A PSEUDO-SEQUENCE METHOD FOR COMPARING 7TM RECEPTORS WITH RESPECT TO THE PHYSICOCHEMICAL PROPERTIES OF THEIR BINDING SITES

A pseudo-sequence method for comparing 7TM receptors with respect to the physicochemical properties of their binding sites, the method comprising the steps of: (i) optionally, aligning part of or all of the amino acid sequence of the first 7TM receptor with part of or all or the amino acid sequence of the one or more further 7TM receptors, (ii) selecting, in a sequential or non-sequential order, at the most 12 amino acid residues per helix and/or extracellular loops, which are involved in one or more binding sites of each 7TM receptor. (iii) forming a pseudo-sequence comprising at the most 50 amino acid residues from the selected sequential or non-sequential amino acid residues, (iv) for each 7TM receptor assigning one or more physicochemical descriptors to the amino acid residues of the selected amino acid pseudo-sequence involved in one or more binding sites, (v) optionally, for each 7TM receptor mathematically manipulating the physicochemical descriptors of step (iv) to obtain a simplified measure of the physicochemical properties of the binding site. (vi) for each 7TM receptor generating a similarity score as defined herein by comparing the physicochemical descriptor or, if relevant, the simplified measure for the first 7TM receptor with the physicochemical descriptors or, if relevant, the simplified measures for the one or further 7TM receptors, (vii) optionally, ranking the 7TM receptors with respect to the physicochemical properties of their binding sites according to the similarity scores obtained in step vi) L'invention concerne une méthode pseudo-séquentielle permettant de comparer des récepteurs 7TM sur la base des propriétés physico-chimiques de leurs sites de liaison. Cette méthode consiste i) éventuellement, à aligner une partie ou la totalité de la séquence d'acides aminés du premier récepteur 7TM avec une partie ou la totalité de la séquence d'acides aminés d'un ou plusieurs autres récepteurs 7TM, ii) à sélectionner, dans un ordre séquentiel ou non, au maximum 12 résidus d'acides aminés par hélice et/ou boucles extracellulaires, impliqués dans un ou plusieurs sites de liaison de chaque récepteur 7TM, iii) à former une pseudo-séquence comprenant au maximum 50 résidus d'acides aminés à partir des résidus d'acides aminés séquentiels ou non sélectionnés, iv) pour chaque récepteur 7TM, à affecter un ou plusieurs descripteurs physico-chimiques aux résidus d'acides aminés de la pseudo-séquence d'acides aminés sélectionnés, impliqués dans un ou plu