Genetic characterization of Cryptosporidium spp. in Hotan Black Chickens in China reveals two novel subtypes of Cryptosporidium meleagridis

A total of 617 fecal specimens were collected on 18 Hotan Black chicken farms in Southern Xinjiang, China, and tested for the presence of Cryptosporidium spp. by PCR of the small subunit ribosomal RNA ( SSU rRNA) gene. The overall infection rate by Cryptosporidium spp. was 11.5% (71/617), and ten of the 18 farms were positive. The infection rate by Cryptosporidium spp. was 14.5% (48/331) in the 30–60 d group, higher than chickens in the 90 d (3.4%, 3/89) groups. Cryptosporidium meleagridis ( n = 38) and C. baileyi ( n = 33) were confirmed by sequencing analysis. A total of 25 of the 38 C. meleagridis- positive specimens were subtyped successfully at the gp60 gene, including one known subtype (IIIbA23G1R1, n = 1) and two novel subtypes, named IIIbA25G1R1 ( n = 20) and IIIbA31G1R1 ( n = 4). The results showed that infection by Cryptosporidium spp. in Hotan Black Chickens was common in this area and the distribution of C. meleagridis subtypes had regional characteristics. Un total de 617 échantillons fécaux ont été prélevés dans 18 élevages de poulets noirs du Hotan dans le sud du Xinjiang, en Chine, et testés pour la présence de Cryptosporidium spp. par PCR du gène de la petite sous-unité de l’ARN ribosomique (ARNr SSU). Le taux d’infection global par Cryptosporidium spp. était de 11,5 % (71/617) et dix des 18 élevages étaient positifs. Le taux d’infection de Cryptosporidium spp. était de 14,5 % (48/331) dans le groupe 30–60 jours, supérieur à celui des poulets dans les groupes 90 jours (3,4 %, 3/89). Cryptosporidium meleagridis ( n = 38) et C. baileyi ( n = 33) ont été confirmés par analyse de séquençage. Vingt-cinq des 38 spécimens positifs pour C. meleagridis ont été sous-typés avec succès au niveau du gène gp60, dont un sous-type connu (IIIbA23G1R1, n = 1) et deux nouveaux sous-types, nommés IIIbA25G1R1 ( n = 20) et IIIbA31G1R1 ( n = 4). Les résultats ont montré que l’infection par Cryptosporidium spp. chez les poulets noirs du Hotan était commune dans cette zone et que la distribution des sous-types de C. meleagridis avait des caractéristiques régionales.