Nuclear mitochondrial DNA (numt) in the Atlantic rock crab Cancer irroratus Say, 1817 (Decapoda, Cancridae)

A study on the origin of a newly colonized population of the Atlantic rock crab, Cancer irroratus Say, 1817, in Icelandic coastal waters based on mtDNA variation revealed a challenging problem. Variation of the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I gene (COI), which has played a pivotal role in phylogeographic studies, was assessed. Most individuals were found to carry two or more different genetic fragments and several ambiguous sites, with two segregating nucleotides, both within the Icelandic population and in samples from North America (Newfoundland, New Brunswick and Nova Scotia). Analyses of the DNA fragments, from clones and separate DNA extractions from the mitochondria and nucleus from undeveloped eggs and their mothers, support that ambiguous sites are caused by mitochondrial fragments incorporated in the nuclear genome (numts). A comparison of the variation in the newly colonized population in Iceland and the North American populations did not reveal any detectable bottleneck in the Icelandic population. Une étude sur l'origine d'une récente population colonisatrice du crabe commun de l'Atlantique Cancer irroratus Say, 1817, sur les côtes d'Islande basée sur l'ADN mitochondrial a révélé un problème intéressant. Des variations du gêne de la sous-unité I de la cytochrome oxydase (COI) qui a joué un rôle majeur dans les études phylogéographiques ont été établies. La plupart des individus ont été trouvés porteurs d'au moins deux fragments génétiques différents et de plusieurs sites ambigus, avec deux nucléotides ségrégeants, à la fois dans la population islandaise et dans les échantillons d'Amérique du Nord (Terre Neuve, Nouveau Brunswick et Nouvelle Ecosse). Les analyses des fragments d'ADN, à partir de clones et les extractions d'ADN des mitochondries et des noyaux séparément à partir d'œufs non développés et de leur mère, suggèrent que les sites ambigus sont causés par des fragments mitochondriaux incorporés dans le génome nucléaire (numts). Une comparaison de la variation dans la nouvelle population colonisatrice d'Islande et les populations Nord Américaines n'a pas révélé de goulot d'étranglement détectable dans la population islandaise.