METHOD FOR OPTIMISING A NUCLEOTIDE SEQUENCE BY EXCHANGING SYNONYMOUS CODONS FOR THE EXPRESSION OF AN AMINO ACID SEQUENCE IN A TARGET ORGANISM

METHOD FOR OPTIMISING A NUCLEOTIDE SEQUENCE BY EXCHANGING SYNONYMOUS CODONS FOR THE EXPRESSION OF AN AMINO ACID SEQUENCE IN A TARGET ORGANISM

Es wird ein Verfahren zur Optimierung einer Nukleotidsequenz für die Expression einer vorgegebenen Aminosäuresequenz in mindestens einem Zielorganismus angegeben. Die Nukleotidsequenz umfasst eine Vielzahl von Basentripletts, wobei an mindestens einer Änderungsposition der Nukleotidsequenz ein Basen...

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Hauptverfasser: WEBER, Gert, WEBER, Gunter
Format: Patent
Sprache:eng ; fre ; ger
Schlagworte:
INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
PHYSICS
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creator WEBER, Gert
WEBER, Gunter
description Es wird ein Verfahren zur Optimierung einer Nukleotidsequenz für die Expression einer vorgegebenen Aminosäuresequenz in mindestens einem Zielorganismus angegeben. Die Nukleotidsequenz umfasst eine Vielzahl von Basentripletts, wobei an mindestens einer Änderungsposition der Nukleotidsequenz ein Basentriplett, das eine Aminosäure der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, durch ein synonymes Basentriplett, das dieselbe Aminosäure der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, ersetzt wird, um die Nukleotidsequenz für die Expression in dem mindestens einen Zielorganismus zu optimieren. Die Änderungsposition umfasst eine direkte Aufeinanderfolge von n Basentripletts, die ein erstes Codon-n-Tupel bildet und einen Sequenzabschnitt von n Aminosäuren der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, der ein Aminosäure-n-Tupel bildet, das mit einer vorbestimmten Menge von Aminosäure-n-Tupel-Ereignissen im Genom oder eines Teils davon des mindestens einen Zielorganismus und/oder in Genomen oder Teilen davon von zur Infektion des mindestens einen Zielorganismus befähigten Viren codiert wird. Mindestens eines der n Basentripletts der direkten Aufeinanderfolge wird durch ein synonymes Basentriplett ersetzt, das so gewählt ist, dass ein zweites Codon-n-Tupel resultiert, das bezogen auf die Menge von Aminosäure-n-Tupel-Ereignissen eine höhere relative Codon-n-Tupel-Häufigkeit in dem Genom oder des Teils davon des mindestens einen Zielorganismus und/oder in den Genomen oder der Teile davon der zur Infektion des mindestens einen Zielorganismus befähigten Viren aufweist als das erste Codon-n-Tupel. The invention relates to a method for optimising a nucleotide sequence for the expression of a specified amino acid sequence in at least one target organism. The nucleotide sequence comprises a plurality of base triplets, wherein at at least one change position of the nucleotide sequence, a base triplet, which codes an amino acid of the specified amino acid sequence, is replaced by a synonymous base triplet, which codes the same amino acid of the specified amino acid sequence, in order to optimise the nucleotide sequence for expression in the at least one target organism. The change position comprises a direct series of n base triplets, which forms a first codon n-tuple and codes a sequence section of n amino acids of the specified amino acid sequence, which forms an amino acid n-tuple, which is encoded with a specified amount of amino acid n-tuple events in the genome or part thereof of
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Die Nukleotidsequenz umfasst eine Vielzahl von Basentripletts, wobei an mindestens einer Änderungsposition der Nukleotidsequenz ein Basentriplett, das eine Aminosäure der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, durch ein synonymes Basentriplett, das dieselbe Aminosäure der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, ersetzt wird, um die Nukleotidsequenz für die Expression in dem mindestens einen Zielorganismus zu optimieren. Die Änderungsposition umfasst eine direkte Aufeinanderfolge von n Basentripletts, die ein erstes Codon-n-Tupel bildet und einen Sequenzabschnitt von n Aminosäuren der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, der ein Aminosäure-n-Tupel bildet, das mit einer vorbestimmten Menge von Aminosäure-n-Tupel-Ereignissen im Genom oder eines Teils davon des mindestens einen Zielorganismus und/oder in Genomen oder Teilen davon von zur Infektion des mindestens einen Zielorganismus befähigten Viren codiert wird. Mindestens eines der n Basentripletts der direkten Aufeinanderfolge wird durch ein synonymes Basentriplett ersetzt, das so gewählt ist, dass ein zweites Codon-n-Tupel resultiert, das bezogen auf die Menge von Aminosäure-n-Tupel-Ereignissen eine höhere relative Codon-n-Tupel-Häufigkeit in dem Genom oder des Teils davon des mindestens einen Zielorganismus und/oder in den Genomen oder der Teile davon der zur Infektion des mindestens einen Zielorganismus befähigten Viren aufweist als das erste Codon-n-Tupel. The invention relates to a method for optimising a nucleotide sequence for the expression of a specified amino acid sequence in at least one target organism. The nucleotide sequence comprises a plurality of base triplets, wherein at at least one change position of the nucleotide sequence, a base triplet, which codes an amino acid of the specified amino acid sequence, is replaced by a synonymous base triplet, which codes the same amino acid of the specified amino acid sequence, in order to optimise the nucleotide sequence for expression in the at least one target organism. The change position comprises a direct series of n base triplets, which forms a first codon n-tuple and codes a sequence section of n amino acids of the specified amino acid sequence, which forms an amino acid n-tuple, which is encoded with a specified amount of amino acid n-tuple events in the genome or part thereof of the at least one target organism and/or in genomes or parts thereof of viruses capable of infecting the at least one target organism. At least one of the n base triplets of the direct series is replaced by a synonymous base triplet, which is selected so that a second codon n-tuple results, which, based on the amount of amino acid n-tuple events, has a higher relative codon n-tuple frequency in the genome or the part thereof of the at least one target organism and/or in the genomes or parts thereof of the viruses capable of infecting the at least one target organism, than the first codon n-tuple. L'invention concerne un procédé d'optimisation d'une séquence nucléotidique pour l'expression d'une séquence d'acides aminés spécifiée dans au moins un organisme cible. La séquence nucléotidique comprenant une pluralité de triplets de base, dans laquelle à au moins une position de changement de la séquence nucléotidique, un triplet de bases, qui code un acide aminé de la séquence d'acides aminés spécifiée, est remplacé par un triplet de bases synonyme, qui code le même acide aminé de la séquence d'acides aminés spécifiée, afin d'optimiser la séquence nucléotidique pour l'expression dans le ou les organismes cibles. La position de changement comprend une série directe de n triplets de bases, qui forme un premier n-uplet de codons et code une section de séquence de n acides aminés de la séquence d'acides aminés spécifiée, qui forme un n-uplet d'acides aminés, qui est codé avec une quantité spécifiée d'événements n-uplet d'acides aminés dans le génome ou une partie de celui-ci du ou des organismes cibles et/ou dans des génomes ou des parties de ceux-ci de virus capables d'infecter le ou les organismes cibles. Au moins l'un des n triplets de bases de la série directe est remplacée par un triplet de base synonyme, qui est sélectionné de telle sorte qu'un second n-uplet de codons est obtenu, qui, sur la base de la quantité d'événements de n-uplet d'acides aminés, a une fréquence de n-uplet de codons relative plus élevée dans le génome ou une partie de celui-ci du ou des organismes cibles et/ou dans les génomes ou des parties de ceux-ci des virus capables d'infecter le ou les organismes cibles, que le premier n-uplet de codons.</description><language>eng ; fre ; ger</language><subject>INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS ; PHYSICS</subject><creationdate>2024</creationdate><oa>free_for_read</oa><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><linktohtml>$$Uhttps://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?FT=D&amp;date=20240822&amp;DB=EPODOC&amp;CC=WO&amp;NR=2024018050A9$$EHTML$$P50$$Gepo$$Hfree_for_read</linktohtml><link.rule.ids>230,308,780,885,25564,76547</link.rule.ids><linktorsrc>$$Uhttps://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?FT=D&amp;date=20240822&amp;DB=EPODOC&amp;CC=WO&amp;NR=2024018050A9$$EView_record_in_European_Patent_Office$$FView_record_in_$$GEuropean_Patent_Office$$Hfree_for_read</linktorsrc></links><search><creatorcontrib>WEBER, Gert</creatorcontrib><creatorcontrib>WEBER, Gunter</creatorcontrib><title>METHOD FOR OPTIMISING A NUCLEOTIDE SEQUENCE BY EXCHANGING SYNONYMOUS CODONS FOR THE EXPRESSION OF AN AMINO ACID SEQUENCE IN A TARGET ORGANISM</title><description>Es wird ein Verfahren zur Optimierung einer Nukleotidsequenz für die Expression einer vorgegebenen Aminosäuresequenz in mindestens einem Zielorganismus angegeben. Die Nukleotidsequenz umfasst eine Vielzahl von Basentripletts, wobei an mindestens einer Änderungsposition der Nukleotidsequenz ein Basentriplett, das eine Aminosäure der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, durch ein synonymes Basentriplett, das dieselbe Aminosäure der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, ersetzt wird, um die Nukleotidsequenz für die Expression in dem mindestens einen Zielorganismus zu optimieren. Die Änderungsposition umfasst eine direkte Aufeinanderfolge von n Basentripletts, die ein erstes Codon-n-Tupel bildet und einen Sequenzabschnitt von n Aminosäuren der vorgegebenen Aminosäuresequenz codiert, der ein Aminosäure-n-Tupel bildet, das mit einer vorbestimmten Menge von Aminosäure-n-Tupel-Ereignissen im Genom oder eines Teils davon des mindestens einen Zielorganismus und/oder in Genomen oder Teilen davon von zur Infektion des mindestens einen Zielorganismus befähigten Viren codiert wird. Mindestens eines der n Basentripletts der direkten Aufeinanderfolge wird durch ein synonymes Basentriplett ersetzt, das so gewählt ist, dass ein zweites Codon-n-Tupel resultiert, das bezogen auf die Menge von Aminosäure-n-Tupel-Ereignissen eine höhere relative Codon-n-Tupel-Häufigkeit in dem Genom oder des Teils davon des mindestens einen Zielorganismus und/oder in den Genomen oder der Teile davon der zur Infektion des mindestens einen Zielorganismus befähigten Viren aufweist als das erste Codon-n-Tupel. The invention relates to a method for optimising a nucleotide sequence for the expression of a specified amino acid sequence in at least one target organism. 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At least one of the n base triplets of the direct series is replaced by a synonymous base triplet, which is selected so that a second codon n-tuple results, which, based on the amount of amino acid n-tuple events, has a higher relative codon n-tuple frequency in the genome or the part thereof of the at least one target organism and/or in the genomes or parts thereof of the viruses capable of infecting the at least one target organism, than the first codon n-tuple. L'invention concerne un procédé d'optimisation d'une séquence nucléotidique pour l'expression d'une séquence d'acides aminés spécifiée dans au moins un organisme cible. La séquence nucléotidique comprenant une pluralité de triplets de base, dans laquelle à au moins une position de changement de la séquence nucléotidique, un triplet de bases, qui code un acide aminé de la séquence d'acides aminés spécifiée, est remplacé par un triplet de bases synonyme, qui code le même acide aminé de la séquence d'acides aminés spécifiée, afin d'optimiser la séquence nucléotidique pour l'expression dans le ou les organismes cibles. La position de changement comprend une série directe de n triplets de bases, qui forme un premier n-uplet de codons et code une section de séquence de n acides aminés de la séquence d'acides aminés spécifiée, qui forme un n-uplet d'acides aminés, qui est codé avec une quantité spécifiée d'événements n-uplet d'acides aminés dans le génome ou une partie de celui-ci du ou des organismes cibles et/ou dans des génomes ou des parties de ceux-ci de virus capables d'infecter le ou les organismes cibles. Au moins l'un des n triplets de bases de la série directe est remplacée par un triplet de base synonyme, qui est sélectionné de telle sorte qu'un second n-uplet de codons est obtenu, qui, sur la base de la quantité d'événements de n-uplet d'acides aminés, a une fréquence de n-uplet de codons relative plus élevée dans le génome ou une partie de celui-ci du ou des organismes cibles et/ou dans les génomes ou des parties de ceux-ci des virus capables d'infecter le ou les organismes cibles, que le premier n-uplet de codons.</description><subject>INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS</subject><subject>PHYSICS</subject><fulltext>true</fulltext><rsrctype>patent</rsrctype><creationdate>2024</creationdate><recordtype>patent</recordtype><sourceid>EVB</sourceid><recordid>eNqNzDEKwkAQheE0FqLeYcBaiFFBy3UzSQbcGd3doKlCkLUSDcRreGejCLZWDx4f_zB6GvSFpJCJBdl7MuSIc1DApd6heEoRHB5KZI2wrQBPulCcv42rWLgyUjrQkgq7T8QX2KO9RedIGCQDxaAMsYDSlP5i1N_glc3Rg9hcMTkzjgaX5tqFyXdH0TRDr4tZaO916NrmHG7hUR8liZNlPF_Hq1htFv-pF4orQHs</recordid><startdate>20240822</startdate><enddate>20240822</enddate><creator>WEBER, Gert</creator><creator>WEBER, Gunter</creator><scope>EVB</scope></search><sort><creationdate>20240822</creationdate><title>METHOD FOR OPTIMISING A NUCLEOTIDE SEQUENCE BY EXCHANGING SYNONYMOUS CODONS FOR THE EXPRESSION OF AN AMINO ACID SEQUENCE IN A TARGET ORGANISM</title><author>WEBER, Gert ; WEBER, Gunter</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-epo_espacenet_WO2024018050A93</frbrgroupid><rsrctype>patents</rsrctype><prefilter>patents</prefilter><language>eng ; fre ; ger</language><creationdate>2024</creationdate><topic>INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS</topic><topic>PHYSICS</topic><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>WEBER, Gert</creatorcontrib><creatorcontrib>WEBER, Gunter</creatorcontrib><collection>esp@cenet</collection></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext_linktorsrc</fulltext></delivery><addata><au>WEBER, Gert</au><au>WEBER, Gunter</au><format>patent</format><genre>patent</genre><ristype>GEN</ristype><title>METHOD FOR OPTIMISING A NUCLEOTIDE SEQUENCE BY EXCHANGING SYNONYMOUS CODONS FOR THE EXPRESSION OF AN AMINO ACID SEQUENCE IN A TARGET ORGANISM</title><date>2024-08-22</date><risdate>2024</risdate><abstract>Es wird ein Verfahren zur Optimierung einer Nukleotidsequenz für die Expression einer vorgegebenen Aminosäuresequenz in mindestens einem Zielorganismus angegeben. 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At least one of the n base triplets of the direct series is replaced by a synonymous base triplet, which is selected so that a second codon n-tuple results, which, based on the amount of amino acid n-tuple events, has a higher relative codon n-tuple frequency in the genome or the part thereof of the at least one target organism and/or in the genomes or parts thereof of the viruses capable of infecting the at least one target organism, than the first codon n-tuple. L'invention concerne un procédé d'optimisation d'une séquence nucléotidique pour l'expression d'une séquence d'acides aminés spécifiée dans au moins un organisme cible. 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Au moins l'un des n triplets de bases de la série directe est remplacée par un triplet de base synonyme, qui est sélectionné de telle sorte qu'un second n-uplet de codons est obtenu, qui, sur la base de la quantité d'événements de n-uplet d'acides aminés, a une fréquence de n-uplet de codons relative plus élevée dans le génome ou une partie de celui-ci du ou des organismes cibles et/ou dans les génomes ou des parties de ceux-ci des virus capables d'infecter le ou les organismes cibles, que le premier n-uplet de codons.</abstract><oa>free_for_read</oa></addata></record>
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