细菌及真菌血流感染宏基因组学检测标本预处理方法探索

R446.5; 目的 本研究主要针对血流感染患者标本存在大量人类核酸,对细菌及真菌宏基因组学测序检测带来的干扰进行探讨,设计了3种去宿主(人源)核酸方法:皂素去宿主核酸法(Saponin法)、SDS去宿主核酸法(SDS法)和水洗法,从中选出最优方法.方法 向无菌血液标本中分别注入金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、白色念珠菌模拟临床血流感染患者血液标本,对标本进行去宿主核酸处理、核酸提取、实时荧光定量聚合酶链反应,通过比较对照组及实验组标本的ΔCt值评价各种方法的去人源核酸效果及病原菌核酸丢失量.结果 Saponin法和SDS法人源核酸去除效果较好:GAPDH基因ΔCt分别为10.13和11.13;β-actin基因ΔCt分别为12.76和14.30;水洗法中人源基因核酸发生了富集,GAPDH基因ΔCt=-4.23,β-actin基因ΔCt=-4.05.同时Saponin法和水洗法中肺炎克雷伯菌和白色念珠菌的核酸均发生富集:Saponin法ΔCt分别为4.24、1.07,水洗法ΔCt分别为2.41、0.88,金黄色葡萄球菌的核酸发生丢失;SDS法中肺炎克雷伯菌、白色念珠菌和金黄色葡萄球菌均发生了丢失:ΔCt分别为-1.09、-1.75、-4.56.结论 综合考虑去宿主核酸及病原菌核酸丢失量2个方面,使用Saponin法处理含菌血液标本效果最理想.