OPEN CIRCLE PROBES WITH INTRAMOLECULAR STEM STRUCTURES

Disclosed are compositions and methods for reducing or eliminating generation of unwanted, undesirable, or non-specific amplification products in nucleic acid amplification reactions, such as rolling circle amplification. One form of composition is an open circle probe that can form an intramolecular stem structure, such as a hairpin structure, at one or both ends. The stem structure allows the open circle probe to be circulized when hybridized to a legitimate target sequence but results in inactivation of uncircularized open circle probes. The inactivation, which preferably involves stabilization of the stem structure, extension of the end of the open circle probe, or both, reduces or eliminates the ability of the open circle probe to prime nucleic acid synthesis or to serve as a template for rolling circle amplification. The disclosed method is useful for detection, quantitation, and/or location of any desired analyte, such as proteins and peptides. L'invention concerne des compositions et des méthodes destinées à réduire ou supprimer la production de produits d'amplification indésirables ou non spécifiques dans des réactions d'amplification d'acides nucléiques, et notamment dans l'amplification par cercle déroulant. Sous une forme, la composition est une sonde circulaire déroulée pouvant former une structure en tige intramoléculaire, telle qu'une structure en épingle à cheveux, au niveau d'une ou de ses deux extrémités. Cette structure en tige permet à la sonde circulaire déroulée d'être circularisée lorsqu'elle est hybridée à une séquence cible légitime, mais entraîne l'inactivation des sondes circulaires déroulées non circularisées. Cette inactivation, qui implique de préférence la stabilisation de la structure en tige et/ou l'extension de l'extrémité de la sonde circulaire déroulée, réduit ou supprime la capacité de la sonde circulaire déroulée à amorcer la synthèse d'acides nucléiques ou à servir de matrice pour l'amplification par cercle déroulant. La méthode de l'invention est utile dans la détection, la quantification et/ou la localisation d'un analyte souhaité, et notamment de protéines et de peptides.