品种间及其与近缘种间的亲缘关系,以及探究木芙蓉叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的遗传方式,该文选择了一个杂交组合中的3个木芙蓉栽培品种('单瓣白'金秋颂'牡丹粉'),用高通量测序平台Illumina NovaSeq对其cpDNA进行首次测序.经组装注释后得到3条完整的cpDNA序列,结合该团队已经完成的近缘种台湾芙蓉(H.taiwanensis)和来自基因库的木槿、朱槿的cpDNA,对木槿属4种及木芙蓉种下的3个品种进行了cpDNA组成和结构特征的比较分析,并完成了其系统发育树重建.结果表明:(1)'单瓣白'金秋颂'牡丹粉'的cpDNA序列长度分别为160880、160879、160920 bp,基因数目均为130个,其中蛋白编码基因85个、核糖体RNA 8个和转运RNA 37个.(2)比较分析结果显示,木芙蓉的种下3个品种及其近缘种台湾芙蓉在cpDNA上高度保守,反向重复区(IR)均为26300 bp;木槿和朱槿在IR区发生了收缩,分别为25745、25598 bp.(3)系统发育分析结果显示,种下3个品种先聚成一个单系支,再与台湾芙蓉聚成一个高支持率分支,表明木芙蓉和台湾芙蓉的亲缘关系最近;相较于木槿和朱槿,木芙蓉、台湾芙蓉2种与海滨木槿、黄槿、大麻槿在亲缘关系上更近.(4)木芙蓉3个品种之间能通过cpDNA序列区分开,在大/小单拷贝区(LSC/SSC)长度上,'单瓣白'金秋颂'牡丹粉'分别为89355 bp/18925 bp、89353 bp/18926 bp、89400 bp/18920 bp,并且从重复序列和核苷酸多样性分析中开发出了候选分子标记和DNA条形码,可以作为品种鉴定的分子条码.(5)木芙蓉品种'单瓣白'与'金秋颂'cpDNA差异最小,亲缘关系最近,根据两者母本与子代的关系,证明了木芙蓉cpDNA的母系遗传特征.该研究结果有助于更好地了解3个木芙蓉品种及台湾芙蓉cpDNA的进化特征和物种间的系统发育关系,为木芙蓉品种的准确鉴定和优良品种选育提供了cpDNA方面的基础资料.</abstract><pub>四川大学 生命科学学院 生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065%成都市植物园,成都610083</pub><doi>10.11931/guihaia.gxzw202111005</doi></addata></record>
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