苦荞FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及组织表达分析
S517.035.3; [目的]克隆苦荞肉桂醇脱氢酶(CAD)基因并分析其组织表达特性,为深入研究CAD基因在苦荞果壳形成中的分子调控机制提供理论依据.[方法]基于苦荞转录组测序结果,从苦荞厚果壳品种云荞1号和薄果壳品种小米荞克隆CAD基因,对其序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测CAD基因在不同果壳厚度类型(厚果壳苦荞和薄果壳苦荞)不同组织的表达情况.[结果]从薄果壳苦荞和厚果壳苦荞中均克隆获得2条苦荞CAD基因,且这2条基因序列在薄果壳苦荞与厚果壳苦荞中均完全一致,命名为FtCAD-1和FtCAD-2.FtCAD-1基因的开放阅读框(ORF)长度为876...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | 南方农业学报 2021, Vol.52 (12), p.3340-3349 |
|---|---|
| Hauptverfasser: | , , , , , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | chi |
| Online-Zugang: | Volltext |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| container_end_page | 3349 |
|---|---|
| container_issue | 12 |
| container_start_page | 3340 |
| container_title | 南方农业学报 |
| container_volume | 52 |
| creator | 段迎 杨晓琳 蔡苏云 贺润丽 尹桂芳 王艳青 卢文洁 孙道旺 王莉花 |
| description | S517.035.3; [目的]克隆苦荞肉桂醇脱氢酶(CAD)基因并分析其组织表达特性,为深入研究CAD基因在苦荞果壳形成中的分子调控机制提供理论依据.[方法]基于苦荞转录组测序结果,从苦荞厚果壳品种云荞1号和薄果壳品种小米荞克隆CAD基因,对其序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测CAD基因在不同果壳厚度类型(厚果壳苦荞和薄果壳苦荞)不同组织的表达情况.[结果]从薄果壳苦荞和厚果壳苦荞中均克隆获得2条苦荞CAD基因,且这2条基因序列在薄果壳苦荞与厚果壳苦荞中均完全一致,命名为FtCAD-1和FtCAD-2.FtCAD-1基因的开放阅读框(ORF)长度为876 bp,编码291个氨基酸残基,为疏水性的稳定酸性蛋白,定位于细胞核和细胞质;FtCAD-2基因的ORF长度为1083 bp,编码360个氨基酸残基,为亲水性的稳定酸性蛋白,定位于细胞质.FtCAD-1和FtCAD-2蛋白均具有CAD蛋白3个典型的保守结构域,且不具有跨膜结构域和信号肽,属于非分泌蛋白.FtCAD-1与数据库目标蛋白2cf5.1.B的结构相似度为74.74％,而FtCAD-2与数据库目标蛋白5z0c.1.A的结构相似度为63.03％.FtCAD-1与拟南芥的第一类CAD蛋白(AtCAD4和AtCAD5)的亲缘关系较近;FtCAD-2与拟南芥的第二类CAD蛋白(AtCAD2、AtCAD3、AtCAD6等)的亲缘关系较近.FtCAD-1和FtCAD-2基因均在种仁中的相对表达量最高,且厚果壳苦荞与薄果壳苦荞间无显著差异(P>0.05).FtCAD-1基因在厚果壳苦荞叶、花和果壳中的相对表达量显著(P |
| doi_str_mv | 10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.017 |
| format | Article |
| fullrecord | <record><control><sourceid>wanfang_jour</sourceid><recordid>TN_cdi_wanfang_journals_gxnykx202112017</recordid><sourceformat>XML</sourceformat><sourcesystem>PC</sourcesystem><wanfj_id>gxnykx202112017</wanfj_id><sourcerecordid>gxnykx202112017</sourcerecordid><originalsourceid>FETCH-wanfang_journals_gxnykx2021120173</originalsourceid><addsrcrecordid>eNpjYFAxNNAztjSz1M_SyywuztMzMrA01TU0tDQEsowM9QyN9AwMzVkYOOHiHAy8xcVZBgYGRqYG5mbGRpwMFi-6l73onedW4uzoomv4dFIPhGX0dP6up7MXPG3tfjmr7Wl_1_PdLc93t79YuOLFvn1PO9qezZvAw8CalphTnMoLpbkZ1N1cQ5w9dMsT89IS89Ljs_JLi_KAMvHpFXmV2RUgFxkaAd1jTLxKALRyTh0</addsrcrecordid><sourcetype>Aggregation Database</sourcetype><iscdi>true</iscdi><recordtype>article</recordtype></control><display><type>article</type><title>苦荞FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及组织表达分析</title><source>EZB-FREE-00999 freely available EZB journals</source><creator>段迎 ; 杨晓琳 ; 蔡苏云 ; 贺润丽 ; 尹桂芳 ; 王艳青 ; 卢文洁 ; 孙道旺 ; 王莉花</creator><creatorcontrib>段迎 ; 杨晓琳 ; 蔡苏云 ; 贺润丽 ; 尹桂芳 ; 王艳青 ; 卢文洁 ; 孙道旺 ; 王莉花</creatorcontrib><description>S517.035.3; [目的]克隆苦荞肉桂醇脱氢酶(CAD)基因并分析其组织表达特性,为深入研究CAD基因在苦荞果壳形成中的分子调控机制提供理论依据.[方法]基于苦荞转录组测序结果,从苦荞厚果壳品种云荞1号和薄果壳品种小米荞克隆CAD基因,对其序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测CAD基因在不同果壳厚度类型(厚果壳苦荞和薄果壳苦荞)不同组织的表达情况.[结果]从薄果壳苦荞和厚果壳苦荞中均克隆获得2条苦荞CAD基因,且这2条基因序列在薄果壳苦荞与厚果壳苦荞中均完全一致,命名为FtCAD-1和FtCAD-2.FtCAD-1基因的开放阅读框(ORF)长度为876 bp,编码291个氨基酸残基,为疏水性的稳定酸性蛋白,定位于细胞核和细胞质;FtCAD-2基因的ORF长度为1083 bp,编码360个氨基酸残基,为亲水性的稳定酸性蛋白,定位于细胞质.FtCAD-1和FtCAD-2蛋白均具有CAD蛋白3个典型的保守结构域,且不具有跨膜结构域和信号肽,属于非分泌蛋白.FtCAD-1与数据库目标蛋白2cf5.1.B的结构相似度为74.74％,而FtCAD-2与数据库目标蛋白5z0c.1.A的结构相似度为63.03％.FtCAD-1与拟南芥的第一类CAD蛋白(AtCAD4和AtCAD5)的亲缘关系较近;FtCAD-2与拟南芥的第二类CAD蛋白(AtCAD2、AtCAD3、AtCAD6等)的亲缘关系较近.FtCAD-1和FtCAD-2基因均在种仁中的相对表达量最高,且厚果壳苦荞与薄果壳苦荞间无显著差异(P>0.05).FtCAD-1基因在厚果壳苦荞叶、花和果壳中的相对表达量显著(P<0.05,下同)或极显著(P<0.01)高于薄果壳苦荞,尤其是在厚果壳苦荞果壳中相对表达量是薄果壳苦荞的16倍.FtCAD-2基因除了在薄果壳苦荞果壳中相对表达量显著高于厚果壳苦荞外,在其他组织中的相对表达量均表现为厚果壳苦荞高于薄果壳苦荞.[结论]FtCAD-1属于第一类CAD基因,具有明显的组织表达特异性,推测其在苦荞木质素生物合成过程中发挥重要调控作用.</description><identifier>ISSN: 2095-1191</identifier><identifier>DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.017</identifier><language>chi</language><publisher>山西中医药大学中药与食品工程学院,太原 030619%云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业农村部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明 650201</publisher><ispartof>南方农业学报, 2021, Vol.52 (12), p.3340-3349</ispartof><rights>Copyright © Wanfang Data Co. Ltd. All Rights Reserved.</rights><lds50>peer_reviewed</lds50><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Uhttp://www.wanfangdata.com.cn/images/PeriodicalImages/gxnykx/gxnykx.jpg</thumbnail><link.rule.ids>314,780,784,4024,27923,27924,27925</link.rule.ids></links><search><creatorcontrib>段迎</creatorcontrib><creatorcontrib>杨晓琳</creatorcontrib><creatorcontrib>蔡苏云</creatorcontrib><creatorcontrib>贺润丽</creatorcontrib><creatorcontrib>尹桂芳</creatorcontrib><creatorcontrib>王艳青</creatorcontrib><creatorcontrib>卢文洁</creatorcontrib><creatorcontrib>孙道旺</creatorcontrib><creatorcontrib>王莉花</creatorcontrib><title>苦荞FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及组织表达分析</title><title>南方农业学报</title><description>S517.035.3; [目的]克隆苦荞肉桂醇脱氢酶(CAD)基因并分析其组织表达特性,为深入研究CAD基因在苦荞果壳形成中的分子调控机制提供理论依据.[方法]基于苦荞转录组测序结果,从苦荞厚果壳品种云荞1号和薄果壳品种小米荞克隆CAD基因,对其序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测CAD基因在不同果壳厚度类型(厚果壳苦荞和薄果壳苦荞)不同组织的表达情况.[结果]从薄果壳苦荞和厚果壳苦荞中均克隆获得2条苦荞CAD基因,且这2条基因序列在薄果壳苦荞与厚果壳苦荞中均完全一致,命名为FtCAD-1和FtCAD-2.FtCAD-1基因的开放阅读框(ORF)长度为876 bp,编码291个氨基酸残基,为疏水性的稳定酸性蛋白,定位于细胞核和细胞质;FtCAD-2基因的ORF长度为1083 bp,编码360个氨基酸残基,为亲水性的稳定酸性蛋白,定位于细胞质.FtCAD-1和FtCAD-2蛋白均具有CAD蛋白3个典型的保守结构域,且不具有跨膜结构域和信号肽,属于非分泌蛋白.FtCAD-1与数据库目标蛋白2cf5.1.B的结构相似度为74.74％,而FtCAD-2与数据库目标蛋白5z0c.1.A的结构相似度为63.03％.FtCAD-1与拟南芥的第一类CAD蛋白(AtCAD4和AtCAD5)的亲缘关系较近;FtCAD-2与拟南芥的第二类CAD蛋白(AtCAD2、AtCAD3、AtCAD6等)的亲缘关系较近.FtCAD-1和FtCAD-2基因均在种仁中的相对表达量最高,且厚果壳苦荞与薄果壳苦荞间无显著差异(P>0.05).FtCAD-1基因在厚果壳苦荞叶、花和果壳中的相对表达量显著(P<0.05,下同)或极显著(P<0.01)高于薄果壳苦荞,尤其是在厚果壳苦荞果壳中相对表达量是薄果壳苦荞的16倍.FtCAD-2基因除了在薄果壳苦荞果壳中相对表达量显著高于厚果壳苦荞外,在其他组织中的相对表达量均表现为厚果壳苦荞高于薄果壳苦荞.[结论]FtCAD-1属于第一类CAD基因,具有明显的组织表达特异性,推测其在苦荞木质素生物合成过程中发挥重要调控作用.</description><issn>2095-1191</issn><fulltext>true</fulltext><rsrctype>article</rsrctype><creationdate>2021</creationdate><recordtype>article</recordtype><recordid>eNpjYFAxNNAztjSz1M_SyywuztMzMrA01TU0tDQEsowM9QyN9AwMzVkYOOHiHAy8xcVZBgYGRqYG5mbGRpwMFi-6l73onedW4uzoomv4dFIPhGX0dP6up7MXPG3tfjmr7Wl_1_PdLc93t79YuOLFvn1PO9qezZvAw8CalphTnMoLpbkZ1N1cQ5w9dMsT89IS89Ljs_JLi_KAMvHpFXmV2RUgFxkaAd1jTLxKALRyTh0</recordid><startdate>2021</startdate><enddate>2021</enddate><creator>段迎</creator><creator>杨晓琳</creator><creator>蔡苏云</creator><creator>贺润丽</creator><creator>尹桂芳</creator><creator>王艳青</creator><creator>卢文洁</creator><creator>孙道旺</creator><creator>王莉花</creator><general>山西中医药大学中药与食品工程学院,太原 030619%云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业农村部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明 650201</general><scope>2B.</scope><scope>4A8</scope><scope>92I</scope><scope>93N</scope><scope>PSX</scope><scope>TCJ</scope></search><sort><creationdate>2021</creationdate><title>苦荞FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及组织表达分析</title><author>段迎 ; 杨晓琳 ; 蔡苏云 ; 贺润丽 ; 尹桂芳 ; 王艳青 ; 卢文洁 ; 孙道旺 ; 王莉花</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-wanfang_journals_gxnykx2021120173</frbrgroupid><rsrctype>articles</rsrctype><prefilter>articles</prefilter><language>chi</language><creationdate>2021</creationdate><toplevel>peer_reviewed</toplevel><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>段迎</creatorcontrib><creatorcontrib>杨晓琳</creatorcontrib><creatorcontrib>蔡苏云</creatorcontrib><creatorcontrib>贺润丽</creatorcontrib><creatorcontrib>尹桂芳</creatorcontrib><creatorcontrib>王艳青</creatorcontrib><creatorcontrib>卢文洁</creatorcontrib><creatorcontrib>孙道旺</creatorcontrib><creatorcontrib>王莉花</creatorcontrib><collection>Wanfang Data Journals - Hong Kong</collection><collection>WANFANG Data Centre</collection><collection>Wanfang Data Journals</collection><collection>万方数据期刊 - 香港版</collection><collection>China Online Journals (COJ)</collection><collection>China Online Journals (COJ)</collection><jtitle>南方农业学报</jtitle></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext</fulltext></delivery><addata><au>段迎</au><au>杨晓琳</au><au>蔡苏云</au><au>贺润丽</au><au>尹桂芳</au><au>王艳青</au><au>卢文洁</au><au>孙道旺</au><au>王莉花</au><format>journal</format><genre>article</genre><ristype>JOUR</ristype><atitle>苦荞FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及组织表达分析</atitle><jtitle>南方农业学报</jtitle><date>2021</date><risdate>2021</risdate><volume>52</volume><issue>12</issue><spage>3340</spage><epage>3349</epage><pages>3340-3349</pages><issn>2095-1191</issn><abstract>S517.035.3; [目的]克隆苦荞肉桂醇脱氢酶(CAD)基因并分析其组织表达特性,为深入研究CAD基因在苦荞果壳形成中的分子调控机制提供理论依据.[方法]基于苦荞转录组测序结果,从苦荞厚果壳品种云荞1号和薄果壳品种小米荞克隆CAD基因,对其序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测CAD基因在不同果壳厚度类型(厚果壳苦荞和薄果壳苦荞)不同组织的表达情况.[结果]从薄果壳苦荞和厚果壳苦荞中均克隆获得2条苦荞CAD基因,且这2条基因序列在薄果壳苦荞与厚果壳苦荞中均完全一致,命名为FtCAD-1和FtCAD-2.FtCAD-1基因的开放阅读框(ORF)长度为876 bp,编码291个氨基酸残基,为疏水性的稳定酸性蛋白,定位于细胞核和细胞质;FtCAD-2基因的ORF长度为1083 bp,编码360个氨基酸残基,为亲水性的稳定酸性蛋白,定位于细胞质.FtCAD-1和FtCAD-2蛋白均具有CAD蛋白3个典型的保守结构域,且不具有跨膜结构域和信号肽,属于非分泌蛋白.FtCAD-1与数据库目标蛋白2cf5.1.B的结构相似度为74.74％,而FtCAD-2与数据库目标蛋白5z0c.1.A的结构相似度为63.03％.FtCAD-1与拟南芥的第一类CAD蛋白(AtCAD4和AtCAD5)的亲缘关系较近;FtCAD-2与拟南芥的第二类CAD蛋白(AtCAD2、AtCAD3、AtCAD6等)的亲缘关系较近.FtCAD-1和FtCAD-2基因均在种仁中的相对表达量最高,且厚果壳苦荞与薄果壳苦荞间无显著差异(P>0.05).FtCAD-1基因在厚果壳苦荞叶、花和果壳中的相对表达量显著(P<0.05,下同)或极显著(P<0.01)高于薄果壳苦荞,尤其是在厚果壳苦荞果壳中相对表达量是薄果壳苦荞的16倍.FtCAD-2基因除了在薄果壳苦荞果壳中相对表达量显著高于厚果壳苦荞外,在其他组织中的相对表达量均表现为厚果壳苦荞高于薄果壳苦荞.[结论]FtCAD-1属于第一类CAD基因,具有明显的组织表达特异性,推测其在苦荞木质素生物合成过程中发挥重要调控作用.</abstract><pub>山西中医药大学中药与食品工程学院,太原 030619%云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所/云南省农业生物技术重点实验室/农业农村部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明 650201</pub><doi>10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.017</doi></addata></record> |
| fulltext | fulltext |
| identifier | ISSN: 2095-1191 |
| ispartof | 南方农业学报, 2021, Vol.52 (12), p.3340-3349 |
| issn | 2095-1191 |
| language | chi |
| recordid | cdi_wanfang_journals_gxnykx202112017 |
| source | EZB-FREE-00999 freely available EZB journals |
| title | 苦荞FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及组织表达分析 |
| url | https://sfx.bib-bvb.de/sfx_tum?ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info:ofi/enc:UTF-8&ctx_tim=2025-01-02T04%3A26%3A13IST&url_ver=Z39.88-2004&url_ctx_fmt=infofi/fmt:kev:mtx:ctx&rfr_id=info:sid/primo.exlibrisgroup.com:primo3-Article-wanfang_jour&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.genre=article&rft.atitle=%E8%8B%A6%E8%8D%9EFtCAD-1%E5%92%8CFtCAD-2%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E5%85%8B%E9%9A%86%E5%8F%8A%E7%BB%84%E7%BB%87%E8%A1%A8%E8%BE%BE%E5%88%86%E6%9E%90&rft.jtitle=%E5%8D%97%E6%96%B9%E5%86%9C%E4%B8%9A%E5%AD%A6%E6%8A%A5&rft.au=%E6%AE%B5%E8%BF%8E&rft.date=2021&rft.volume=52&rft.issue=12&rft.spage=3340&rft.epage=3349&rft.pages=3340-3349&rft.issn=2095-1191&rft_id=info:doi/10.3969/j.issn.2095-1191.2021.12.017&rft_dat=%3Cwanfang_jour%3Egxnykx202112017%3C/wanfang_jour%3E%3Curl%3E%3C/url%3E&disable_directlink=true&sfx.directlink=off&sfx.report_link=0&rft_id=info:oai/&rft_id=info:pmid/&rft_wanfj_id=gxnykx202112017&rfr_iscdi=true |