利用高密度遗传图谱定位水稻耐低氧萌发QTL

S332.4; [目的]耐低氧萌发能力是水稻直播适应性的核心性状之一.采用直播型温带粳稻品种Francis和多穗型优质恢复系R998 衍生的重组自交系群体开展水稻耐低氧萌发QTL定位研究,旨在为直播稻品种培育提供新的有价值的基因资源,促进直播稻新品种培育和直播稻生产方式的推广.[方法]以 28℃淹水 10 cm 暗培养 7 d 的水稻胚芽鞘长、芽长和最大根长作为耐低氧萌发能力指标,通过低倍基因组重测序构建含有 3106 个bin标记的高密度遗传图谱,采用WinQTL Cart 2.5 进行QTL扫描.[结果]低氧萌发条件下,Francis的胚芽鞘长度和根长显著高于R998,但是两者芽长差异不显著.构建的遗传图谱总图距为 3646.2 cM,其中 12 号染色体标记数最少,1 号染色体标记数最多,分别为 174 个和 389 个.遗传图谱的标记平均图距为 1.21 cM,各染色体的平均图距范围为 0.68～1.84 cM,5 cM以上的Gap比例为 0.36％.采用复合区间作图法(CIM),共检测到分布于 5 条染色体上的 6 个耐低氧萌发相关QTL.其中,控制胚芽鞘长度、芽长和根长的QTL个数分别为 3、1、2 个.表型贡献率超过 10％的 2 个QTL是胚芽鞘长度位点qCL9 和芽长位点qSL5,二者分别解释群体表型变异的 13.39％和 10.78％.qCL9 与根长QTL qRL2-1 的增效等位基因均来自亲本Francis,其余 4 个QTL的增效等位基因来自亲本R998.6 个QTL中有 3 个暂未见报道,可能是新的QTL.[结论]Francis和R998 低氧萌发特性存在显著差异,双亲中均含有耐低氧萌发的增效等位基因.qCL9 和qSL5 是分别影响胚芽鞘长和芽长的主效QTL,在直播稻分子育种中具有潜在应用价值.