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Novel, provable algorithms for efficient ensemble-based computational protein design and their application to the redesign of the c-Raf-RBD:KRas protein-protein interface
von
Lowegard, Anna U.
,
Frenkel, Marcel S.
,
Holt, Graham T.
,
Jou, Jonathan D.
,
Ojewole, Adegoke A.
,
Donald, Bruce R.
Veröffentlicht in
PLoS computational biology
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2
Improved HIV-1 neutralization breadth and potency of V2-apex antibodies by in silico design
von
Holt, Graham T.
,
Gorman, Jason
,
Wang, Siyu
,
Lowegard, Anna U.
,
Zhang, Baoshan
,
Liu, Tracy
,
Lin, Bob C.
,
Louder, Mark K.
,
Frenkel, Marcel S.
,
McKee, Krisha
,
O’Dell, Sijy
,
Rawi, Reda
,
Shen, Chen-Hsiang
,
Doria-Rose, Nicole A.
,
Kwong, Peter D.
,
Donald, Bruce R.
Veröffentlicht in
Cell reports (Cambridge)
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3
OSPREY 3.0: Open‐source protein redesign for you, with powerful new features
von
Hallen, Mark A.
,
Martin, Jeffrey W.
,
Ojewole, Adegoke
,
Jou, Jonathan D.
,
Lowegard, Anna U.
,
Frenkel, Marcel S.
,
Gainza, Pablo
,
Nisonoff, Hunter M.
,
Mukund, Aditya
,
Wang, Siyu
,
Holt, Graham T.
,
Zhou, David
,
Dowd, Elizabeth
,
Donald, Bruce R.
Veröffentlicht in
Journal of computational chemistry
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4
Early computational detection of potential high-risk SARS-CoV-2 variants
von
Beguir, Karim
,
Skwark, Marcin J.
,
Fu, Yunguan
,
Pierrot, Thomas
,
Carranza, Nicolas Lopez
,
Laterre, Alexandre
,
Kadri, Ibtissem
,
Korched, Abir
,
Lowegard, Anna U.
,
Lui, Bonny Gaby
,
Sänger, Bianca
,
Liu, Yunpeng
,
Poran, Asaf
,
Muik, Alexander
,
Şahin, Uğur
Veröffentlicht in
Computers in biology and medicine
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5
Minimization-Aware Recursive K: A Novel, Provable Algorithm that Accelerates Ensemble-Based Protein Design and Provably Approximates the Energy Landscape
von
Jou, Jonathan D.
,
Holt, Graham T.
,
Lowegard, Anna U.
,
Donald, Bruce R.
Veröffentlicht in
Journal of computational biology
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6
Computational Analysis of Energy Landscapes Reveals Dynamic Features That Contribute to Binding of Inhibitors to CFTR-Associated Ligand
von
Holt, Graham T
,
Jou, Jonathan D
,
Gill, Nicholas P
,
Lowegard, Anna U
,
Martin, Jeffrey W
,
Madden, Dean R
,
Donald, Bruce R
Veröffentlicht in
The journal of physical chemistry. B
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7
NOVEL ANTIBODIES FOR HIV AND METHODS OF MAKING AND USING THE SAME
von
GORMAN, Jason
,
KWONG, Peter
,
DORIA-ROSE, Nicole
,
CHUANG, Gwo Yu
,
LOWEGARD, Anna U
,
WANG, Siyu
,
HOLT, Graham T
,
FRENKEL, Marcel S
,
DONALD, Bruce R
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Patent
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8
Minimization-Aware Recursive K∗\documentclass[12pt]{minimal} \usepackage{amsmath} \usepackage{wasysym} \usepackage{amsfonts} \usepackage{amssymb} \usepackage{amsbsy} \usepackage{ma...
von
Jou, Jonathan D.
,
Holt, Graham T.
,
Lowegard, Anna U.
,
Donald, Bruce R.
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