METHOD

The present invention relates to a method for enriching a genomic region of interest comprising a plurality of target nucleotide sequences, the method comprising the steps of: a) providing a sample of crosslinked DNA; b) fragmenting the crosslinked DNA of step a) to form fragmented crosslinked DNA;...

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1. Verfasser: VAN MIN, Max Jan
Format: Patent
Sprache:eng ; fre
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creator VAN MIN, Max Jan
description The present invention relates to a method for enriching a genomic region of interest comprising a plurality of target nucleotide sequences, the method comprising the steps of: a) providing a sample of crosslinked DNA; b) fragmenting the crosslinked DNA of step a) to form fragmented crosslinked DNA; c) ligating the fragmented crosslinked DNA generated in step b) to form ligated crosslinked DNA; d) reversing the crosslinking in the ligated crosslinked DNA generated in step c) to form ligated DNA; e) performing a non-selective amplification of the ligated DNA generated in step d); f) separating the amplified, ligated DNA generated in step e) into at least a first sample and a second sample; g) enriching at least the first and the second samples of amplified, ligated DNA generated in step f) for DNA comprising at least one of the plurality of target nucleotide sequences; wherein the amplified, ligated DNA in the first sample is enriched for at least one target nucleotide sequence which is not enriched for in the second sample and the amplified, ligated DNA in the second sample is enriched for at least one target nucleotide sequence which is not enriched for in the first sample. La présente invention concerne un procédé d'enrichissement d'une région génomique d'intérêt comprenant une pluralité de séquences nucléotidiques cibles, le procédé comprenant les étapes suivantes : a) obtention d'un échantillon d'ADN réticulé ; b) fragmentation de l'ADN réticulé de l'étape a) pour former de l'ADN réticulé fragmenté ; c) ligature de l'ADN réticulé fragmenté généré à l'étape b) pour former de l'ADN réticulé ligaturé ; d) inversion de la réticulation dans l'ADN réticulé ligaturé généré à l'étape c) pour former un ADN ligaturé ; e) réalisation d'une amplification non sélective de l'ADN ligaturé généré à l'étape d) ; f) séparation de l'ADN ligaturé amplifié généré à l'étape e) en au moins un premier échantillon et un second échantillon ; g) enrichissement d'au moins le premier et le second échantillon d'ADN amplifié et ligaturé généré à l'étape f) en ADN comprenant au moins une de la pluralité de séquences nucléotidiques cibles ; l'ADN amplifié et ligaturé du premier échantillon étant enrichi en au moins une séquence nucléotidique cible non enrichie dans le second échantillon et l'ADN amplifié et ligaturé du second échantillon étant enrichi en au moins une séquence nucléotidique cible non enrichie dans le premier échantillon.
format Patent
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La présente invention concerne un procédé d'enrichissement d'une région génomique d'intérêt comprenant une pluralité de séquences nucléotidiques cibles, le procédé comprenant les étapes suivantes : a) obtention d'un échantillon d'ADN réticulé ; b) fragmentation de l'ADN réticulé de l'étape a) pour former de l'ADN réticulé fragmenté ; c) ligature de l'ADN réticulé fragmenté généré à l'étape b) pour former de l'ADN réticulé ligaturé ; d) inversion de la réticulation dans l'ADN réticulé ligaturé généré à l'étape c) pour former un ADN ligaturé ; e) réalisation d'une amplification non sélective de l'ADN ligaturé généré à l'étape d) ; f) séparation de l'ADN ligaturé amplifié généré à l'étape e) en au moins un premier échantillon et un second échantillon ; g) enrichissement d'au moins le premier et le second échantillon d'ADN amplifié et ligaturé généré à l'étape f) en ADN comprenant au moins une de la pluralité de séquences nucléotidiques cibles ; l'ADN amplifié et ligaturé du premier échantillon étant enrichi en au moins une séquence nucléotidique cible non enrichie dans le second échantillon et l'ADN amplifié et ligaturé du second échantillon étant enrichi en au moins une séquence nucléotidique cible non enrichie dans le premier échantillon.</description><language>eng ; fre</language><subject>BEER ; BIOCHEMISTRY ; CHEMISTRY ; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR ; COMPOSITIONS THEREOF ; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES ; CULTURE MEDIA ; ENZYMOLOGY ; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS ; METALLURGY ; MICROBIOLOGY ; MICROORGANISMS OR ENZYMES ; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING ; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS ; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS ; SPIRITS ; VINEGAR ; WINE</subject><creationdate>2023</creationdate><oa>free_for_read</oa><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><linktohtml>$$Uhttps://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?FT=D&amp;date=20230209&amp;DB=EPODOC&amp;CC=WO&amp;NR=2023012195A1$$EHTML$$P50$$Gepo$$Hfree_for_read</linktohtml><link.rule.ids>230,308,776,881,25542,76289</link.rule.ids><linktorsrc>$$Uhttps://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?FT=D&amp;date=20230209&amp;DB=EPODOC&amp;CC=WO&amp;NR=2023012195A1$$EView_record_in_European_Patent_Office$$FView_record_in_$$GEuropean_Patent_Office$$Hfree_for_read</linktorsrc></links><search><creatorcontrib>VAN MIN, Max Jan</creatorcontrib><title>METHOD</title><description>The present invention relates to a method for enriching a genomic region of interest comprising a plurality of target nucleotide sequences, the method comprising the steps of: a) providing a sample of crosslinked DNA; b) fragmenting the crosslinked DNA of step a) to form fragmented crosslinked DNA; c) ligating the fragmented crosslinked DNA generated in step b) to form ligated crosslinked DNA; d) reversing the crosslinking in the ligated crosslinked DNA generated in step c) to form ligated DNA; e) performing a non-selective amplification of the ligated DNA generated in step d); f) separating the amplified, ligated DNA generated in step e) into at least a first sample and a second sample; g) enriching at least the first and the second samples of amplified, ligated DNA generated in step f) for DNA comprising at least one of the plurality of target nucleotide sequences; wherein the amplified, ligated DNA in the first sample is enriched for at least one target nucleotide sequence which is not enriched for in the second sample and the amplified, ligated DNA in the second sample is enriched for at least one target nucleotide sequence which is not enriched for in the first sample. La présente invention concerne un procédé d'enrichissement d'une région génomique d'intérêt comprenant une pluralité de séquences nucléotidiques cibles, le procédé comprenant les étapes suivantes : a) obtention d'un échantillon d'ADN réticulé ; b) fragmentation de l'ADN réticulé de l'étape a) pour former de l'ADN réticulé fragmenté ; c) ligature de l'ADN réticulé fragmenté généré à l'étape b) pour former de l'ADN réticulé ligaturé ; d) inversion de la réticulation dans l'ADN réticulé ligaturé généré à l'étape c) pour former un ADN ligaturé ; e) réalisation d'une amplification non sélective de l'ADN ligaturé généré à l'étape d) ; f) séparation de l'ADN ligaturé amplifié généré à l'étape e) en au moins un premier échantillon et un second échantillon ; g) enrichissement d'au moins le premier et le second échantillon d'ADN amplifié et ligaturé généré à l'étape f) en ADN comprenant au moins une de la pluralité de séquences nucléotidiques cibles ; l'ADN amplifié et ligaturé du premier échantillon étant enrichi en au moins une séquence nucléotidique cible non enrichie dans le second échantillon et l'ADN amplifié et ligaturé du second échantillon étant enrichi en au moins une séquence nucléotidique cible non enrichie dans le premier échantillon.</description><subject>BEER</subject><subject>BIOCHEMISTRY</subject><subject>CHEMISTRY</subject><subject>COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR</subject><subject>COMPOSITIONS THEREOF</subject><subject>CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES</subject><subject>CULTURE MEDIA</subject><subject>ENZYMOLOGY</subject><subject>MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS</subject><subject>METALLURGY</subject><subject>MICROBIOLOGY</subject><subject>MICROORGANISMS OR ENZYMES</subject><subject>MUTATION OR GENETIC ENGINEERING</subject><subject>PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS</subject><subject>PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS</subject><subject>SPIRITS</subject><subject>VINEGAR</subject><subject>WINE</subject><fulltext>true</fulltext><rsrctype>patent</rsrctype><creationdate>2023</creationdate><recordtype>patent</recordtype><sourceid>EVB</sourceid><recordid>eNrjZGDzdQ3x8HfhYWBNS8wpTuWF0twMym6uIc4euqkF-fGpxQWJyal5qSXx4f5GBkbGBoZGhpamjobGxKkCAFO4G5A</recordid><startdate>20230209</startdate><enddate>20230209</enddate><creator>VAN MIN, Max Jan</creator><scope>EVB</scope></search><sort><creationdate>20230209</creationdate><title>METHOD</title><author>VAN MIN, Max Jan</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-epo_espacenet_WO2023012195A13</frbrgroupid><rsrctype>patents</rsrctype><prefilter>patents</prefilter><language>eng ; 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b) fragmenting the crosslinked DNA of step a) to form fragmented crosslinked DNA; c) ligating the fragmented crosslinked DNA generated in step b) to form ligated crosslinked DNA; d) reversing the crosslinking in the ligated crosslinked DNA generated in step c) to form ligated DNA; e) performing a non-selective amplification of the ligated DNA generated in step d); f) separating the amplified, ligated DNA generated in step e) into at least a first sample and a second sample; g) enriching at least the first and the second samples of amplified, ligated DNA generated in step f) for DNA comprising at least one of the plurality of target nucleotide sequences; wherein the amplified, ligated DNA in the first sample is enriched for at least one target nucleotide sequence which is not enriched for in the second sample and the amplified, ligated DNA in the second sample is enriched for at least one target nucleotide sequence which is not enriched for in the first sample. La présente invention concerne un procédé d'enrichissement d'une région génomique d'intérêt comprenant une pluralité de séquences nucléotidiques cibles, le procédé comprenant les étapes suivantes : a) obtention d'un échantillon d'ADN réticulé ; b) fragmentation de l'ADN réticulé de l'étape a) pour former de l'ADN réticulé fragmenté ; c) ligature de l'ADN réticulé fragmenté généré à l'étape b) pour former de l'ADN réticulé ligaturé ; d) inversion de la réticulation dans l'ADN réticulé ligaturé généré à l'étape c) pour former un ADN ligaturé ; e) réalisation d'une amplification non sélective de l'ADN ligaturé généré à l'étape d) ; f) séparation de l'ADN ligaturé amplifié généré à l'étape e) en au moins un premier échantillon et un second échantillon ; g) enrichissement d'au moins le premier et le second échantillon d'ADN amplifié et ligaturé généré à l'étape f) en ADN comprenant au moins une de la pluralité de séquences nucléotidiques cibles ; l'ADN amplifié et ligaturé du premier échantillon étant enrichi en au moins une séquence nucléotidique cible non enrichie dans le second échantillon et l'ADN amplifié et ligaturé du second échantillon étant enrichi en au moins une séquence nucléotidique cible non enrichie dans le premier échantillon.</abstract><oa>free_for_read</oa></addata></record>
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