Characterization of Uterine Leiomyomas by Whole-Genome Sequencing von Mehine, Miika, Kaasinen, Eevi, Mäkinen, Netta, Katainen, Riku, Kämpjärvi, Kati, Pitkänen, Esa, Heinonen, Hanna-Riikka, Bützow, Ralf, Kilpivaara, Outi, Kuosmanen, Anna, Ristolainen, Heikki, Gentile, Massimiliano, Sjöberg, Jari, Vahteristo, Pia, Aaltonen, Lauri A

Volltext

Blood has never been thicker: Cell-free DNA fragmentomics in the liquid biopsy toolbox of B-cell lymphomas von Meriranta, Leo, Pitkänen, Esa, Leppä, Sirpa

Volltext

Integrated data analysis reveals uterine leiomyoma subtypes with distinct driver pathways and biomarkers von Mehine, Miika, Kaasinen, Eevi, Heinonen, Hanna-Riikka, Mäkinen, Netta, Kämpjärvi, Kati, Sarvilinna, Nanna, Aavikko, Mervi, Vähärautio, Anna, Pasanen, Annukka, Bützow, Ralf, Heikinheimo, Oskari, Sjöberg, Jari, Pitkänen, Esa, Vahteristo, Pia, Aaltonen, Lauri A.

Volltext

ArcheD, a residual neural network for prediction of cerebrospinal fluid amyloid‐beta from amyloid PET images von Tagmazian, Arina A., Schwarz, Claudia, Lange, Catharina, Pitkänen, Esa, Vuoksimaa, Eero

Volltext

Towards pan-genome read alignment to improve variation calling von Valenzuela, Daniel, Norri, Tuukka, Välimäki, Niko, Pitkänen, Esa, Mäkinen, Veli

Volltext

Molecular features encoded in the ctDNA reveal heterogeneity and predict outcome in high-risk aggressive B-cell lymphoma von Meriranta, Leo, Alkodsi, Amjad, Pasanen, Annika, Lepistö, Maija, Mapar, Parisa, Blaker, Yngvild Nuvin, Jørgensen, Judit, Karjalainen-Lindsberg, Marja-Liisa, Fiskvik, Idun, Mikalsen, Lars Tore G., Autio, Matias, Björkholm, Magnus, Jerkeman, Mats, Fluge, Øystein, Brown, Peter, Jyrkkiö, Sirkku, Holte, Harald, Pitkänen, Esa, Ellonen, Pekka, Leppä, Sirpa

Volltext

Retrotransposon insertions can initiate colorectal cancer and are associated with poor survival von Cajuso, Tatiana, Sulo, Päivi, Tanskanen, Tomas, Katainen, Riku, Taira, Aurora, Hänninen, Ulrika A., Kondelin, Johanna, Forsström, Linda, Välimäki, Niko, Aavikko, Mervi, Kaasinen, Eevi, Ristimäki, Ari, Koskensalo, Selja, Lepistö, Anna, Renkonen-Sinisalo, Laura, Seppälä, Toni, Kuopio, Teijo, Böhm, Jan, Mecklin, Jukka-Pekka, Kilpivaara, Outi, Pitkänen, Esa, Palin, Kimmo, Aaltonen, Lauri A.

Volltext

Exome-wide somatic mutation characterization of small bowel adenocarcinoma von Hänninen, Ulrika A, Katainen, Riku, Tanskanen, Tomas, Plaketti, Roosa-Maria, Laine, Riku, Hamberg, Jiri, Ristimäki, Ari, Pukkala, Eero, Taipale, Minna, Mecklin, Jukka-Pekka, Forsström, Linda M, Pitkänen, Esa, Palin, Kimmo, Välimäki, Niko, Mäkinen, Netta, Aaltonen, Lauri A

Volltext

Identification of multiplicatively acting modulatory mutational signatures in cancer von Kičiatovas, Dovydas, Guo, Qingli, Kailas, Miika, Pesonen, Henri, Corander, Jukka, Kaski, Samuel, Pitkänen, Esa, Mustonen, Ville

Volltext

Discovery of potential causative mutations in human coding and noncoding genome with the interactive software BasePlayer von Katainen, Riku, Donner, Iikki, Cajuso, Tatiana, Kaasinen, Eevi, Palin, Kimmo, Mäkinen, Veli, Aaltonen, Lauri A., Pitkänen, Esa

Volltext

Single-cell transcriptomes identify patient-tailored therapies for selective co-inhibition of cancer clones von Ianevski, Aleksandr, Nader, Kristen, Driva, Kyriaki, Senkowski, Wojciech, Bulanova, Daria, Moyano-Galceran, Lidia, Ruokoranta, Tanja, Kuusanmäki, Heikki, Ikonen, Nemo, Sergeev, Philipp, Vähä-Koskela, Markus, Giri, Anil K., Vähärautio, Anna, Kontro, Mika, Porkka, Kimmo, Pitkänen, Esa, Heckman, Caroline A., Wennerberg, Krister, Aittokallio, Tero

Volltext

Whole-Genome Sequencing of Growth Hormone (GH)-Secreting Pituitary Adenomas von Välimäki, Niko, Demir, Hande, Pitkänen, Esa, Kaasinen, Eevi, Karppinen, Atte, Kivipelto, Leena, Schalin-Jäntti, Camilla, Aaltonen, Lauri A, Karhu, Auli

Volltext

MED12 mutation frequency in unselected sporadic uterine leiomyomas von Heinonen, Hanna-Riikka, M.B, Sarvilinna, Nanna S., M.D., Ph.D, Sjöberg, Jari, M.D., Ph.D, Kämpjärvi, Kati, M.Sc, Pitkänen, Esa, Ph.D, Vahteristo, Pia, Ph.D, Mäkinen, Netta, M.Sc, Aaltonen, Lauri A., M.D., Ph.D

Volltext

Multiple clinical characteristics separate MED12-mutation-positive and -negative uterine leiomyomas von Heinonen, Hanna-Riikka, Pasanen, Annukka, Heikinheimo, Oskari, Tanskanen, Tomas, Palin, Kimmo, Tolvanen, Jaana, Vahteristo, Pia, Sjöberg, Jari, Pitkänen, Esa, Bützow, Ralf, Mäkinen, Netta, Aaltonen, Lauri A.

Volltext

Comparative genome-scale reconstruction of gapless metabolic networks for present and ancestral species von Pitkänen, Esa, Jouhten, Paula, Hou, Jian, Syed, Muhammad Fahad, Blomberg, Peter, Kludas, Jana, Oja, Merja, Holm, Liisa, Penttilä, Merja, Rousu, Juho, Arvas, Mikko

Volltext

DeepIFC: Virtual fluorescent labeling of blood cells in imaging flow cytometry data with deep learning von Timonen, Veera A, Kerkelä, Erja, Impola, Ulla, Penna, Leena, Partanen, Jukka, Kilpivaara, Outi, Arvas, Mikko, Pitkänen, Esa

Volltext

MED12 mutations and FH inactivation are mutually exclusive in uterine leiomyomas von Kämpjärvi, Kati, Mäkinen, Netta, Mehine, Miika, Välipakka, Salla, Uimari, Outi, Pitkänen, Esa, Heinonen, Hanna-Riikka, Heikkinen, Tuomas, Tolvanen, Jaana, Ahtikoski, Anne, Frizzell, Norma, Sarvilinna, Nanna, Sjöberg, Jari, Bützow, Ralf, Aaltonen, Lauri A, Vahteristo, Pia

Volltext

Enrichment of cancer-predisposing germline variants in adult and pediatric patients with acute lymphoblastic leukemia von Douglas, Suvi P. M., Lahtinen, Atte K., Koski, Jessica R., Leimi, Lilli, Keränen, Mikko A. I., Koskenvuo, Minna, Heckman, Caroline A., Jahnukainen, Kirsi, Pitkänen, Esa, Wartiovaara-Kautto, Ulla, Kilpivaara, Outi

Volltext

Exome sequencing reveals frequent inactivating mutations in ARID1A, ARID1B, ARID2 and ARID4A in microsatellite unstable colorectal cancer von Cajuso, Tatiana, Hänninen, Ulrika A., Kondelin, Johanna, Gylfe, Alexandra E., Tanskanen, Tomas, Katainen, Riku, Pitkänen, Esa, Ristolainen, Heikki, Kaasinen, Eevi, Taipale, Minna, Taipale, Jussi, Böhm, Jan, Renkonen‐Sinisalo, Laura, Mecklin, Jukka‐Pekka, Järvinen, Heikki, Tuupanen, Sari, Kilpivaara, Outi, Vahteristo, Pia

Volltext

ERCC6L2 defines a novel entity within inherited acute myeloid leukemia von Douglas, Suvi P.M., Siipola, Pihla, Kovanen, Panu E., Pyörälä, Marja, Kakko, Sakari, Savolainen, Eeva-Riitta, Salmenniemi, Urpu, Orte, Katri, Kytölä, Soili, Pitkänen, Esa, Porkka, Kimmo, Kilpivaara, Outi, Wartiovaara-Kautto, Ulla

Volltext