两种软件分析唾液多肽组结果的比较

两种软件分析唾液多肽组结果的比较

以10个唾液样本为例,唾液经氧化石墨烯-磷酸镧纳米复合材料(LaGM)方法分离和高分辨串联飞行时间质谱进行多肽鉴定后,使用Peaks studio 8.5(PS)和Protein Pilot Software 4.0(PP)两种软件分别进行搜库分析后对比鉴定结果.研究发现,两种软件鉴定出的阈值以上肽段数量存在差异,PS软件通常能够鉴定出更多阈值以上肽段数目;两种软件鉴定出的阈值以上相同肽段在PS中占30％ ～60％,在PP中占60％ ～90％,即某些肽段只能被PS或PP一种软件所鉴定.但是,两种搜库结果在降解蛋白质数目上无明显规律,数目因样本而异.值得注意的是,如果以PP和PS的阳性结果相互参...

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Veröffentlicht in:分析化学 2020, Vol.48 (12), p.1709-1716
Hauptverfasser: 万磊磊, 陈琦, 程思明, 李水明, 王勇
Format: Artikel
Sprache:chi
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creator 万磊磊
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description 以10个唾液样本为例,唾液经氧化石墨烯-磷酸镧纳米复合材料(LaGM)方法分离和高分辨串联飞行时间质谱进行多肽鉴定后,使用Peaks studio 8.5(PS)和Protein Pilot Software 4.0(PP)两种软件分别进行搜库分析后对比鉴定结果.研究发现,两种软件鉴定出的阈值以上肽段数量存在差异,PS软件通常能够鉴定出更多阈值以上肽段数目;两种软件鉴定出的阈值以上相同肽段在PS中占30％ ～60％,在PP中占60％ ～90％,即某些肽段只能被PS或PP一种软件所鉴定.但是,两种搜库结果在降解蛋白质数目上无明显规律,数目因样本而异.值得注意的是,如果以PP和PS的阳性结果相互参照,发现在一种软件中阈值以下的肽段,在另一种软件中也可能是在阈值以上,而且此概率与肽段的打分呈正相关.研究还发现,两种软件对不同长度肽段的鉴定有一定的偏好性:PS鉴定结果中短肽段较多,而PP软件可以给出更多的长肽段.比较而言,在PP中,短肽段易出现假阴性,在PS中,长肽段易出现假阴性,而信号的相对强度与阈值无明显的相关性.本研究结果表明,只使用一种软件进行分析,结果不能准确地代表多肽组的全部情况,两种软件都能提供另一软件鉴定不到的信息,将两种软件结果综合分析,能够得到更为全面的结果.
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