Subtyping of new Brazilian avian metapneumovirus isolates from chickens and turkeys by reverse transcriptase-nested-polymerase chain reaction

The aim of this study was to improve a reverse transcriptase (RT)-nested-polymerase chain reaction (PCR) able to differentiate avian pneumovirus (APV) subtypes A and B, and to characterize new Brazilian isolates. Representative APV strains and clinical field samples from chickens and turkey flocks were amplified in the chicken embryo-related cell line. Viral RNA was extracted from harvested cells, and submitted to cDNA synthesis. The primers utilized for RT-PCR were compatible with the G gene of both the A and B subtypes of APV, while the nested primers were subtype specific. This approach showed that three new APVs from chickens and one from turkeys were subtype A, confirmed by sequencing. This is the first report of APV isolation from turkeys in Brazil. Four other APVs were detected and classified as subtype A by RT-nested-PCR. These optimized techniques could be useful for differentiation of APV subtypes A and B, proving to be a valuable molecular epidemiological tool. Le but de cette étude a été d'améliorer une RT-PCR nichée capable de différencier les sous types A et B de pneumovirus aviaires (APV), et de caractériser de nouvelles souches brésiliennes. Des souches représentatives d'APV et des prélèvements de poulets et dindes appartenant à des troupeaux malades, ont été amplifiés sur des lignées cellulaires d'embryon. L'ARN viral a été extrait à partir des cellules récoltées, puis a fait l'objet de la synthèse d'un ADNc. Les amorces utilisées pour la RT-PCR ont été compatibles avec le gène G des sous types A et B d'APV, alors que les amorces de la PCR nichée ont été des sous types spécifiques. Cette approche a montré que trois nouvelles souches d'APV isolées de poulets et une de dindes appartenaient au sous type A, ceci ayant été confirmé par le séquençage. C'est la première description de l'isolement d'APV à partir de dindes au Brésil. Quatre autres souches ont été isolées et classées comme sous type A par RT-PCR nichée. Ces techniques optimisées peuvent être utiles pour la différenciation des sous types A et B d'APV, démontrant qu'elles sont un outil valable en épidémiologie moléculaire. Ziel dieser Studie war es, eine nested- RT-PCR zu verbessern, um aviäres Pneumovirus (APV) Subtyp A und B differenzieren und damit neue brasilianische Isolate charakterisieren zu können. Repräsentative APV-Stämme und Proben von klinischen Fällen aus Hühner- und Putenherden wurden in der Hühnerembryo-verwandten (CER)-Zelllinie amplifiziert. Die virale RNS wurde aus d