Estimativa de freqüência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos
O objetivo deste trabalho foi obter as estimativas de freqüência de recombinação, por meio de simulação, para diferentes situações do mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Foi simulado um genoma constituído de três grupos de ligação, em que cada um apresentava 11 marcas moleculares mu...
Gespeichert in:
Veröffentlicht in: | Pesquisa agropecuaria brasileira 2008-03, Vol.43 (3), p.363-369 |
---|---|
Hauptverfasser: | , , |
Format: | Artikel |
Sprache: | por |
Schlagworte: | |
Online-Zugang: | Volltext |
Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
container_end_page | 369 |
---|---|
container_issue | 3 |
container_start_page | 363 |
container_title | Pesquisa agropecuaria brasileira |
container_volume | 43 |
creator | Bhering, Leonardo Lopes(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) Cruz, Cosme Damião(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) God, Pedro Ivo Vieira Good(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) |
description | O objetivo deste trabalho foi obter as estimativas de freqüência de recombinação, por meio de simulação, para diferentes situações do mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Foi simulado um genoma constituído de três grupos de ligação, em que cada um apresentava 11 marcas moleculares multialélicas, codominantes, distribuídas a cada 10 cM. A partir desse genoma, foram simulados dois cenários: um com genitores completamente informativos e outro com genitores formados aleatoriamente. Após a obtenção de todas as estimativas das freqüências de recombinação, concluiu-se que, para locos completamente informativos, pode-se calcular a freqüência de recombinação entre pares de locos, a partir da freqüência gamética de cada genitor ou a partir da freqüência genotípica da progênie. Para locos parcialmente informativos, a obtenção da freqüência de recombinação a partir da freqüência genotípica conjunta é mais apropriada.
The objective of this work was to obtain the estimates of recombination frequency, through simulation, for different situations in genetic mapping involving full sibling families. A genome with three linkage groups simulated, each one with 11 molecular marks which were multi-allelic, codominants, with saturation of 10 cM. Starting from this genome, two situations were simulated: one with informative genitors, and other with genitors formed randomly. Once all the recombination frequencies were estimated, it was found out that in completely informative loci, the recombination frequency can be calculated among equal pairs of loci starting from the gametic frequency of each genitor, or starting from the genotipic frequency of the progeny. For partially informative loci, the recombination frequency starting from the united genotipic frequency is more appropriate. |
doi_str_mv | 10.1590/S0100-204X2008000300011 |
format | Article |
fullrecord | <record><control><sourceid>scielo_fao_a</sourceid><recordid>TN_cdi_scielo_journals_S0100_204X2008000300011</recordid><sourceformat>XML</sourceformat><sourcesystem>PC</sourcesystem><scielo_id>S0100_204X2008000300011</scielo_id><sourcerecordid>S0100_204X2008000300011</sourcerecordid><originalsourceid>FETCH-LOGICAL-f131t-12d521785b6065aa6d1617a92bfc6f750b7254a22396e7717490f9efd6186e723</originalsourceid><addsrcrecordid>eNplkMFKw0AQhhdRsFYfQcwLpM5skt3kKKVaoeChCr2FSbJbtiTZmo2-kAdR8A285cXctuLFwzD8M_83Az9jVwgTTDK4XgIChBziFQdIASDyhXjERihkGkYZx2M2-jOdsjPnNgBcRkKOmJ653jTUm1cKKhXoTj0P38NnW5q97lRpm8K0NLwPbzZobdDQVlGj2t4Ga9UOH70p7Z6kZviqDbmdMF3j7S7w8LZWvXXn7ERT7dTFbx-zp9vZ43QeLh7u7qc3i1BjhH2IvEo4yjQpBIiESFQoUFLGC10KLRMoJE9i4jzKhJISZZyBzpSuBKZ-wKMxmxzuutKo2uYb-9K1_mG-Tyn_l5IHLg-AJpvTujMuXy13lthb_P4HCkJpCQ</addsrcrecordid><sourcetype>Open Access Repository</sourcetype><iscdi>true</iscdi><recordtype>article</recordtype></control><display><type>article</type><title>Estimativa de freqüência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos</title><source>DOAJ Directory of Open Access Journals</source><source>Elektronische Zeitschriftenbibliothek - Frei zugängliche E-Journals</source><creator>Bhering, Leonardo Lopes(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) ; Cruz, Cosme Damião(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) ; God, Pedro Ivo Vieira Good(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creator><creatorcontrib>Bhering, Leonardo Lopes(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) ; Cruz, Cosme Damião(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) ; God, Pedro Ivo Vieira Good(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creatorcontrib><description>O objetivo deste trabalho foi obter as estimativas de freqüência de recombinação, por meio de simulação, para diferentes situações do mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Foi simulado um genoma constituído de três grupos de ligação, em que cada um apresentava 11 marcas moleculares multialélicas, codominantes, distribuídas a cada 10 cM. A partir desse genoma, foram simulados dois cenários: um com genitores completamente informativos e outro com genitores formados aleatoriamente. Após a obtenção de todas as estimativas das freqüências de recombinação, concluiu-se que, para locos completamente informativos, pode-se calcular a freqüência de recombinação entre pares de locos, a partir da freqüência gamética de cada genitor ou a partir da freqüência genotípica da progênie. Para locos parcialmente informativos, a obtenção da freqüência de recombinação a partir da freqüência genotípica conjunta é mais apropriada.
The objective of this work was to obtain the estimates of recombination frequency, through simulation, for different situations in genetic mapping involving full sibling families. A genome with three linkage groups simulated, each one with 11 molecular marks which were multi-allelic, codominants, with saturation of 10 cM. Starting from this genome, two situations were simulated: one with informative genitors, and other with genitors formed randomly. Once all the recombination frequencies were estimated, it was found out that in completely informative loci, the recombination frequency can be calculated among equal pairs of loci starting from the gametic frequency of each genitor, or starting from the genotipic frequency of the progeny. For partially informative loci, the recombination frequency starting from the united genotipic frequency is more appropriate.</description><identifier>ISSN: 0100-204X</identifier><identifier>ISSN: 1678-3921</identifier><identifier>EISSN: 1678-3921</identifier><identifier>DOI: 10.1590/S0100-204X2008000300011</identifier><language>por</language><publisher>Embrapa Informação TecnológicaPesquisa Agropecuária Brasileira</publisher><subject>AGRICULTURE, DAIRY & ANIMAL SCIENCE ; AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY ; exogamic populations ; genomics ; genômica ; maxim likelihood ; máxima verossimilhança ; populações exogâmicas</subject><ispartof>Pesquisa agropecuaria brasileira, 2008-03, Vol.43 (3), p.363-369</ispartof><rights>This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.</rights><lds50>peer_reviewed</lds50><oa>free_for_read</oa><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><link.rule.ids>230,314,776,780,860,881,27901,27902</link.rule.ids></links><search><creatorcontrib>Bhering, Leonardo Lopes(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creatorcontrib><creatorcontrib>Cruz, Cosme Damião(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creatorcontrib><creatorcontrib>God, Pedro Ivo Vieira Good(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creatorcontrib><title>Estimativa de freqüência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos</title><title>Pesquisa agropecuaria brasileira</title><addtitle>Pesq. agropec. bras</addtitle><description>O objetivo deste trabalho foi obter as estimativas de freqüência de recombinação, por meio de simulação, para diferentes situações do mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Foi simulado um genoma constituído de três grupos de ligação, em que cada um apresentava 11 marcas moleculares multialélicas, codominantes, distribuídas a cada 10 cM. A partir desse genoma, foram simulados dois cenários: um com genitores completamente informativos e outro com genitores formados aleatoriamente. Após a obtenção de todas as estimativas das freqüências de recombinação, concluiu-se que, para locos completamente informativos, pode-se calcular a freqüência de recombinação entre pares de locos, a partir da freqüência gamética de cada genitor ou a partir da freqüência genotípica da progênie. Para locos parcialmente informativos, a obtenção da freqüência de recombinação a partir da freqüência genotípica conjunta é mais apropriada.
The objective of this work was to obtain the estimates of recombination frequency, through simulation, for different situations in genetic mapping involving full sibling families. A genome with three linkage groups simulated, each one with 11 molecular marks which were multi-allelic, codominants, with saturation of 10 cM. Starting from this genome, two situations were simulated: one with informative genitors, and other with genitors formed randomly. Once all the recombination frequencies were estimated, it was found out that in completely informative loci, the recombination frequency can be calculated among equal pairs of loci starting from the gametic frequency of each genitor, or starting from the genotipic frequency of the progeny. For partially informative loci, the recombination frequency starting from the united genotipic frequency is more appropriate.</description><subject>AGRICULTURE, DAIRY & ANIMAL SCIENCE</subject><subject>AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY</subject><subject>exogamic populations</subject><subject>genomics</subject><subject>genômica</subject><subject>maxim likelihood</subject><subject>máxima verossimilhança</subject><subject>populações exogâmicas</subject><issn>0100-204X</issn><issn>1678-3921</issn><issn>1678-3921</issn><fulltext>true</fulltext><rsrctype>article</rsrctype><creationdate>2008</creationdate><recordtype>article</recordtype><recordid>eNplkMFKw0AQhhdRsFYfQcwLpM5skt3kKKVaoeChCr2FSbJbtiTZmo2-kAdR8A285cXctuLFwzD8M_83Az9jVwgTTDK4XgIChBziFQdIASDyhXjERihkGkYZx2M2-jOdsjPnNgBcRkKOmJ653jTUm1cKKhXoTj0P38NnW5q97lRpm8K0NLwPbzZobdDQVlGj2t4Ga9UOH70p7Z6kZviqDbmdMF3j7S7w8LZWvXXn7ERT7dTFbx-zp9vZ43QeLh7u7qc3i1BjhH2IvEo4yjQpBIiESFQoUFLGC10KLRMoJE9i4jzKhJISZZyBzpSuBKZ-wKMxmxzuutKo2uYb-9K1_mG-Tyn_l5IHLg-AJpvTujMuXy13lthb_P4HCkJpCQ</recordid><startdate>200803</startdate><enddate>200803</enddate><creator>Bhering, Leonardo Lopes(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creator><creator>Cruz, Cosme Damião(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creator><creator>God, Pedro Ivo Vieira Good(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creator><general>Embrapa Informação TecnológicaPesquisa Agropecuária Brasileira</general><general>Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento; Pesquisa Agropecuária Brasileira</general><scope>FBQ</scope><scope>GPN</scope></search><sort><creationdate>200803</creationdate><title>Estimativa de freqüência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos</title><author>Bhering, Leonardo Lopes(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) ; Cruz, Cosme Damião(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral) ; God, Pedro Ivo Vieira Good(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-LOGICAL-f131t-12d521785b6065aa6d1617a92bfc6f750b7254a22396e7717490f9efd6186e723</frbrgroupid><rsrctype>articles</rsrctype><prefilter>articles</prefilter><language>por</language><creationdate>2008</creationdate><topic>AGRICULTURE, DAIRY & ANIMAL SCIENCE</topic><topic>AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY</topic><topic>exogamic populations</topic><topic>genomics</topic><topic>genômica</topic><topic>maxim likelihood</topic><topic>máxima verossimilhança</topic><topic>populações exogâmicas</topic><toplevel>peer_reviewed</toplevel><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>Bhering, Leonardo Lopes(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creatorcontrib><creatorcontrib>Cruz, Cosme Damião(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creatorcontrib><creatorcontrib>God, Pedro Ivo Vieira Good(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</creatorcontrib><collection>AGRIS</collection><collection>SciELO</collection><jtitle>Pesquisa agropecuaria brasileira</jtitle></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext</fulltext></delivery><addata><au>Bhering, Leonardo Lopes(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</au><au>Cruz, Cosme Damião(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</au><au>God, Pedro Ivo Vieira Good(Universidade Federal de Viçosa Departamento de Biologia Geral)</au><format>journal</format><genre>article</genre><ristype>JOUR</ristype><atitle>Estimativa de freqüência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos</atitle><jtitle>Pesquisa agropecuaria brasileira</jtitle><addtitle>Pesq. agropec. bras</addtitle><date>2008-03</date><risdate>2008</risdate><volume>43</volume><issue>3</issue><spage>363</spage><epage>369</epage><pages>363-369</pages><issn>0100-204X</issn><issn>1678-3921</issn><eissn>1678-3921</eissn><abstract>O objetivo deste trabalho foi obter as estimativas de freqüência de recombinação, por meio de simulação, para diferentes situações do mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Foi simulado um genoma constituído de três grupos de ligação, em que cada um apresentava 11 marcas moleculares multialélicas, codominantes, distribuídas a cada 10 cM. A partir desse genoma, foram simulados dois cenários: um com genitores completamente informativos e outro com genitores formados aleatoriamente. Após a obtenção de todas as estimativas das freqüências de recombinação, concluiu-se que, para locos completamente informativos, pode-se calcular a freqüência de recombinação entre pares de locos, a partir da freqüência gamética de cada genitor ou a partir da freqüência genotípica da progênie. Para locos parcialmente informativos, a obtenção da freqüência de recombinação a partir da freqüência genotípica conjunta é mais apropriada.
The objective of this work was to obtain the estimates of recombination frequency, through simulation, for different situations in genetic mapping involving full sibling families. A genome with three linkage groups simulated, each one with 11 molecular marks which were multi-allelic, codominants, with saturation of 10 cM. Starting from this genome, two situations were simulated: one with informative genitors, and other with genitors formed randomly. Once all the recombination frequencies were estimated, it was found out that in completely informative loci, the recombination frequency can be calculated among equal pairs of loci starting from the gametic frequency of each genitor, or starting from the genotipic frequency of the progeny. For partially informative loci, the recombination frequency starting from the united genotipic frequency is more appropriate.</abstract><pub>Embrapa Informação TecnológicaPesquisa Agropecuária Brasileira</pub><doi>10.1590/S0100-204X2008000300011</doi><tpages>7</tpages><oa>free_for_read</oa></addata></record> |
fulltext | fulltext |
identifier | ISSN: 0100-204X |
ispartof | Pesquisa agropecuaria brasileira, 2008-03, Vol.43 (3), p.363-369 |
issn | 0100-204X 1678-3921 1678-3921 |
language | por |
recordid | cdi_scielo_journals_S0100_204X2008000300011 |
source | DOAJ Directory of Open Access Journals; Elektronische Zeitschriftenbibliothek - Frei zugängliche E-Journals |
subjects | AGRICULTURE, DAIRY & ANIMAL SCIENCE AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY exogamic populations genomics genômica maxim likelihood máxima verossimilhança populações exogâmicas |
title | Estimativa de freqüência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos |
url | https://sfx.bib-bvb.de/sfx_tum?ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info:ofi/enc:UTF-8&ctx_tim=2025-02-11T09%3A09%3A09IST&url_ver=Z39.88-2004&url_ctx_fmt=infofi/fmt:kev:mtx:ctx&rfr_id=info:sid/primo.exlibrisgroup.com:primo3-Article-scielo_fao_a&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.genre=article&rft.atitle=Estimativa%20de%20freq%C3%BC%C3%AAncia%20de%20recombina%C3%A7%C3%A3o%20no%20mapeamento%20gen%C3%A9tico%20de%20fam%C3%ADlias%20de%20irm%C3%A3os%20completos&rft.jtitle=Pesquisa%20agropecuaria%20brasileira&rft.au=Bhering,%20Leonardo%20Lopes(Universidade%20Federal%20de%20Vi%C3%A7osa%20Departamento%20de%20Biologia%20Geral)&rft.date=2008-03&rft.volume=43&rft.issue=3&rft.spage=363&rft.epage=369&rft.pages=363-369&rft.issn=0100-204X&rft.eissn=1678-3921&rft_id=info:doi/10.1590/S0100-204X2008000300011&rft_dat=%3Cscielo_fao_a%3ES0100_204X2008000300011%3C/scielo_fao_a%3E%3Curl%3E%3C/url%3E&disable_directlink=true&sfx.directlink=off&sfx.report_link=0&rft_id=info:oai/&rft_id=info:pmid/&rft_scielo_id=S0100_204X2008000300011&rfr_iscdi=true |