Etablering av multipleks PCR-analyse for deteksjon av Campylobacter species i avføringsprøver fra pasienter med diaré

Campylobacter jejuni og Campylobacter coli er en av de hyppigste årsakene til gastroenteritt hos pasienter med akutt diaré. Det er totalt 11 ulike Campylobacter species som er registrert som tarmpatogene, og det var derfor interessant å undersøke forekomsten av andre Campylobacter species enn Campylobacter jejuni og Campylobacter coli hos pasienter med symptomer på gastroenteritt, samt hvor stor andel av disse som er klassifisert som tarmpatogene. I dette bachelorprosjektet ble det etablert en multipleks-PCR for C. fetus og C. species for å undersøke om det å benytte primere og prober for C. fetus og C. species med målsekvensen 16S rRNA førte til deteksjon av flere C. species enn avdelingens rutineanalyse for diagnostikk av tarmpatogene agens (Seegene® AllplexTM Bacteria(I)). For å etablere multipleks-PCR for C. fetus og C. species ble analysen optimalisert, samt analysens effektivitet, spesifisitet og deteksjonsgrense bestemt. 826 pasientprøver fra pasienter med diaré ble analysert med multipleks-PCR for C. fetus og C. species, og sangersekvensering ble benyttet for å identifisere bakteriestammene som ble detektert i pasientprøvene. Resultatene viste at multipleks-PCR for C. fetus og C. species hadde god effektivitet, spesifisitet, og lav deteksjonsgrense, og kunne benyttes til påvisning av C. species i pasientprøver. Fire pasientprøver ble identifisert med sangersekvensering, hvor tre av pasientprøvene fikk identifikasjon for Campylobacter concisus, og én av pasientprøvene fikk identifikasjon for Candidatus Campylobacter infans strain. Det ble konkludert med at multipleks-PCR for C. fetus og C. species var egnet til påvisning av C. fetus og C. species i avføringsprøver fra pasienter med akutt diaré, samt at analysen detekterte flere C. species enn avdelingens rutineanalyse. Bakterieartene som ble funnet i pasientprøvene er ikke klassifisert som tarmpatogene, men funn i tidligere studier indikerer likevel at artene kan være tarmpatogene.