Blastocystis Sp. DNA'sının Dışkıdan Eldesine İzolasyon Öncesi Uygulanan İki Farklı Ön İşlemin Etkisi
Amaç: Protozoonlara ait tanı ve araştırmalarda moleküler yöntemlerin uygulanmasındaki ilk basamak protozoona ait DNA izolasyonunun yapılmasıdır. Dışkı ortamından DNA izolasyonu, dışkı içeriğinin karmaşık, partiküler olması ve inhibitörler nedeniyle zorluk oluşturmaktadır. Bu çalışmada Blastocystis s...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Gazi tıp dergisi 2015-02, Vol.26 (2) |
|---|---|
| Hauptverfasser: | , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | tur |
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Volltext |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| container_end_page | |
|---|---|
| container_issue | 2 |
| container_start_page | |
| container_title | Gazi tıp dergisi |
| container_volume | 26 |
| creator | Korkmaz,Gülcan Adıyaman Yantıra,Tuğçe Nil AI,Funda Doğruman |
| description | Amaç: Protozoonlara ait tanı ve araştırmalarda moleküler yöntemlerin uygulanmasındaki ilk basamak protozoona ait DNA izolasyonunun yapılmasıdır. Dışkı ortamından DNA izolasyonu, dışkı içeriğinin karmaşık, partiküler olması ve inhibitörler nedeniyle zorluk oluşturmaktadır. Bu
çalışmada Blastocystis sp. izolatlarından DNA izolasyonu öncesinde, uygulanan iki farklı ön işlemin DNA eldesi üzerine olan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır.
Yöntem: Rutin parazitolojik inceleme için laboratuvara gönderilen dışkı örneklerinde nativ-lugol inceleme ile Blastocystis sp. belirlenen 12 dışkı örneğinin %10 at serumu ve %0.05 asparajin içeren Ringer solüsyonunda çift kültürleri yapılmıştır. DNA izolasyonu öncesinde Ringer solüsyonu kullanarak kendi modifiye ettiğimiz yöntem (RMY) ve sükroz gradient yöntemi (SGY) ile
kültür süspansiyonları ön işlemden geçirilmiştir, iki farklı ön işlem sonrasında DNA eldesi için ticari DNAzol (MRC,USA) solüsyonu üretici firmanın önerileri doğrultusunda kullanılmıştır. DNA eldesi işleminden sonra Fİ ve RB primerleri kullanılarak protozoonun SSUrDNA bölgesine ait llOObç uzunluğundaki gen bölgesi PCR ile çoğaltılmıştır. Amplikonlar %1.5 agaroz jelde görüntülenmiştir.
Bulgular: Agaroz gel görüntülemesi soucunda RMY ile 12 örnekten 11' i n d e (%91.6), SGY ile ise altısında (%50) Blastocystis sp. ait 1100 bç büyüklüğünde bant görüldüğü belirlenmiştir. RMY ile belirlenen bantların daha belirgin olduğu saptanmıştır. Aynı zamanda RMY yönteminin pratik olduğu ve kısa sürede gerçekleştirildiği belirlenmiştir.
Sonuç: Ticari kitlerde kit prosedürlerini uygulamadan önce kimyasal ve/veya mekanik ön işlemleri uygulamanın DNA izolasyonunun başarı şansını artırdığı belirlenmiştir. Blastocystis sp. DNA'sının eldesi öncesinde RMY ile ön işlemin yapılmasının, DNA izolasyonuna olumlu etkisi olduğu gözlenmiştir. |
| doi_str_mv | 10.12996/gmj.2015.15 |
| format | Article |
| fullrecord | <record><control><sourceid>idealonline</sourceid><recordid>TN_cdi_idealonline_journals_IDEAL_11816</recordid><sourceformat>XML</sourceformat><sourcesystem>PC</sourcesystem><sourcerecordid>IDEAL_11816</sourcerecordid><originalsourceid>FETCH-LOGICAL-i102t-6e45c07b10f5d82e1d14d6a55389b9ab7f31dec85895ecf722439cc14fbb9dc53</originalsourceid><addsrcrecordid>eNotTktOwzAU9AIkqtIdB_Cuq4Q8J07iZekHKkWwgK4rx3YqN65T1emiHIRtr9CcgfReGMHoSU-aeW9mEHqAKATCWPq42W1DEgENgd6gAYEkC0jEyB0aObeNPFIgWZoM0P7JcNc24uRa7fD7PsSz18nY9Z31g2d9dz3XfSe5xXMjldNW4f7y2finU2Px95cVnsSr0-ZouPVX_aXWeMEPtem7X9kT17NRO-0N2lo7fY9uK26cGv3vIVot5h_Tl6B4e15OJ0WgISJtkKqEiigrIaqozIkCCYlMOaVxzkrGy6yKQSqR05xRJaqMkCRmQkBSlSWTgsZDNP7z1VJx01jjq6-3zfFgfep6OZtPijVADmn8A0uJZLY</addsrcrecordid><sourcetype>Aggregation Database</sourcetype><iscdi>true</iscdi><recordtype>article</recordtype></control><display><type>article</type><title>Blastocystis Sp. DNA'sının Dışkıdan Eldesine İzolasyon Öncesi Uygulanan İki Farklı Ön İşlemin Etkisi</title><source>Elektronische Zeitschriftenbibliothek - Frei zugängliche E-Journals</source><creator>Korkmaz,Gülcan Adıyaman ; Yantıra,Tuğçe Nil ; AI,Funda Doğruman</creator><contributor>Ergün,Mehmet Ali</contributor><creatorcontrib>Korkmaz,Gülcan Adıyaman ; Yantıra,Tuğçe Nil ; AI,Funda Doğruman ; Ergün,Mehmet Ali</creatorcontrib><description>Amaç: Protozoonlara ait tanı ve araştırmalarda moleküler yöntemlerin uygulanmasındaki ilk basamak protozoona ait DNA izolasyonunun yapılmasıdır. Dışkı ortamından DNA izolasyonu, dışkı içeriğinin karmaşık, partiküler olması ve inhibitörler nedeniyle zorluk oluşturmaktadır. Bu
çalışmada Blastocystis sp. izolatlarından DNA izolasyonu öncesinde, uygulanan iki farklı ön işlemin DNA eldesi üzerine olan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır.
Yöntem: Rutin parazitolojik inceleme için laboratuvara gönderilen dışkı örneklerinde nativ-lugol inceleme ile Blastocystis sp. belirlenen 12 dışkı örneğinin %10 at serumu ve %0.05 asparajin içeren Ringer solüsyonunda çift kültürleri yapılmıştır. DNA izolasyonu öncesinde Ringer solüsyonu kullanarak kendi modifiye ettiğimiz yöntem (RMY) ve sükroz gradient yöntemi (SGY) ile
kültür süspansiyonları ön işlemden geçirilmiştir, iki farklı ön işlem sonrasında DNA eldesi için ticari DNAzol (MRC,USA) solüsyonu üretici firmanın önerileri doğrultusunda kullanılmıştır. DNA eldesi işleminden sonra Fİ ve RB primerleri kullanılarak protozoonun SSUrDNA bölgesine ait llOObç uzunluğundaki gen bölgesi PCR ile çoğaltılmıştır. Amplikonlar %1.5 agaroz jelde görüntülenmiştir.
Bulgular: Agaroz gel görüntülemesi soucunda RMY ile 12 örnekten 11' i n d e (%91.6), SGY ile ise altısında (%50) Blastocystis sp. ait 1100 bç büyüklüğünde bant görüldüğü belirlenmiştir. RMY ile belirlenen bantların daha belirgin olduğu saptanmıştır. Aynı zamanda RMY yönteminin pratik olduğu ve kısa sürede gerçekleştirildiği belirlenmiştir.
Sonuç: Ticari kitlerde kit prosedürlerini uygulamadan önce kimyasal ve/veya mekanik ön işlemleri uygulamanın DNA izolasyonunun başarı şansını artırdığı belirlenmiştir. Blastocystis sp. DNA'sının eldesi öncesinde RMY ile ön işlemin yapılmasının, DNA izolasyonuna olumlu etkisi olduğu gözlenmiştir.</description><identifier>ISSN: 2147-2092</identifier><identifier>DOI: 10.12996/gmj.2015.15</identifier><language>tur</language><publisher>Gazi Üniversitesi Yayınları</publisher><subject>Sağlık Hizmetleri ; Tıp</subject><ispartof>Gazi tıp dergisi, 2015-02, Vol.26 (2)</ispartof><lds50>peer_reviewed</lds50><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><link.rule.ids>314,777,781,27905,27906</link.rule.ids></links><search><contributor>Ergün,Mehmet Ali</contributor><creatorcontrib>Korkmaz,Gülcan Adıyaman</creatorcontrib><creatorcontrib>Yantıra,Tuğçe Nil</creatorcontrib><creatorcontrib>AI,Funda Doğruman</creatorcontrib><title>Blastocystis Sp. DNA'sının Dışkıdan Eldesine İzolasyon Öncesi Uygulanan İki Farklı Ön İşlemin Etkisi</title><title>Gazi tıp dergisi</title><description>Amaç: Protozoonlara ait tanı ve araştırmalarda moleküler yöntemlerin uygulanmasındaki ilk basamak protozoona ait DNA izolasyonunun yapılmasıdır. Dışkı ortamından DNA izolasyonu, dışkı içeriğinin karmaşık, partiküler olması ve inhibitörler nedeniyle zorluk oluşturmaktadır. Bu
çalışmada Blastocystis sp. izolatlarından DNA izolasyonu öncesinde, uygulanan iki farklı ön işlemin DNA eldesi üzerine olan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır.
Yöntem: Rutin parazitolojik inceleme için laboratuvara gönderilen dışkı örneklerinde nativ-lugol inceleme ile Blastocystis sp. belirlenen 12 dışkı örneğinin %10 at serumu ve %0.05 asparajin içeren Ringer solüsyonunda çift kültürleri yapılmıştır. DNA izolasyonu öncesinde Ringer solüsyonu kullanarak kendi modifiye ettiğimiz yöntem (RMY) ve sükroz gradient yöntemi (SGY) ile
kültür süspansiyonları ön işlemden geçirilmiştir, iki farklı ön işlem sonrasında DNA eldesi için ticari DNAzol (MRC,USA) solüsyonu üretici firmanın önerileri doğrultusunda kullanılmıştır. DNA eldesi işleminden sonra Fİ ve RB primerleri kullanılarak protozoonun SSUrDNA bölgesine ait llOObç uzunluğundaki gen bölgesi PCR ile çoğaltılmıştır. Amplikonlar %1.5 agaroz jelde görüntülenmiştir.
Bulgular: Agaroz gel görüntülemesi soucunda RMY ile 12 örnekten 11' i n d e (%91.6), SGY ile ise altısında (%50) Blastocystis sp. ait 1100 bç büyüklüğünde bant görüldüğü belirlenmiştir. RMY ile belirlenen bantların daha belirgin olduğu saptanmıştır. Aynı zamanda RMY yönteminin pratik olduğu ve kısa sürede gerçekleştirildiği belirlenmiştir.
Sonuç: Ticari kitlerde kit prosedürlerini uygulamadan önce kimyasal ve/veya mekanik ön işlemleri uygulamanın DNA izolasyonunun başarı şansını artırdığı belirlenmiştir. Blastocystis sp. DNA'sının eldesi öncesinde RMY ile ön işlemin yapılmasının, DNA izolasyonuna olumlu etkisi olduğu gözlenmiştir.</description><subject>Sağlık Hizmetleri</subject><subject>Tıp</subject><issn>2147-2092</issn><fulltext>true</fulltext><rsrctype>article</rsrctype><creationdate>2015</creationdate><recordtype>article</recordtype><recordid>eNotTktOwzAU9AIkqtIdB_Cuq4Q8J07iZekHKkWwgK4rx3YqN65T1emiHIRtr9CcgfReGMHoSU-aeW9mEHqAKATCWPq42W1DEgENgd6gAYEkC0jEyB0aObeNPFIgWZoM0P7JcNc24uRa7fD7PsSz18nY9Z31g2d9dz3XfSe5xXMjldNW4f7y2finU2Px95cVnsSr0-ZouPVX_aXWeMEPtem7X9kT17NRO-0N2lo7fY9uK26cGv3vIVot5h_Tl6B4e15OJ0WgISJtkKqEiigrIaqozIkCCYlMOaVxzkrGy6yKQSqR05xRJaqMkCRmQkBSlSWTgsZDNP7z1VJx01jjq6-3zfFgfep6OZtPijVADmn8A0uJZLY</recordid><startdate>201502</startdate><enddate>201502</enddate><creator>Korkmaz,Gülcan Adıyaman</creator><creator>Yantıra,Tuğçe Nil</creator><creator>AI,Funda Doğruman</creator><general>Gazi Üniversitesi Yayınları</general><scope>IEBAR</scope></search><sort><creationdate>201502</creationdate><title>Blastocystis Sp. DNA'sının Dışkıdan Eldesine İzolasyon Öncesi Uygulanan İki Farklı Ön İşlemin Etkisi</title><author>Korkmaz,Gülcan Adıyaman ; Yantıra,Tuğçe Nil ; AI,Funda Doğruman</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-LOGICAL-i102t-6e45c07b10f5d82e1d14d6a55389b9ab7f31dec85895ecf722439cc14fbb9dc53</frbrgroupid><rsrctype>articles</rsrctype><prefilter>articles</prefilter><language>tur</language><creationdate>2015</creationdate><topic>Sağlık Hizmetleri</topic><topic>Tıp</topic><toplevel>peer_reviewed</toplevel><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>Korkmaz,Gülcan Adıyaman</creatorcontrib><creatorcontrib>Yantıra,Tuğçe Nil</creatorcontrib><creatorcontrib>AI,Funda Doğruman</creatorcontrib><collection>Idealonline online kütüphane - Journals</collection><jtitle>Gazi tıp dergisi</jtitle></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext</fulltext></delivery><addata><au>Korkmaz,Gülcan Adıyaman</au><au>Yantıra,Tuğçe Nil</au><au>AI,Funda Doğruman</au><au>Ergün,Mehmet Ali</au><format>journal</format><genre>article</genre><ristype>JOUR</ristype><atitle>Blastocystis Sp. DNA'sının Dışkıdan Eldesine İzolasyon Öncesi Uygulanan İki Farklı Ön İşlemin Etkisi</atitle><jtitle>Gazi tıp dergisi</jtitle><date>2015-02</date><risdate>2015</risdate><volume>26</volume><issue>2</issue><issn>2147-2092</issn><abstract>Amaç: Protozoonlara ait tanı ve araştırmalarda moleküler yöntemlerin uygulanmasındaki ilk basamak protozoona ait DNA izolasyonunun yapılmasıdır. Dışkı ortamından DNA izolasyonu, dışkı içeriğinin karmaşık, partiküler olması ve inhibitörler nedeniyle zorluk oluşturmaktadır. Bu
çalışmada Blastocystis sp. izolatlarından DNA izolasyonu öncesinde, uygulanan iki farklı ön işlemin DNA eldesi üzerine olan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır.
Yöntem: Rutin parazitolojik inceleme için laboratuvara gönderilen dışkı örneklerinde nativ-lugol inceleme ile Blastocystis sp. belirlenen 12 dışkı örneğinin %10 at serumu ve %0.05 asparajin içeren Ringer solüsyonunda çift kültürleri yapılmıştır. DNA izolasyonu öncesinde Ringer solüsyonu kullanarak kendi modifiye ettiğimiz yöntem (RMY) ve sükroz gradient yöntemi (SGY) ile
kültür süspansiyonları ön işlemden geçirilmiştir, iki farklı ön işlem sonrasında DNA eldesi için ticari DNAzol (MRC,USA) solüsyonu üretici firmanın önerileri doğrultusunda kullanılmıştır. DNA eldesi işleminden sonra Fİ ve RB primerleri kullanılarak protozoonun SSUrDNA bölgesine ait llOObç uzunluğundaki gen bölgesi PCR ile çoğaltılmıştır. Amplikonlar %1.5 agaroz jelde görüntülenmiştir.
Bulgular: Agaroz gel görüntülemesi soucunda RMY ile 12 örnekten 11' i n d e (%91.6), SGY ile ise altısında (%50) Blastocystis sp. ait 1100 bç büyüklüğünde bant görüldüğü belirlenmiştir. RMY ile belirlenen bantların daha belirgin olduğu saptanmıştır. Aynı zamanda RMY yönteminin pratik olduğu ve kısa sürede gerçekleştirildiği belirlenmiştir.
Sonuç: Ticari kitlerde kit prosedürlerini uygulamadan önce kimyasal ve/veya mekanik ön işlemleri uygulamanın DNA izolasyonunun başarı şansını artırdığı belirlenmiştir. Blastocystis sp. DNA'sının eldesi öncesinde RMY ile ön işlemin yapılmasının, DNA izolasyonuna olumlu etkisi olduğu gözlenmiştir.</abstract><pub>Gazi Üniversitesi Yayınları</pub><doi>10.12996/gmj.2015.15</doi></addata></record> |
| fulltext | fulltext |
| identifier | ISSN: 2147-2092 |
| ispartof | Gazi tıp dergisi, 2015-02, Vol.26 (2) |
| issn | 2147-2092 |
| language | tur |
| recordid | cdi_idealonline_journals_IDEAL_11816 |
| source | Elektronische Zeitschriftenbibliothek - Frei zugängliche E-Journals |
| subjects | Sağlık Hizmetleri Tıp |
| title | Blastocystis Sp. DNA'sının Dışkıdan Eldesine İzolasyon Öncesi Uygulanan İki Farklı Ön İşlemin Etkisi |
| url | https://sfx.bib-bvb.de/sfx_tum?ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info:ofi/enc:UTF-8&ctx_tim=2025-01-18T13%3A06%3A01IST&url_ver=Z39.88-2004&url_ctx_fmt=infofi/fmt:kev:mtx:ctx&rfr_id=info:sid/primo.exlibrisgroup.com:primo3-Article-idealonline&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.genre=article&rft.atitle=Blastocystis%20Sp.%20DNA's%C4%B1n%C4%B1n%20D%C4%B1%C5%9Fk%C4%B1dan%20Eldesine%20%C4%B0zolasyon%20%C3%96ncesi%20Uygulanan%20%C4%B0ki%20Farkl%C4%B1%20%C3%96n%20%C4%B0%C5%9Flemin%20Etkisi&rft.jtitle=Gazi%20t%C4%B1p%20dergisi&rft.au=Korkmaz,G%C3%BClcan%20Ad%C4%B1yaman&rft.date=2015-02&rft.volume=26&rft.issue=2&rft.issn=2147-2092&rft_id=info:doi/10.12996/gmj.2015.15&rft_dat=%3Cidealonline%3EIDEAL_11816%3C/idealonline%3E%3Curl%3E%3C/url%3E&disable_directlink=true&sfx.directlink=off&sfx.report_link=0&rft_id=info:oai/&rft_id=info:pmid/&rfr_iscdi=true |