FinnGen provides genetic insights from a well-phenotyped isolated population von Kurki, Mitja I., Karjalainen, Juha, Palta, Priit, Sipilä, Timo P., Donner, Kati M., Reeve, Mary P., Laivuori, Hannele, Kaunisto, Mari A., Loukola, Anu, Lahtela, Elisa, Mattsson, Hannele, Laiho, Päivi, Della Briotta Parolo, Pietro, Lehisto, Arto A., Kanai, Masahiro, Mars, Nina, Heyne, Henrike O., Veerapen, Kumar, Rüeger, Sina, Lemmelä, Susanna, Zhou, Wei, Ruotsalainen, Sanni, Pärn, Kalle, Hiekkalinna, Tero, Koskelainen, Sami, Llorens, Vincent, Gracia-Tabuenca, Javier, Siirtola, Harri, Reis, Kadri, Elnahas, Abdelrahman G., Aalto-Setälä, Katriina, Biswas, Shameek, Dada, Oluwaseun A., Ding, Zhihao, Ehm, Margaret G., Eklund, Kari, Färkkilä, Martti, Finucane, Hilary, Ganna, Andrea, Ghazal, Awaisa, Hakanen, Antti, Hu, Xinli, Hunkapiller, Julie, Jacob, Howard, Jensen, Jan-Nygaard, Joensuu, Heikki, John, Sally, Junttila, Juhani, Kähönen, Mika, Kallio, Lila, Kaprio, Jaakko, Kettunen, Johannes, Kilpeläinen, Elina, Kosma, Veli-Matti, Kuopio, Teijo, Laisk, Triin, Laukkanen, Jari, Liu, Aoxing, Mägi, Reedik, Mäkitie, Antti, Malarstig, Anders, Maranville, Joseph, Niemi, Mari E. K., Niemi, Marianna, Obeidat, Ma´en, Okafo, George, Palomäki, Antti, Palotie, Tuula, Pitkäranta, Anne, Pulford, David, Raghavan, Neha, Rahimov, Fedik, Riley-Gillis, Bridget, Rodosthenous, Rodosthenis, Salminen, Eveliina, Salomaa, Veikko, Schleutker, Johanna, Serpi, Raisa, Shen, Huei-yi, Siegel, Richard, Sul, Jae Hoon, Tachmazidou, Ioanna, Tienari, Pentti, Tukiainen, Taru, Vaura, Felix, Virolainen, Petri, Waring, Jeffrey, Waterworth, Dawn, Yang, Robert, Nelis, Mari, Metspalu, Andres, Milani, Lili, Fox, Caroline, Havulinna, Aki S., Perola, Markus, Jalanko, Anu, Plenge, Robert, Runz, Heiko, Daly, Mark J., Palotie, Aarno

Volltext

Combined prognostic value of CD274 (PD-L1)/PDCDI (PD-1) expression and immune cell infiltration in colorectal cancer as per mismatch repair status von Ahtiainen, Maarit, Wirta, Erkki-Ville, Kuopio, Teijo, Seppälä, Toni, Rantala, Juha, Mecklin, Jukka-Pekka, Böhm, Jan

Volltext

Improved accuracy in colorectal cancer tissue decomposition through refinement of established deep learning solutions von Prezja, Fabi, Äyrämö, Sami, Pölönen, Ilkka, Ojala, Timo, Lahtinen, Suvi, Ruusuvuori, Pekka, Kuopio, Teijo

Volltext

PD‐L1 and PD‐1 expression in thyroid follicular epithelial dysplasia: Hashimoto thyroiditis related atypia and potential papillary carcinoma precursor von Pakkanen, Emma, Kalfert, David, Ahtiainen, Maarit, Ludvíková, Marie, Kuopio, Teijo, Kholová, Ivana

Volltext

Epidemiological, clinical and molecular characterization of Lynch‐like syndrome: A population‐based study von Porkka, Noora, Lahtinen, Laura, Ahtiainen, Maarit, Böhm, Jan P., Kuopio, Teijo, Eldfors, Samuli, Mecklin, Jukka‐Pekka, Seppälä, Toni T., Peltomäki, Päivi

Volltext

Immunophenotype based on inflammatory cells, PD-1/PD-L1 signalling pathway and M2 macrophages predicts survival in gastric cancer von Junttila, Anna, Helminen, Olli, Väyrynen, Juha P., Ahtiainen, Maarit, Kenessey, Istvan, Jalkanen, Sirpa, Mecklin, Jukka-Pekka, Kellokumpu, Ilmo, Kuopio, Teijo, Böhm, Jan, Mrena, Johanna

Volltext

Systemic circulating microRNA landscape in Lynch syndrome von Sievänen, Tero, Korhonen, Tia-Marje, Jokela, Tiina, Ahtiainen, Maarit, Lahtinen, Laura, Kuopio, Teijo, Lepistö, Anna, Sillanpää, Elina, Mecklin, Jukka-Pekka, Seppälä, Toni T, Laakkonen, Eija K

Volltext

A prognostic model based on cell-cycle control predicts outcome of breast cancer patients von Repo, Heli, Löyttyniemi, Eliisa, Kurki, Samu, Kallio, Lila, Kuopio, Teijo, Talvinen, Kati, Kronqvist, Pauliina

Volltext

Domain-specific transfer learning in the automated scoring of tumor-stroma ratio from histopathological images of colorectal cancer von Petäinen, Liisa, Väyrynen, Juha P, Ruusuvuori, Pekka, Pölönen, Ilkka, Äyrämö, Sami, Kuopio, Teijo

Volltext

The impact of preoperative treatments on the immune environment of rectal cancer von Wirta, Erkki‐Ville, Elomaa, Hanna, Ahtiainen, Maarit, Hyöty, Marja, Seppälä, Toni T., Kuopio, Teijo, Böhm, Jan, Mecklin, Jukka‐Pekka, Väyrynen, Juha P.

Volltext

Retrotransposon insertions can initiate colorectal cancer and are associated with poor survival von Cajuso, Tatiana, Sulo, Päivi, Tanskanen, Tomas, Katainen, Riku, Taira, Aurora, Hänninen, Ulrika A., Kondelin, Johanna, Forsström, Linda, Välimäki, Niko, Aavikko, Mervi, Kaasinen, Eevi, Ristimäki, Ari, Koskensalo, Selja, Lepistö, Anna, Renkonen-Sinisalo, Laura, Seppälä, Toni, Kuopio, Teijo, Böhm, Jan, Mecklin, Jukka-Pekka, Kilpivaara, Outi, Pitkänen, Esa, Palin, Kimmo, Aaltonen, Lauri A.

Volltext

Atypical (non‐V600E) BRAF mutations in metastatic colorectal cancer in population and real‐world cohorts von Osterlund, Emerik, Ristimäki, Ari, Mäkinen, Markus J., Kytölä, Soili, Kononen, Juha, Pfeiffer, Per, Soveri, Leena‐Maija, Keinänen, Mauri, Sorbye, Halfdan, Nunes, Luís, Salminen, Tapio, Nieminen, Lasse, Uutela, Aki, Halonen, Päivi, Ålgars, Annika, Sundström, Jari, Kallio, Raija, Ristamäki, Raija, Lamminmäki, Annamarja, Stedt, Hanna, Heervä, Eetu, Kuopio, Teijo, Sjöblom, Tobias, Isoniemi, Helena, Glimelius, Bengt, Osterlund, Pia

Volltext

H&E Multi-Laboratory Staining Variance Exploration with Machine Learning von Prezja, Fabi, Pölönen, Ilkka, Äyrämö, Sami, Ruusuvuori, Pekka, Kuopio, Teijo

Volltext

Improving performance in colorectal cancer histology decomposition using deep and ensemble machine learning von Prezja, Fabi, Annala, Leevi, Kiiskinen, Sampsa, Lahtinen, Suvi, Ojala, Timo, Ruusuvuori, Pekka, Kuopio, Teijo

Volltext

Ex vivo assessment of targeted therapies in a rare metastatic epithelial–myoepithelial carcinoma von Mäkelä, Rami, Arjonen, Antti, Suryo Rahmanto, Aldwin, Härmä, Ville, Lehtiö, Janne, Kuopio, Teijo, Helleday, Thomas, Sangfelt, Olle, Kononen, Juha, Rantala, Juha K.

Volltext

The expression and prognostic relevance of programmed cell death protein 1 in tongue squamous cell carcinoma von Tervo, Sanni, Seppälä, Miia, Rautiainen, Markus, Huhtala, Heini, Salo, Tuula, Al‐Samadi, Ahmed, Kuopio, Teijo, Ahtiainen, Maarit, Tommola, Satu, Paavonen, Timo, Toppila‐Salmi, Sanna

Volltext

A pan-cancer analysis shows immunoevasive characteristics in NRF2 hyperactive squamous malignancies von Härkönen, Jouni, Pölönen, Petri, Deen, Ashik Jawahar, Selvarajan, Ilakya, Teppo, Hanna-Riikka, Dimova, Elitsa Y., Kietzmann, Thomas, Ahtiainen, Maarit, Väyrynen, Juha P., Väyrynen, Sara A., Elomaa, Hanna, Tynkkynen, Niko, Eklund, Tiia, Kuopio, Teijo, Talvitie, Eva-Maria, Taimen, Pekka, Kallajoki, Markku, Kaikkonen, Minna U., Heinäniemi, Merja, Levonen, Anna-Liisa

Volltext

Ex vivo modelling of drug efficacy in a rare metastatic urachal carcinoma von Mäkelä, Rami, Arjonen, Antti, Härmä, Ville, Rintanen, Nina, Paasonen, Lauri, Paprotka, Tobias, Rönsch, Kerstin, Kuopio, Teijo, Kononen, Juha, Rantala, Juha K

Volltext

PTTG1-interacting protein (PTTG1IP/PBF) predicts breast cancer survival von Repo, Heli, Gurvits, Natalia, Löyttyniemi, Eliisa, Nykänen, Marjukka, Lintunen, Minnamaija, Karra, Henna, Kurki, Samu, Kuopio, Teijo, Talvinen, Kati, Söderström, Mirva, Kronqvist, Pauliina

Volltext

EGFR gene copy number decreases during anti-EGFR antibody therapy in colorectal cancer von Birkman, Eva-Maria, Avoranta, Tuulia, Ålgars, Annika, Korkeila, Eija, Lintunen, Minnamaija, Lahtinen, Laura, Kuopio, Teijo, Ristamäki, Raija, Carpén, Olli, Sundström, Jari

Volltext