ORGANISM IDENTIFICATION PANEL

Methods and containers are provided for identifying a species, illustratively a bacterial species. Illustrative methods comprise amplifying various genes in the nucleic acid from the bacterial species in a single reaction mixture using pairs of outer first-stage primers designed to hybridize to generally conserved regions of the respective genes to generate a plurality of first-stage amplicons, dividing the reaction mixture into a plurality of second-stage reactions, each using a unique pair of second-stage primers, each pair of second-stage primers specific for a target bacterial species or subset of bacterial species, detecting which of the second-stage reactions amplified, and identifying the bacterial species based on second-stage amplification. Methods for determining antibiotic resistance are also provided, such methods also using first-stage primers for amplifying genes known to affect antibiotic resistance a plurality of the second-stage reactions wherein each pair of second-stage primers specific for a specific gene for conferring antibiotic resistance. L'invention concerne des procédés et des contenants pour identifier une espèce, précisément une espèce bactérienne. Les procédés illustratifs comprennent l'amplification de divers gènes dans l'acide nucléique à partir de l'espèce bactérienne dans un mélange de réaction unique en utilisant des paires d'amorces externes de premier stade conçues pour s'hybrider à des régions généralement protégées des gènes respectifs pour générer une pluralité d'amplicons de premier stade, en divisant le mélange de réaction en une pluralité de réactions de second stade, utilisant chacune une paire unique d'amorces de second stade spécifiques pour une espèce bactérienne cible ou un sous-ensemble d'espèces bactériennes, en détectant laquelle des réactions de second stade est amplifiée et en identifiant l'espèce bactérienne d'après l'amplification de second stade. Des procédés pour déterminer la résistance aux antibiotiques sont également proposés, ces procédés utilisent également des amorces de premier stade pour amplifier les gènes connus pour affecter la résistance aux antibiotiques d'une pluralité de réactions de second stade, chaque paire d'amorces de second stade est spécifique pour conférer une résistance aux antibiotiques à un gène spécifique.