METHOD FOR DETECTING SINGLE-STRANDED RNA VIRUS
According to one embodiment of the present invention, a method for detecting a single-stranded RNA virus in a sample comprises a step for contacting a primer set with the sample and performing a reverse transcription loop-mediated isothermal amplification. This primer set is designed on the basis of...
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| Format: | Patent |
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| creator | YOKONO Kota SEMBA Syouhei YAMAMOTO Machiko MICHIYUKI Satoru |
| description | According to one embodiment of the present invention, a method for detecting a single-stranded RNA virus in a sample comprises a step for contacting a primer set with the sample and performing a reverse transcription loop-mediated isothermal amplification. This primer set is designed on the basis of the base sequence of a target RNA and the base sequence of a nucleic acid that is complementary to the target RNA and contains the following (i) to (v): (i) an FIP primer; (ii) a BIP primer; (iii) an F3 primer that is an outer primer; (iv) a B3 primer that is an outer primer; and (v) one or more additional outer primers, each additional outer primer having the same base sequence as the base sequence of an arbitrary region located on the 5' terminal side of region B3 or region F3 in the nucleic acid that is complementary to the target RNA. According to the present invention, a single-stranded RNA virus can be detected at a high sensitivity.
Selon un mode de réalisation de la présente invention, un procédé de détection d'un virus à ARN simple brin dans un échantillon comprend une étape consistant à mettre en contact un ensemble d'amorces avec l'échantillon et à effectuer une amplification isotherme médiée par les boucles de transcription inverse. Cet ensemble d'amorces est conçu sur la base de la séquence de bases d'un ARN cible et de la séquence de base d'un acide nucléique étant complémentaire de l'ARN cible et contenant les éléments suivants (i) à (v) : (i) une amorce FIP ; (ii) une amorce BIP ; (iii) une amorce F3 qui est une amorce externe ; (iv) une amorce B3 qui est une amorce externe ; et (v) une ou plusieurs amorces externes supplémentaires, chaque amorce externe supplémentaire ayant la même séquence de bases que la séquence de bases d'une région arbitraire située sur le côté 5' terminal de la région B3 ou de la région F3 dans l'acide nucléique étant complémentaire de l'ARN cible. Selon la présente invention, un virus à ARN simple brin peut être détecté avec une sensibilité élevée.
本発明の一形態に係る、試料中の一本鎖ＲＮＡウイルスを検出する方法は、プライマーセットを試料に接触させて、逆転写ループ媒介等温増幅反応を行う工程を含み、プライマーセットは、標的ＲＮＡの塩基配列と、標的ＲＮＡに相補的な核酸の塩基配列と、に基づいて設計され、以下の（ｉ）～（ｖ）を含む：（ｉ）ＦＩＰプライマー、（ｉｉ）ＢＩＰプライマー、（ｉｉｉ）アウタープライマーであるＦ３プライマー、（ｉｖ）アウタープライマーであるＢ３プライマー、及び（ｖ）１以上のさらなるアウタープライマーであって、各さらなるアウタープライマーは、標的ＲＮＡに相補的な核酸において領域Ｂ３又は領域Ｆ３よりも５'末端側に存在する任意の領域と同じ塩基配列を有する、アウタープライマー。本発明によれば、一本鎖ＲＮＡウイルスを高感度で検出することができる。 |
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Selon un mode de réalisation de la présente invention, un procédé de détection d'un virus à ARN simple brin dans un échantillon comprend une étape consistant à mettre en contact un ensemble d'amorces avec l'échantillon et à effectuer une amplification isotherme médiée par les boucles de transcription inverse. Cet ensemble d'amorces est conçu sur la base de la séquence de bases d'un ARN cible et de la séquence de base d'un acide nucléique étant complémentaire de l'ARN cible et contenant les éléments suivants (i) à (v) : (i) une amorce FIP ; (ii) une amorce BIP ; (iii) une amorce F3 qui est une amorce externe ; (iv) une amorce B3 qui est une amorce externe ; et (v) une ou plusieurs amorces externes supplémentaires, chaque amorce externe supplémentaire ayant la même séquence de bases que la séquence de bases d'une région arbitraire située sur le côté 5' terminal de la région B3 ou de la région F3 dans l'acide nucléique étant complémentaire de l'ARN cible. Selon la présente invention, un virus à ARN simple brin peut être détecté avec une sensibilité élevée.
本発明の一形態に係る、試料中の一本鎖ＲＮＡウイルスを検出する方法は、プライマーセットを試料に接触させて、逆転写ループ媒介等温増幅反応を行う工程を含み、プライマーセットは、標的ＲＮＡの塩基配列と、標的ＲＮＡに相補的な核酸の塩基配列と、に基づいて設計され、以下の（ｉ）～（ｖ）を含む：（ｉ）ＦＩＰプライマー、（ｉｉ）ＢＩＰプライマー、（ｉｉｉ）アウタープライマーであるＦ３プライマー、（ｉｖ）アウタープライマーであるＢ３プライマー、及び（ｖ）１以上のさらなるアウタープライマーであって、各さらなるアウタープライマーは、標的ＲＮＡに相補的な核酸において領域Ｂ３又は領域Ｆ３よりも５'末端側に存在する任意の領域と同じ塩基配列を有する、アウタープライマー。本発明によれば、一本鎖ＲＮＡウイルスを高感度で検出することができる。</description><language>eng ; fre ; jpn</language><subject>BEER ; BIOCHEMISTRY ; CHEMISTRY ; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR ; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES ; ENZYMOLOGY ; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS ; METALLURGY ; MICROBIOLOGY ; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING ; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS ; SPIRITS ; VINEGAR ; WINE</subject><creationdate>2021</creationdate><oa>free_for_read</oa><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><linktohtml>$$Uhttps://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?FT=D&date=20210902&DB=EPODOC&CC=WO&NR=2021172370A1$$EHTML$$P50$$Gepo$$Hfree_for_read</linktohtml><link.rule.ids>230,308,777,882,25545,76296</link.rule.ids><linktorsrc>$$Uhttps://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?FT=D&date=20210902&DB=EPODOC&CC=WO&NR=2021172370A1$$EView_record_in_European_Patent_Office$$FView_record_in_$$GEuropean_Patent_Office$$Hfree_for_read</linktorsrc></links><search><creatorcontrib>YOKONO Kota</creatorcontrib><creatorcontrib>SEMBA Syouhei</creatorcontrib><creatorcontrib>YAMAMOTO Machiko</creatorcontrib><creatorcontrib>MICHIYUKI Satoru</creatorcontrib><title>METHOD FOR DETECTING SINGLE-STRANDED RNA VIRUS</title><description>According to one embodiment of the present invention, a method for detecting a single-stranded RNA virus in a sample comprises a step for contacting a primer set with the sample and performing a reverse transcription loop-mediated isothermal amplification. This primer set is designed on the basis of the base sequence of a target RNA and the base sequence of a nucleic acid that is complementary to the target RNA and contains the following (i) to (v): (i) an FIP primer; (ii) a BIP primer; (iii) an F3 primer that is an outer primer; (iv) a B3 primer that is an outer primer; and (v) one or more additional outer primers, each additional outer primer having the same base sequence as the base sequence of an arbitrary region located on the 5' terminal side of region B3 or region F3 in the nucleic acid that is complementary to the target RNA. According to the present invention, a single-stranded RNA virus can be detected at a high sensitivity.
Selon un mode de réalisation de la présente invention, un procédé de détection d'un virus à ARN simple brin dans un échantillon comprend une étape consistant à mettre en contact un ensemble d'amorces avec l'échantillon et à effectuer une amplification isotherme médiée par les boucles de transcription inverse. Cet ensemble d'amorces est conçu sur la base de la séquence de bases d'un ARN cible et de la séquence de base d'un acide nucléique étant complémentaire de l'ARN cible et contenant les éléments suivants (i) à (v) : (i) une amorce FIP ; (ii) une amorce BIP ; (iii) une amorce F3 qui est une amorce externe ; (iv) une amorce B3 qui est une amorce externe ; et (v) une ou plusieurs amorces externes supplémentaires, chaque amorce externe supplémentaire ayant la même séquence de bases que la séquence de bases d'une région arbitraire située sur le côté 5' terminal de la région B3 ou de la région F3 dans l'acide nucléique étant complémentaire de l'ARN cible. Selon la présente invention, un virus à ARN simple brin peut être détecté avec une sensibilité élevée.
本発明の一形態に係る、試料中の一本鎖ＲＮＡウイルスを検出する方法は、プライマーセットを試料に接触させて、逆転写ループ媒介等温増幅反応を行う工程を含み、プライマーセットは、標的ＲＮＡの塩基配列と、標的ＲＮＡに相補的な核酸の塩基配列と、に基づいて設計され、以下の（ｉ）～（ｖ）を含む：（ｉ）ＦＩＰプライマー、（ｉｉ）ＢＩＰプライマー、（ｉｉｉ）アウタープライマーであるＦ３プライマー、（ｉｖ）アウタープライマーであるＢ３プライマー、及び（ｖ）１以上のさらなるアウタープライマーであって、各さらなるアウタープライマーは、標的ＲＮＡに相補的な核酸において領域Ｂ３又は領域Ｆ３よりも５'末端側に存在する任意の領域と同じ塩基配列を有する、アウタープライマー。本発明によれば、一本鎖ＲＮＡウイルスを高感度で検出することができる。</description><subject>BEER</subject><subject>BIOCHEMISTRY</subject><subject>CHEMISTRY</subject><subject>COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR</subject><subject>CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES</subject><subject>ENZYMOLOGY</subject><subject>MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS</subject><subject>METALLURGY</subject><subject>MICROBIOLOGY</subject><subject>MUTATION OR GENETIC ENGINEERING</subject><subject>PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS</subject><subject>SPIRITS</subject><subject>VINEGAR</subject><subject>WINE</subject><fulltext>true</fulltext><rsrctype>patent</rsrctype><creationdate>2021</creationdate><recordtype>patent</recordtype><sourceid>EVB</sourceid><recordid>eNrjZNDzdQ3x8HdRcPMPUnBxDXF1DvH0c1cIBhI-rrrBIUGOfi6uLgpBfo4KYZ5BocE8DKxpiTnFqbxQmptB2c01xNlDN7UgPz61uCAxOTUvtSQ-3N_IwMjQ0NzI2NzA0dCYOFUAc90mlA</recordid><startdate>20210902</startdate><enddate>20210902</enddate><creator>YOKONO Kota</creator><creator>SEMBA Syouhei</creator><creator>YAMAMOTO Machiko</creator><creator>MICHIYUKI Satoru</creator><scope>EVB</scope></search><sort><creationdate>20210902</creationdate><title>METHOD FOR DETECTING SINGLE-STRANDED RNA VIRUS</title><author>YOKONO Kota ; SEMBA Syouhei ; YAMAMOTO Machiko ; MICHIYUKI Satoru</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-epo_espacenet_WO2021172370A13</frbrgroupid><rsrctype>patents</rsrctype><prefilter>patents</prefilter><language>eng ; fre ; jpn</language><creationdate>2021</creationdate><topic>BEER</topic><topic>BIOCHEMISTRY</topic><topic>CHEMISTRY</topic><topic>COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR</topic><topic>CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES</topic><topic>ENZYMOLOGY</topic><topic>MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS</topic><topic>METALLURGY</topic><topic>MICROBIOLOGY</topic><topic>MUTATION OR GENETIC ENGINEERING</topic><topic>PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS</topic><topic>SPIRITS</topic><topic>VINEGAR</topic><topic>WINE</topic><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>YOKONO Kota</creatorcontrib><creatorcontrib>SEMBA Syouhei</creatorcontrib><creatorcontrib>YAMAMOTO Machiko</creatorcontrib><creatorcontrib>MICHIYUKI Satoru</creatorcontrib><collection>esp@cenet</collection></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext_linktorsrc</fulltext></delivery><addata><au>YOKONO Kota</au><au>SEMBA Syouhei</au><au>YAMAMOTO Machiko</au><au>MICHIYUKI Satoru</au><format>patent</format><genre>patent</genre><ristype>GEN</ristype><title>METHOD FOR DETECTING SINGLE-STRANDED RNA VIRUS</title><date>2021-09-02</date><risdate>2021</risdate><abstract>According to one embodiment of the present invention, a method for detecting a single-stranded RNA virus in a sample comprises a step for contacting a primer set with the sample and performing a reverse transcription loop-mediated isothermal amplification. This primer set is designed on the basis of the base sequence of a target RNA and the base sequence of a nucleic acid that is complementary to the target RNA and contains the following (i) to (v): (i) an FIP primer; (ii) a BIP primer; (iii) an F3 primer that is an outer primer; (iv) a B3 primer that is an outer primer; and (v) one or more additional outer primers, each additional outer primer having the same base sequence as the base sequence of an arbitrary region located on the 5' terminal side of region B3 or region F3 in the nucleic acid that is complementary to the target RNA. According to the present invention, a single-stranded RNA virus can be detected at a high sensitivity.
Selon un mode de réalisation de la présente invention, un procédé de détection d'un virus à ARN simple brin dans un échantillon comprend une étape consistant à mettre en contact un ensemble d'amorces avec l'échantillon et à effectuer une amplification isotherme médiée par les boucles de transcription inverse. Cet ensemble d'amorces est conçu sur la base de la séquence de bases d'un ARN cible et de la séquence de base d'un acide nucléique étant complémentaire de l'ARN cible et contenant les éléments suivants (i) à (v) : (i) une amorce FIP ; (ii) une amorce BIP ; (iii) une amorce F3 qui est une amorce externe ; (iv) une amorce B3 qui est une amorce externe ; et (v) une ou plusieurs amorces externes supplémentaires, chaque amorce externe supplémentaire ayant la même séquence de bases que la séquence de bases d'une région arbitraire située sur le côté 5' terminal de la région B3 ou de la région F3 dans l'acide nucléique étant complémentaire de l'ARN cible. Selon la présente invention, un virus à ARN simple brin peut être détecté avec une sensibilité élevée.
本発明の一形態に係る、試料中の一本鎖ＲＮＡウイルスを検出する方法は、プライマーセットを試料に接触させて、逆転写ループ媒介等温増幅反応を行う工程を含み、プライマーセットは、標的ＲＮＡの塩基配列と、標的ＲＮＡに相補的な核酸の塩基配列と、に基づいて設計され、以下の（ｉ）～（ｖ）を含む：（ｉ）ＦＩＰプライマー、（ｉｉ）ＢＩＰプライマー、（ｉｉｉ）アウタープライマーであるＦ３プライマー、（ｉｖ）アウタープライマーであるＢ３プライマー、及び（ｖ）１以上のさらなるアウタープライマーであって、各さらなるアウタープライマーは、標的ＲＮＡに相補的な核酸において領域Ｂ３又は領域Ｆ３よりも５'末端側に存在する任意の領域と同じ塩基配列を有する、アウタープライマー。本発明によれば、一本鎖ＲＮＡウイルスを高感度で検出することができる。</abstract><oa>free_for_read</oa></addata></record> |
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