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DeepRank: a deep learning framework for data mining 3D protein-protein interfaces
von
Renaud, Nicolas
,
Geng, Cunliang
,
Georgievska, Sonja
,
Ambrosetti, Francesco
,
Ridder, Lars
,
Marzella, Dario F.
,
Réau, Manon F.
,
Bonvin, Alexandre M. J. J.
,
Xue, Li C.
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Nature communications
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Discriminating physiological from non‐physiological interfaces in structures of protein complexes: A community‐wide study
von
Schweke, Hugo
,
Xu, Qifang
,
Tauriello, Gerardo
,
Pantolini, Lorenzo
,
Schwede, Torsten
,
Cazals, Frédéric
,
Lhéritier, Alix
,
Fernandez‐Recio, Juan
,
Rodríguez‐Lumbreras, Luis Angel
,
Schueler‐Furman, Ora
,
Varga, Julia K.
,
Jiménez‐García, Brian
,
Réau, Manon F.
,
Bonvin, Alexandre M. J. J.
,
Savojardo, Castrense
,
Martelli, Pier‐Luigi
,
Casadio, Rita
,
Tubiana, Jérôme
,
Wolfson, Haim J.
,
Oliva, Romina
,
Barradas‐Bautista, Didier
,
Ricciardelli, Tiziana
,
Cavallo, Luigi
,
Venclovas, Česlovas
,
Olechnovič, Kliment
,
Guerois, Raphael
,
Andreani, Jessica
,
Martin, Juliette
,
Wang, Xiao
,
Terashi, Genki
,
Sarkar, Daipayan
,
Christoffer, Charles
,
Aderinwale, Tunde
,
Verburgt, Jacob
,
Kihara, Daisuke
,
Marchand, Anthony
,
Correia, Bruno E.
,
Duan, Rui
,
Qiu, Liming
,
Xu, Xianjin
,
Zhang, Shuang
,
Zou, Xiaoqin
,
Dey, Sucharita
,
Dunbrack, Roland L.
,
Levy, Emmanuel D.
,
Wodak, Shoshana J.
Veröffentlicht in
Proteomics (Weinheim)
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3
DeepRank: a deep learning framework for data mining 3D protein-protein interfaces
von
Renaud, Nicolas
,
Geng, Cunliang
,
Georgievska, Sonja
,
Ambrosetti, Francesco
,
Ridder, Lars
,
Marzella, Dario F
,
Réau, Manon F
,
Bonvin, Alexandre M.J.J
,
Xue, Li C
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4
Discriminating physiological from non-physiological interfaces in structures of protein complexes: A community-wide study
von
Schweke, Hugo
,
Xu, Qifang
,
Tauriello, Gerardo
,
Pantolini, Lorenzo
,
Schwede, Torsten
,
Cazals, Frédéric
,
Lhéritier, Alix
,
Fernandez-Recio, Juan
,
Rodríguez-Lumbreras, Luis Angel
,
Schueler-Furman, Ora
,
Varga, Julia K
,
Jiménez-García, Brian
,
Réau, Manon F
,
Bonvin, Alexandre M.J.J
,
Savojardo, Castrense
,
Martelli, Pier Luigi
,
Casadio, Rita
,
Tubiana, Jérôme
,
Wolfson, Haim J
,
Oliva, Romina
,
Barradas-Bautista, Didier
,
Ricciardelli, Tiziana
,
Cavallo, Luigi
,
Venclovas, Česlovas
,
Olechnovič, Kliment
,
Guerois, Raphael
,
Andreani, Jessica
,
Martin, Juliette
,
Wang, Xiao
,
Terashi, Genki
,
Sarkar, Daipayan
,
Christoffer, Charles
,
Aderinwale, Tunde
,
Verburgt, Jacob
,
Kihara, Daisuke
,
Marchand, Anthony
,
Correia, Bruno E
,
Duan, Rui
,
Qiu, Liming
,
Xu, Xianjin
,
Zhang, Shuang
,
Zou, Xiaoqin
,
Dey, Sucharita
,
Dunbrack, Roland L
,
Levy, Emmanuel D
,
Wodak, Shoshana J
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Gespeichert in:
5
Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14‐CAPRI experiment
von
Mauri, Théo
,
Nadzirin, Nurul
,
Velankar, Sameer
,
Chaleil, Raphael A. G.
,
Bates, Paul A.
,
Kong, Ren
,
Liu, Bin
,
Yang, Guangbo
,
Liu, Ming
,
Shi, Hang
,
Lu, Xufeng
,
Chang, Shan
,
Roy, Raj S.
,
Quadir, Farhan
,
Antoniak, Anna
,
Czaplewski, Cezary
,
Giełdoń, Artur
,
Kogut, Mateusz
,
Lipska, Agnieszka G.
,
Liwo, Adam
,
Maszota‐Zieleniak, Martyna
,
Sieradzan, Adam K.
,
Ślusarz, Rafał
,
Wesołowski, Patryk A.
,
Zięba, Karolina
,
Del Carpio Muñoz, Carlos A.
,
Ichiishi, Eiichiro
,
Harmalkar, Ameya
,
Gray, Jeffrey J.
,
Ambrosetti, Francesco
,
Vargas Honorato, Rodrigo
,
Jandova, Zuzana
,
Jiménez‐García, Brian
,
Koukos, Panagiotis I.
,
Van Keulen, Siri
,
Van Noort, Charlotte W.
,
Réau, Manon
,
Roel‐Touris, Jorge
,
Kotelnikov, Sergei
,
Padhorny, Dzmitry
,
Porter, Kathryn A.
,
Alekseenko, Andrey
,
Ignatov, Mikhail
,
Desta, Israel
,
Ashizawa, Ryota
,
Sun, Zhuyezi
,
Ghani, Usman
,
Hashemi, Nasser
,
Vajda, Sandor
,
Kozakov, Dima
,
Rosell, Mireia
,
Rodríguez‐Lumbreras, Luis A.
,
Fernandez‐Recio, Juan
,
Karczynska, Agnieszka
,
Grudinin, Sergei
,
Yan, Yumeng
,
Li, Hao
,
Lin, Peicong
,
Huang, Sheng‐You
,
Christoffer, Charles
,
Terashi, Genki
,
Verburgt, Jacob
,
Sarkar, Daipayan
,
Aderinwale, Tunde
,
Wang, Xiao
,
Kihara, Daisuke
,
Nakamura, Tsukasa
,
Hanazono, Yuya
,
Gowthaman, Ragul
,
Guest, Johnathan D.
,
Yin, Rui
,
Taherzadeh, Ghazaleh
,
Pierce, Brian G.
,
Cao, Zhen
,
Cavallo, Luigi
,
Oliva, Romina
,
Sun, Yuanfei
,
Zhu, Shaowen
,
Shen, Yang
,
Park, Taeyong
,
Woo, Hyeonuk
,
Yang, Jinsol
,
Kwon, Sohee
,
Won, Jonghun
,
Seok, Chaok
,
Kiyota, Yasuomi
,
Kobayashi, Shinpei
,
Harada, Yoshiki
,
Takeda‐Shitaka, Mayuko
,
Kundrotas, Petras J.
,
Vakser, Ilya A.
,
Dapkūnas, Justas
,
Olechnovič, Kliment
,
Venclovas, Česlovas
,
Duan, Rui
,
Qiu, Liming
,
Xu, Xianjin
,
Zhang, Shuang
,
Zou, Xiaoqin
,
Wodak, Shoshana J.
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Proteins, structure, function, and bioinformatics
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6
Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14-CAPRI experiment
von
Lensink, Marc F
,
Brysbaert, Guillaume
,
Mauri, Théo
,
Nadzirin, Nurul
,
Velankar, Sameer
,
Chaleil, Raphael A.G
,
Clarence, Tereza
,
Bates, Paul A
,
Kong, Ren
,
Liu, Bin
,
Yang, Guangbo
,
Liu, Ming
,
Shi, Hang
,
Lu, Xufeng
,
Chang, Shan
,
Roy, Raj S
,
Liu, Jian
,
Cheng, Jianlin
,
Czaplewski, Cezary
,
Giełdoń, Artur
,
Kogut, Mateusz
,
Lipska, Agnieszka G
,
Liwo, Adam
,
Lubecka, Emilia A
,
Maszota-Zieleniak, Martyna
,
Sieradzan, Adam K
,
Ślusarz, Rafał
,
Wesołowski, Patryk A
,
Zięba, Karolina
,
Del Carpio Muñoz, Carlos A
,
Ichiishi, Eiichiro
,
Gray, Jeffrey J
,
Bonvin, Alexandre M.J.J
,
Ambrosetti, Francesco
,
Vargas Honorato, Rodrigo
,
Jandova, Zuzana
,
Jiménez-García, Brian
,
Koukos, Panagiotis I
,
Van Keulen, Siri
,
Van Noort, Charlotte W
,
Réau, Manon
,
Roel-Touris, Jorge
,
Kotelnikov, Sergei
,
Padhorny, Dzmitry
,
Porter, Kathryn A
,
Alekseenko, Andrey
,
Ignatov, Mikhail
,
Desta, Israel
,
Ashizawa, Ryota
,
Sun, Zhuyezi
,
Ghani, Usman
,
Hashemi, Nasser
,
Vajda, Sandor
,
Kozakov, Dima
,
Rodríguez-Lumbreras, Luis A
,
Fernandez-Recio, Juan
,
Karczynska, Agnieszka
,
Yan, Yumeng
,
Li, Hao
,
Lin, Peicong
,
Huang, Sheng You
,
Christoffer, Charles
,
Terashi, Genki
,
Verburgt, Jacob
,
Sarkar, Daipayan
,
Aderinwale, Tunde
,
Wang, Xiao
,
Kihara, Daisuke
,
Nakamura, Tsukasa
,
Hanazono, Yuya
,
Gowthaman, Ragul
,
Guest, Johnathan D
,
Yin, Rui
,
Taherzadeh, Ghazaleh
,
Pierce, Brian G
,
Barradas-Bautista, Didier
,
Cao, Zhen
,
Cavallo, Luigi
,
Sun, Yuanfei
,
Zhu, Shaowen
,
Shen, Yang
,
Park, Taeyong
,
Woo, Hyeonuk
,
Yang, Jinsol
,
Kwon, Sohee
,
Won, Jonghun
,
Kiyota, Yasuomi
,
Kobayashi, Shinpei
,
Harada, Yoshiki
,
Takeda-Shitaka, Mayuko
,
Kundrotas, Petras J
,
Singh, Amar
,
Dapkūnas, Justas
,
Olechnovič, Kliment
,
Venclovas, Česlovas
,
Duan, Rui
,
Qiu, Liming
,
Xu, Xianjin
,
Zhang, Shuang
,
Wodak, Shoshana J
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