Genetic restriction map for nonrepeating region of tcdB toxin gene in Clostridium difficile

أجريت هذه الدراسة لرسم خارطة القطع الجيني للجين السمي tcdB للعزلة التابعة إلى المجموعة A-B+ لبكتريا Clostridium difficile المعزولة من المرضى المصابين بالالتهابات المعوية و الراقدين في مستشفى البصرة العام بواسطة الإنزيمات القاطعة AluI و DraI وScaI ، إذ جمعت 200 عينة براز من مرضى مصابين بالإسهال خلال المدة بين شهري شباط و تموز لعام .2010 تم الحصول على 16 عزلة من بكتريا C. difficile فبعد التأكد من التشخيص المظهري الزراعي و المجهري و الكيموحيوي أجري التشخيص الجيني بواسطة تقنية تفاعل السلسلة المتعددة ((PCR Polymerase chain reaction باستعمال الجين16S rRNA ، و البادئ NK9-NK11 المشتق من منطقة التكرار للجين السمي tcdA و عن طريق هذا البادئ تم تصنيف البكتريا المعزولة إلى ثلاث مجاميع بكتيرية من بكتريا C. difficile و هي A+B+و A-B+ و A-B- . درس الجين السمي tcdB باستعمال البادئ NK105-NK104 المشتق من المنطقة عديمة التكرار (Nonrepeating region) لهذا الجين إذ كانت نتيجة تقنية تفاعل السلسلة المتعددة نوعين من النواتج: الأول حزمة بحجم 204 bp تابعة إلى العزلة 56 المشخصة ضمن المجموعة A+B+ و حزم بحجم 250 bp تابعة إلى العزلات المشخصة ضمن المجموعة .A-B+ تم تحديد خارطة القطع الجيني عن طريق تحديد مواقع قطع الإنزيمات و علاقة أحدهم بالآخر إذ أظهر AluI ثلاث قطع بالأحجام 60 bp و 90 bp و 100 bp بينما أعطت الإنزيمات DraI و ScaI قطعتين بحجم 125 bp لكل منهما إذ أشارت الدراسة إلى تغييرات كبيرة في عزلة البكتريا التابعة إلى المجموعة A-B+ نتيجة للإضافة في قطعة الحامض النووي منقوص الأوكسجين DNA . This study was carried out for detected of the genetic restriction map of tcdB gene for A-B+ isolates that isolated from patients with a colitis disease in General Basrah Hospital by AluI, DraI, ScaI restriction enzymes. A total of n = 200 diarrhea stool samples were collected from February until July-2010, 16 isolates were classified as Clostridium difficile according to morphological and biochemical tests. 16S rRNA gene was amplified by polymerase chain reaction (PCR) and NK9-NK11 primer was used which was derived from repeating sequences of tcdA gene. By NK9-NK11 primer the isolates were classified as three groups of C. difficile ; A+B+, A-B+ and A-B-. tcdB gene was amplified by using NK104-NK105 primer which was derived from nonrepeating sequences of tcdB gene, by this primer a variety was detected between A+B+ and A-B+ groups ; 204 bp for A+B+, while the 250 bp for A-B+ isolates. The genetic restriction map was detected by determining the locations of a number of restriction endonuclease cleavage sites on the DNA relative to each other. AluI enzyme showed three bands (100 bp, 90 bp and 60 bp) reveal