Impact de l’urbanisation sur la structuration des communautés bactériennes construites à partir de phénomènes de spillovers et de coalescence conduisant à l’émergence de souches synurbiques

L'urbanisation est un processus grandissant qui conduit à une grande variété de morphologies et de typologies urbaines qui correspondent à des fonctions sociales. L'incidence de ces organisations sur la microbiologie des surfaces urbaines extérieures reste à caractériser. En fait, les processus de structuration des communautés bactériennes colonisant les surfaces urbaines restent mal compris, notamment l'identification des propriétés métaboliques à l'origine du succès de certains taxons bactériens capables de faire face aux fortes pressions sélectives induites par les conditions de vie urbaines. Cette thèse a exploré l'hypothèse de communautés bactériennes qui coloniseraient les surfaces urbaines de façon reproductible et qui seraient structurés par des paramètres socio-urbanistiques conduisant à l'émergence de souches bactériennes synurbiques (i.e. adaptées aux conditions de vie urbaines). Des études socio-urbanistiques approfondies de deux morphologies (industrielle et centre-ville) ont été réalisées afin de caractériser les paramètres urbains et les activités humaines ayant un fort impact sur les processus de structuration des communautés bactériennes. En parallèle, les communautés bactériennes des surfaces urbaines ont été étudiées par des approches basées sur les formes cultivables et sur l'ADN (qPCR et métabarcoding), les eaux de ruissellement étant utilisées comme indicateurs de la diversité trouvée dans les sous-bassins versants urbains étudiés. Des analyses de métabarcoding ont été réalisées en utilisant le gène universel de l'ARNr 16S (classification au niveau du genre) et le marqueur tpm (développé au cours de cette thèse) permettant la discrimination des espèces et sous-espèces de genres appartenant aux gamma-protéobactéries, en particulier les Pseudomonas et Aeromonas. Les communautés bactériennes inférées colonisant les surfaces urbaines se sont avérées être structurées selon le principe écologique r/K avec (1) des stratèges K formant le microbiome core (c'est-à-dire hautement récurrents parmi les villes) et flexible (c'est-à-dire spécialistes d'une forme urbaine), et (2) des stratèges r représentant des taxons opportunistes dont l'abondance est liée à des déversements particuliers de nutriments ou de produits chimiques. Le microbiome core (stratèges K) s'est avéré être composé d'une trentaine de genres, dont les Pseudomonas. Le développement du gène tpm comme marqueur métabarcoding a permis d'affiner la compréhension des distributions bactér