Diversidad genética en burros criollos de México

Diversidad genética en burros criollos de México

El estudio tuvo como objetivo evaluar la diversidad genética del burro criollo mexicano con marcadores genéticos de tipo SNP. Se muestreó aleatoriamente a 16 individuos (ocho machos y ocho hembras) y el genotipado se hizo con el chip GGP Equine 70K (71 947 loci). Dentro de cromosoma se identificaron...

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Veröffentlicht in:Revista de investigaciones veterinarias del Perú 2022-08, Vol.33 (4), p.e21943
Hauptverfasser: Domínguez-Viveros, Joel, Rodríguez-Almeida, Felipe Alonso, Alonso-Alcalá, David, Barreda-Elizondo, Carlos, Ramírez-Reyes, Juan Manuel, García-Robles, Efreen, Aguilar-Palma, Guadalupe Nelson
Format: Artikel
Sprache:eng ; spa
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description El estudio tuvo como objetivo evaluar la diversidad genética del burro criollo mexicano con marcadores genéticos de tipo SNP. Se muestreó aleatoriamente a 16 individuos (ocho machos y ocho hembras) y el genotipado se hizo con el chip GGP Equine 70K (71 947 loci). Dentro de cromosoma se identificaron los SNP polimórficos, determinándose la heterocigosis esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (CIP), el índice de fijación (FIS) y el equilibrio (HW) Hardy-Weinberg. El desequilibrio de ligamiento se evaluó con base en la correlación (r2) entre frecuencias a través de locus. Se realizó un análisis de varianza molecular (AMOVA) y un estudio de agrupamiento para inferir el número de cluster (k). Se encontró que 3579 loci (4.9%) presentaron variabilidad genética, pero el 24.9% presentó desequilibrio HW (p
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Se muestreó aleatoriamente a 16 individuos (ocho machos y ocho hembras) y el genotipado se hizo con el chip GGP Equine 70K (71 947 loci). Dentro de cromosoma se identificaron los SNP polimórficos, determinándose la heterocigosis esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (CIP), el índice de fijación (FIS) y el equilibrio (HW) Hardy-Weinberg. El desequilibrio de ligamiento se evaluó con base en la correlación (r2) entre frecuencias a través de locus. Se realizó un análisis de varianza molecular (AMOVA) y un estudio de agrupamiento para inferir el número de cluster (k). Se encontró que 3579 loci (4.9%) presentaron variabilidad genética, pero el 24.9% presentó desequilibrio HW (p&lt;0.05). A través de cromosomas, el número de loci polimórficos osciló de 50 a 269 con un promedio de 115. Los promedios (dentro de cromosoma) para PIC y FIS fluctuaron de 0.222 a 0.267 y de -0.392 a -0.208, respectivamente. En todos los cromosomas Ho fue superior a He. Para r2, los valores promedio dentro de cromosoma fueron superior a 0.10; el k óptimo correspondió a 2. En el AMOVA, la variabilidad genética dentro de individuos explicó el 67%. Los SNP identificados como polimórficos, conforman un primer panel de marcadores genéticos para el burro criollo mexicano, y la variabilidad genética estimada puede ser utilizada en esquemas de desarrollo y conservación.</description><identifier>ISSN: 1609-9117</identifier><identifier>EISSN: 1609-9117</identifier><identifier>DOI: 10.15381/rivep.v33i4.21943</identifier><language>eng ; spa</language><publisher>Universidad Nacional Mayor de San Marcos</publisher><ispartof>Revista de investigaciones veterinarias del Perú, 2022-08, Vol.33 (4), p.e21943</ispartof><rights>COPYRIGHT 2022 Universidad Nacional Mayor de San Marcos</rights><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed><orcidid>0000-0002-9686-764X ; 0000-0002-0574-6501 ; 0000-0002-7837-6222 ; 0000-0002-4011-6142</orcidid></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><link.rule.ids>314,780,784,27924,27925</link.rule.ids></links><search><creatorcontrib>Domínguez-Viveros, Joel</creatorcontrib><creatorcontrib>Rodríguez-Almeida, Felipe Alonso</creatorcontrib><creatorcontrib>Alonso-Alcalá, David</creatorcontrib><creatorcontrib>Barreda-Elizondo, Carlos</creatorcontrib><creatorcontrib>Ramírez-Reyes, Juan Manuel</creatorcontrib><creatorcontrib>García-Robles, Efreen</creatorcontrib><creatorcontrib>Aguilar-Palma, Guadalupe Nelson</creatorcontrib><title>Diversidad genética en burros criollos de México</title><title>Revista de investigaciones veterinarias del Perú</title><description>El estudio tuvo como objetivo evaluar la diversidad genética del burro criollo mexicano con marcadores genéticos de tipo SNP. 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Para r2, los valores promedio dentro de cromosoma fueron superior a 0.10; el k óptimo correspondió a 2. En el AMOVA, la variabilidad genética dentro de individuos explicó el 67%. Los SNP identificados como polimórficos, conforman un primer panel de marcadores genéticos para el burro criollo mexicano, y la variabilidad genética estimada puede ser utilizada en esquemas de desarrollo y conservación.</description><issn>1609-9117</issn><issn>1609-9117</issn><fulltext>true</fulltext><rsrctype>article</rsrctype><creationdate>2022</creationdate><recordtype>article</recordtype><recordid>eNpNkM1qwzAQhEVpoSHNC_Rk6NmuVpL1cwzpL6T00N6FLK-CwLGDlIb2kfIcebEap4eedmBnhuEj5BZoBTXXcJ_iAXfVgfMoKgZG8AsyA0lNaQDU5T99TRY5x4YKoWpDGcwIexizKcfWtcUG-9NxH70rsC-ar5SGXPgUh64bRYvF2-n4Hf1wQ66C6zIu_u6cfDw9fq5eyvX78-tquS69AlHKlrfBeKUl1No1GKTjjDEvnWCBCYY1lcrpwLVGxpHrVtQGDTI5fqnhc3J3bt24Dm3sw7BPzm9j9napQEltKBeji51dfhybEwa7S3Hr0o8Faic4doJjJzh2gsN_AaebWSI</recordid><startdate>20220831</startdate><enddate>20220831</enddate><creator>Domínguez-Viveros, Joel</creator><creator>Rodríguez-Almeida, Felipe Alonso</creator><creator>Alonso-Alcalá, David</creator><creator>Barreda-Elizondo, Carlos</creator><creator>Ramírez-Reyes, Juan Manuel</creator><creator>García-Robles, Efreen</creator><creator>Aguilar-Palma, Guadalupe Nelson</creator><general>Universidad Nacional Mayor de San Marcos</general><scope>AAYXX</scope><scope>CITATION</scope><scope>INF</scope><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-9686-764X</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-0574-6501</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-7837-6222</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-4011-6142</orcidid></search><sort><creationdate>20220831</creationdate><title>Diversidad genética en burros criollos de México</title><author>Domínguez-Viveros, Joel ; Rodríguez-Almeida, Felipe Alonso ; Alonso-Alcalá, David ; Barreda-Elizondo, Carlos ; Ramírez-Reyes, Juan Manuel ; García-Robles, Efreen ; Aguilar-Palma, Guadalupe Nelson</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-LOGICAL-c714-6d3df9c786158abef6a3222c6a42f242e5067a8f388e23e38d459e9e26f24093</frbrgroupid><rsrctype>articles</rsrctype><prefilter>articles</prefilter><language>eng ; spa</language><creationdate>2022</creationdate><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>Domínguez-Viveros, Joel</creatorcontrib><creatorcontrib>Rodríguez-Almeida, Felipe Alonso</creatorcontrib><creatorcontrib>Alonso-Alcalá, David</creatorcontrib><creatorcontrib>Barreda-Elizondo, Carlos</creatorcontrib><creatorcontrib>Ramírez-Reyes, Juan Manuel</creatorcontrib><creatorcontrib>García-Robles, Efreen</creatorcontrib><creatorcontrib>Aguilar-Palma, Guadalupe Nelson</creatorcontrib><collection>CrossRef</collection><collection>Gale OneFile: Informe Academico</collection><jtitle>Revista de investigaciones veterinarias del Perú</jtitle></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext</fulltext></delivery><addata><au>Domínguez-Viveros, Joel</au><au>Rodríguez-Almeida, Felipe Alonso</au><au>Alonso-Alcalá, David</au><au>Barreda-Elizondo, Carlos</au><au>Ramírez-Reyes, Juan Manuel</au><au>García-Robles, Efreen</au><au>Aguilar-Palma, Guadalupe Nelson</au><format>journal</format><genre>article</genre><ristype>JOUR</ristype><atitle>Diversidad genética en burros criollos de México</atitle><jtitle>Revista de investigaciones veterinarias del Perú</jtitle><date>2022-08-31</date><risdate>2022</risdate><volume>33</volume><issue>4</issue><spage>e21943</spage><pages>e21943-</pages><issn>1609-9117</issn><eissn>1609-9117</eissn><abstract>El estudio tuvo como objetivo evaluar la diversidad genética del burro criollo mexicano con marcadores genéticos de tipo SNP. Se muestreó aleatoriamente a 16 individuos (ocho machos y ocho hembras) y el genotipado se hizo con el chip GGP Equine 70K (71 947 loci). Dentro de cromosoma se identificaron los SNP polimórficos, determinándose la heterocigosis esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (CIP), el índice de fijación (FIS) y el equilibrio (HW) Hardy-Weinberg. El desequilibrio de ligamiento se evaluó con base en la correlación (r2) entre frecuencias a través de locus. Se realizó un análisis de varianza molecular (AMOVA) y un estudio de agrupamiento para inferir el número de cluster (k). Se encontró que 3579 loci (4.9%) presentaron variabilidad genética, pero el 24.9% presentó desequilibrio HW (p&lt;0.05). A través de cromosomas, el número de loci polimórficos osciló de 50 a 269 con un promedio de 115. Los promedios (dentro de cromosoma) para PIC y FIS fluctuaron de 0.222 a 0.267 y de -0.392 a -0.208, respectivamente. En todos los cromosomas Ho fue superior a He. Para r2, los valores promedio dentro de cromosoma fueron superior a 0.10; el k óptimo correspondió a 2. En el AMOVA, la variabilidad genética dentro de individuos explicó el 67%. Los SNP identificados como polimórficos, conforman un primer panel de marcadores genéticos para el burro criollo mexicano, y la variabilidad genética estimada puede ser utilizada en esquemas de desarrollo y conservación.</abstract><pub>Universidad Nacional Mayor de San Marcos</pub><doi>10.15381/rivep.v33i4.21943</doi><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-9686-764X</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-0574-6501</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-7837-6222</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-4011-6142</orcidid></addata></record>
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