COMBINATORIAL OLIGONUCLEOTIDE PCR: A METHOD FOR RAPID, GLOBAL EXPRESSION ANALYSIS

The present invention relates to a method for the detection of gene expression and analysis of both known and unknown genes. The invention is a highly sensitive, rapid and cost-effective means of monitoring gene expression, as well as for the analysis and quantitation of changes in gene expression for a defined set of genes and in response to a wide variety of events. It is an important feature of the present invention that no single molecular species of cDNA gives rise to more than one fragment in the colleciton of products which are subsequently amplified and representative of each expressed gene. This achievement is facilitated by immobilizing the cDNA prior to digesting and then digesting with sequentially with two frequently cutting enzymes. Linker oligomers are ligated to each cut site following the respective digestion. Primers, complementary to the oligomer sequence with an additional 3' variable sequence are used to amplify the fragments. Using and array of fragments theoritically facilitates the amplification of all of the possible messages in a given sample. La présente invention se rapporte à une méthode de détection de l'expression génétique et d'analyse a la fois de gènes connus et inconnus. Cette invention constitue un moyen très sensible, rapide et efficace en termes de coûts permettant le contrôle de l'expression génétique, ainsi que l'analyse et la quantification des modifications de l'expression génétique, et ce pour un ensemble défini de gènes et en réponse à une grande variété d'événements. Cette invention se caractérise en ce qu'aucune espèce moléculaire unique d'ADNc ne produit plus qu'un fragment de la collection de produits qui sont amplifiés ultérieurement et représentatifs de chaque gène exprimé. Ceci est rendu possible par l'immobilisation de l'ADNc avant sa digestion, puis par sa digestion subséquente par deux enzymes de coupe fréquemment utilisés. Des oligomères de liaison sont ligaturés au niveau de chaque site de coupure suite à la digestion respective. Des amorces, complémentaires de la séquence d'oligomères associée à une séquence variable 3' supplémentaire, sont utilisées pour amplifier les fragments. L'utilisation d'un ensemble de fragments facilite théoriquement l'amplification de tous les messages possibles dans un échantillon donné.