DeepNano: Deep recurrent neural networks for base calling in MinION nanopore reads von Boza, Vladimír, Vinar, Tomás, Brejová, Brona

Volltext

Markov chains improve the significance computation of overlapping genome annotations von Gafurov, Askar, Brejová, Broňa, Medvedev, Paul

Volltext

Nanopore sequencing of SARS-CoV-2: Comparison of short and long PCR-tiling amplicon protocols von Brejová, Brona, Borsová, Kristína, Hodorová, Viktória, Cabanová, Viktória, Gafurov, Askar, Fricová, Dominika, Nebohácová, Martina, Vinar, Tomás, Klempa, Boris, Nosek, Jozef

Volltext

Nanopore base calling on the edge von Perešíni, Peter, Boža, Vladimír, Brejová, Broňa, Vinař, Tomáš

Volltext

DeepNano-blitz: a fast base caller for MinION nanopore sequencers von Boža, Vladimír, Perešíni, Peter, Brejová, Broňa, Vinař, Tomáš

Volltext

PlasBin-flow: a flow-based MILP algorithm for plasmid contigs binning von Mane, Aniket, Faizrahnemoon, Mahsa, Vinař, Tomáš, Brejová, Broňa, Chauve, Cedric

Volltext

VirPool: model-based estimation of SARS-CoV-2 variant proportions in wastewater samples von Gafurov, Askar, Baláž, Andrej, Amman, Fabian, Boršová, Kristína, Čabanová, Viktória, Klempa, Boris, Bergthaler, Andreas, Vinař, Tomáš, Brejová, Broňa

Volltext

plASgraph2: using graph neural networks to detect plasmid contigs from an assembly graph von Sielemann, Janik, Sielemann, Katharina, Brejová, Broňa, Vinař, Tomáš, Chauve, Cedric

Volltext

Surveillance of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in Slovakia using a novel, multiplexed RT-qPCR assay von Boršová, Kristína, Paul, Evan D., Kováčová, Viera, Radvánszka, Monika, Hajdu, Roman, Čabanová, Viktória, Sláviková, Monika, Ličková, Martina, Lukáčiková, Ľubomíra, Belák, Andrej, Roussier, Lucia, Kostičová, Michaela, Líšková, Anna, Maďarová, Lucia, Štefkovičová, Mária, Reizigová, Lenka, Nováková, Elena, Sabaka, Peter, Koščálová, Alena, Brejová, Broňa, Staroňová, Edita, Mišík, Matej, Vinař, Tomáš, Nosek, Jozef, Čekan, Pavol, Klempa, Boris

Volltext

Transcriptome and proteome profiling reveals complex adaptations of Candida parapsilosis cells assimilating hydroxyaromatic carbon sources von Cillingová, Andrea, Tóth, Renáta, Mojáková, Anna, Zeman, Igor, Vrzoňová, Romana, Siváková, Barbara, Baráth, Peter, Neboháčová, Martina, Klepcová, Zuzana, Brázdovič, Filip, Lichancová, Hana, Hodorová, Viktória, Brejová, Broňa, Vinař, Tomáš, Mutalová, Sofia, Vozáriková, Veronika, Mutti, Giacomo, Tomáška, Ľubomír, Gácser, Atilla, Gabaldón, Toni, Nosek, Jozef

Volltext

WarpSTR: determining tandem repeat lengths using raw nanopore signals von Sitarčík, Jozef, Vinař, Tomáš, Brejová, Broňa, Krampl, Werner, Budiš, Jaroslav, Radvánszky, Ján, Lucká, Mária

Volltext

Dynamic Pooling Improves Nanopore Base Calling Accuracy von Boza, Vladimir, Peresini, Peter, Brejova, Brona, Vinar, Tomas

Volltext

Chromosome-level genome assembly of the yeast Lodderomyces beijingensis reveals the genetic nature of metabolic adaptations and identifies subtelomeres as hotspots for amplificatio... von Brejová, Broňa, Hodorová, Viktória, Mutalová, Sofia, Cillingová, Andrea, Tomáška, Ľubomír, Vinař, Tomáš, Nosek, Jozef

Volltext

Maximum-scoring path sets on pangenome graphs of constant treewidth von Brejová, Broňa, Gagie, Travis, Herencsárová, Eva, Vinař, Tomáš

Volltext

A Linear-Time Algorithm for the Isometric Reconciliation of Unrooted Trees von Brejová, Broňa, Královič, Rastislav

Volltext

A SARS-CoV-2 mutant from B.1.258 lineage with ∆H69/∆V70 deletion in the Spike protein circulating in Central Europe in the fall 2020 von Brejová, Broňa, Boršová, Kristína, Hodorová, Viktória, Čabanová, Viktória, Reizigová, Lenka, Paul, Evan D., Čekan, Pavol, Klempa, Boris, Nosek, Jozef, Vinař, Tomáš

Volltext

Dante: genotyping of known complex and expanded short tandem repeats von Budiš, Jaroslav, Kucharík, Marcel, Ďuriš, František, Gazdarica, Juraj, Zrubcová, Michaela, Ficek, Andrej, Szemes, Tomáš, Brejová, Broňa, Radvanszky, Jan

Volltext

Reduction of Ribosomal Expansion Segments in Yeast Species of the Magnusiomyces/Saprochaete Clade von Brázdovič, Filip, Brejová, Broňa, Siváková, Barbara, Baráth, Peter, Kerák, Filip, Hodorová, Viktória, Vinař, Tomáš, Tomáška, Ľubomír, Nosek, Jozef

Volltext

SWSPM: A Novel Alignment-Free DNA Comparison Method Based on Signal Processing Approaches von Farkaš, Tomáš, Sitarčík, Jozef, Brejová, Broňa, Lucká, Mária

Volltext

Sequence annotation with HMMs: New problems and their complexity von Nánási, Michal, Vinař, Tomáš, Brejová, Broňa

Volltext